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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-9 21:44:37 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2017-12-9 09:14
sob老师好,当理论计算的ECD与实验图谱比较时,发现理论图谱极值点均偏大,此时是否有必要考虑基频校正因子 ...


你是指峰的极大点位置的横坐标数值和实验谱的对得不好?这是泛函计算精度的问题。对电子激发计算,没有校正因子这类东西,换个泛函,或者对理论计算的激发能进行平移。
计算ECD关键的不是绝对位置,而是ECD的曲线形状;曲线形状能对得上,即便激发能偏高或者偏低也无妨,简单平移一下就可以。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-10 07:07:26 | 只看该作者 Only view this author
好的好的,谢谢老师,那结构优化和电子激发态计算的方法可以不一样的是吗?

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发表于 Post on 2017-12-10 08:04:35 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2017-12-10 07:07
好的好的,谢谢老师,那结构优化和电子激发态计算的方法可以不一样的是吗?

可以

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发表于 Post on 2017-12-10 09:16:50 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2017-12-10 09:17:21 | 只看该作者 Only view this author
局部优化对坐标有要求么?我就用的笛卡尔坐标,然后优化直接用的opt。如果没问题的话,我的体系是56个原子,只优化其中3个原子,为什么时间会这么久呢?

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发表于 Post on 2017-12-10 10:57:11 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用revPBE泛函,在gaussian 09里如何写关键词?

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发表于 Post on 2017-12-10 12:02:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-12-10 19:37 编辑
329678001 发表于 2017-12-10 09:17
局部优化对坐标有要求么?我就用的笛卡尔坐标,然后优化直接用的opt。如果没问题的话,我的体系是56个原子 ...

片段优化本来就不会比整体优化省多少时间,每步SCF的耗时冻结、不冻结是完全一样的。优化的步数在原子数少的时候会少一些,但冻结的太多的时候有时会震荡,还得解决优化震荡的问题。片段优化的用处——除了诸如XRD里只优化氢原子之类的——非常有限。

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发表于 Post on 2017-12-10 17:27:51 | 只看该作者 Only view this author
老师,我再重复http://sobereva.com/134的时候发现,我用nbo6计算出的NBO12号轨道的轨道形状(N原子孤对电子)和原图上的不一样。倒是另外一个6号轨道一样。这是版本不一样造成的?还是其他原因。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-10 18:36:09 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-12-10 10:57
请问老师,用revPBE泛函,在gaussian 09里如何写关键词?

搜手册就知道了。不支持
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-10 18:50:56 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-10 17:27
老师,我再重复http://sobereva.com/134的时候发现,我用nbo6计算出的NBO12号轨道的轨道形状(N原子孤对电 ...


我不知道你是用NBO plot文件还是基于.fch绘制的
不同NBO版本在把NBO存到chk文件时候用的排序方式不同,而且不同的NBO版本在NBO程序内部产生的NBO轨道顺序也会有所不同,要根据实际情况选择恰当的轨道来绘制
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发表于 Post on 2017-12-10 20:55:00 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-12-10 12:02
片段优化本来就不会比整体优化省多少时间,每步SCF的耗时冻结、不冻结是完全一样的。优化的步数在原子数 ...

我想用局部优化来看能量的变化,我有一个体系过渡态找不到,不知道是不是没有过渡态,,然后想用局部优化的方法判断有没有过渡态。不知道这个方法可行不?
还有个问题想请教您,我最近研究势能面扫描,也在网上搜寻了大量的列子。但是分不清对错。还是有点不太明朗。 一:柔性扫描是可以用笛卡尔坐标和Z矩阵坐标都可以么?优化过程中也可以固定一部分原子,加入opt=modredundant就可以了么?必须要有S吧?二,刚性扫描,坐标必须是Z矩阵吧?优化过程中也必须是用关键词opt(z-matrix),scan;也必须有S是吧?三:我不知道冗余内坐标怎么生成,也不知道我们需不需要用冗余内坐标(看过sob老师说的冗余内坐标,但是我还是不太懂)。谢谢老师了。

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发表于 Post on 2017-12-10 20:56:12 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-12-8 22:41
键角 扫描
阅读:http://sobereva.com/g09/k_opt.htm 关于Modredundant的部分

多谢大神!

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发表于 Post on 2017-12-10 21:30:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-12-10 21:32 编辑
329678001 发表于 2017-12-10 20:55
我想用局部优化来看能量的变化,我有一个体系过渡态找不到,不知道是不是没有过渡态,,然后想用局部优化 ...

“局部优化”和找过渡态没啥关系。

柔性扫描可以辅助找过渡态,但“固定一部分原子”绝无好处。用柔性扫描辅助寻找过渡态的案例见http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

柔性扫描并不能“判断有无过渡态”。存在柔性扫描曲线没有极大值点,但存在过渡态的情况。
刚性扫描对找过渡态没任何用处。

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发表于 Post on 2017-12-10 22:12:36 | 只看该作者 Only view this author
过渡态优化是否收敛有四个条件,判断收敛是不是就根据是否满足他们?transition state寻找过渡态时是不是还有看hessian矩阵里面是否只有一个负值?但是,如果加oneigentest,是不是就代表gaussian不再去判断结构的振动本征值是不是只有一个负值?如果是这样,如何确定找到的结构是过渡态,而不是local minimum(中间体)呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-10 22:25:41 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-12-10 22:12
过渡态优化是否收敛有四个条件,判断收敛是不是就根据是否满足他们?transition state寻找过渡态时是不是还 ...



noeigentest只是说不要求优化到TS过程中每一步结构下Hessian矩阵都必须有且只有一个负本征值,但通常照样可以收敛到TS,并自动满足有且只有一个负本征值的条件。最后是否确实满足这个条件,看一下虚频就知道。
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