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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-8 13:00:03 | 只看该作者 Only view this author
oucli 发表于 2017-12-8 09:17
老师,在用multiwfn进行AIM分析时,一些氢键中的cp参数中,H有正有负,请问负值是如何导致的呢,代表什么含 ...


氢键BCP能量密度一般都是正的,只有很强的氢键,才有负的,说明此时已经有一定共价性了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-8 13:12:30 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-8 10:19
老师,那选择自旋多重度的时候,是先在不同多重度下优化得到不同结构,然后比较能量大小,还是先在单重态 ...


严格的比较是分别优化不同自旋多重度,再比较能量。图省事就只优化你认为可能是能量最低的自旋多重度的结构,比较其极小点下各个态的能量差
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发表于 Post on 2017-12-8 14:31:08 | 只看该作者 Only view this author

柔性扫描法结果判断

如图所示,
对一个过渡态进行了柔性扫描,能量曲线如图所示,是不是没有过渡态?
如果有过渡态,是不是应该出现鞍点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-8 15:01:31 | 只看该作者 Only view this author
18264109013 发表于 2017-12-8 14:31
如图所示,
对一个过渡态进行了柔性扫描,能量曲线如图所示,是不是没有过渡态?
如果有过渡态,是不是应 ...


如果扫描的变量和反应路径有对应性,可以这么说
存在过渡态时柔性扫描曲线会出现个尖,可以拿这个尖的结构作为过渡态初猜,这和鞍点的概念是两码事
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发表于 Post on 2017-12-8 15:08:52 | 只看该作者 Only view this author
多谢sob

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发表于 Post on 2017-12-8 15:48:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-8 15:01
如果扫描的变量和反应路径有对应性,可以这么说
存在过渡态时柔性扫描曲线会出现个尖,可以拿这个尖的 ...

请问判断过渡态柔性扫描的文件怎么输入呢,加入判断甲醛分子裂解的过渡态,输入文件是甲醛分子还是裂解后的分子?多谢

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发表于 Post on 2017-12-8 16:15:39 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,想对有机小分子进行极化率的计算,是直接运用高斯09计算得到结果,还是运用您提供的Multiwin软件输出文件结果,如果是先用高斯09运算的话,执行命令怎么输入???还有个问题,小分子的折射率(折光率)能算吗?问题可能比较low,打扰了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-8 20:21:52 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2017-12-8 16:15
sob老师,您好,想对有机小分子进行极化率的计算,是直接运用高斯09计算得到结果,还是运用您提供的Multiwi ...

使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231

没法算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-8 20:22:34 | 只看该作者 Only view this author
18264109013 发表于 2017-12-8 15:48
请问判断过渡态柔性扫描的文件怎么输入呢,加入判断甲醛分子裂解的过渡态,输入文件是甲醛分子还是裂解后 ...

初始结构用没裂解的,把扫描变量设成裂解主要涉及的两个原子的距离
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发表于 Post on 2017-12-8 21:41:24 | 只看该作者 Only view this author

输入文件的最后一句是什么含义

这个输入文件最后的A   S   是什么意思,多谢!

untitled.png (17.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2017-12-8 22:41:30 | 只看该作者 Only view this author
键角 扫描
阅读:http://sobereva.com/g09/k_opt.htm 关于Modredundant的部分

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发表于 Post on 2017-12-8 22:43:42 | 只看该作者 Only view this author
柔性扫描,A ANGLE, S SCAN

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发表于 Post on 2017-12-9 09:14:29 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,当理论计算的ECD与实验图谱比较时,发现理论图谱极值点均偏大,此时是否有必要考虑基频校正因子呢?

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发表于 Post on 2017-12-9 14:24:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2017-12-9 18:43 编辑

老师,hessian矩阵中负数的个数不是判断过渡态的依据吗?过渡态优化是收敛的依据有四个条件,判断收敛是不是就根据是否满足他们,另外加上振动本征值是不是只有一个是负值?寻找过渡态时加oneigentest,是不是就代表gaussian不再去判断结构的振动本征值是不是只有一个负值?如果是这样,如何确定找到的结构是过渡态,而不是local minimum(中间体)呢?

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发表于 Post on 2017-12-9 15:44:40 | 只看该作者 Only view this author
老师好,抱歉打扰了,学生在进行SMD溶剂化效应计算时,遇到了如下两个问题:1)在进行混合溶剂时,一种为系统存在的溶剂,另外一种是自定义溶剂请问,应该怎么样去写输入文件呢?如water和另一种溶剂写成scrf(smd,solvent=water,generic,read)是否可以;2)在学习了sob老师分享的关于混合溶剂按照其体积比写eps。可是应该如何体现呢?在输入文件最后空一行写成如eps=XX:XX=1:1么?谢谢老师,麻烦您了!

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