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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-12-10 22:49:20 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-10 17:27
老师,我再重复http://sobereva.com/134的时候发现,我用nbo6计算出的NBO12号轨道的轨道形状(N原子孤对电 ...

老师,我是用NBO6.0算的。还有个问题,MO变换得到NBO轨道,那么NBO轨道和MO轨道是一一对应的吗?如何寻找他们之间的关系?谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-12-11 10:03:03 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,使用不同半经验方法,或者不同DFT泛函,或者不同基组所得到的分子最优化构型会不会存在不一样的情况?如果这样的话,应该如何取舍?

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发表于 Post on 2017-12-11 13:42:56 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好!还想请教个问题,Gaussian09可以计算分子的体积和密度吗?或者摩尔体积?谢谢!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-11 14:09:10 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2017-12-11 13:42
sob老师,您好!还想请教个问题,Gaussian09可以计算分子的体积和密度吗?或者摩尔体积?谢谢!!!

谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-11 14:10:01 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2017-12-11 10:03
请问老师,使用不同半经验方法,或者不同DFT泛函,或者不同基组所得到的分子最优化构型会不会存在不一样的 ...

显然会
用根据自己的经验和大量benchmark文献,选择最恰当的理论方法和基组

简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-11 14:10:23 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-10 22:49
老师,我是用NBO6.0算的。还有个问题,MO变换得到NBO轨道,那么NBO轨道和MO轨道是一一对应的吗?如何寻找 ...


MO没法一步变换到NBO
而且也根本没有对应关系
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发表于 Post on 2017-12-11 18:36:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-11 14:10
MO没法一步变换到NBO
而且也根本没有对应关系

老师,能不能分析NBO和MO之间的组成关系?例如,MO的HOMO是有哪几个NBO(σ、π键)轨道组成。怎么分析?
谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-11 19:06:49 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-11 18:36
老师,能不能分析NBO和MO之间的组成关系?例如,MO的HOMO是有哪几个NBO(σ、π键)轨道组成。怎么分析?
...

在NBO程序里用CMO关键词
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发表于 Post on 2017-12-11 22:44:23 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,关于IRC计算的结果:
1. 是不是只要符合机理,保证OPT与IRC计算级别一致,能够联通RC-TS-PC就可以认为数据能用,是否还有更严格的要求
2. Energy-IRC曲线两端平缓后Energy值是不是应该等于或接近RC与PC的能量,这能不能作为停止继续扩大MAXPOINTS的判断标准
3. 由于需要使用LQA才能保证不报错,曲线有局部不平滑,能不能通过减小STEPSIZE使得曲线更平滑

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发表于 Post on 2017-12-12 08:59:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-11 14:09
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2017-12-12 18:01:37 | 只看该作者 Only view this author

过渡态计算出错9999

高斯g09计算过渡态时out文件出错,错误为
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /home/ying/g09/l9999.exe at Mon Dec 11 14:15:53 2017.
Job cpu time:       1 days  5 hours 26 minutes  3.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    662 Int=      0 D2E=      0 Chk=     12 Scr=      1
并且输出文件的构型为反应产物最终构型,应如何解决,跪求大神指导。





TS-H-SS-F-4br-c.gjf

2.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

输入文件

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发表于 Post on 2017-12-12 18:34:28 | 只看该作者 Only view this author
(1)给个L9999报错,信息较少,推测是超过默认的优化步数上限;(2)要学会找真正的报错信息,就在上面几十行到几百行位置;(3)计算时间为1day 5 hours,很可能存在浪费机时的现象,一个计算任务并不是交上去啥都不做,过一天去收。优化过程中偶尔要观察一下结构,如果已经完全偏离目标结构,应该及时kill掉进程,采取更好的初猜;(4)noraman是多余的;(5)基组连个极化(d)都没有,简直差评;(6)scf=maxcycle=500也没必要。
先把这些改正再说吧。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2017-12-12 18:38:09 | 只看该作者 Only view this author
请问:基于S1极小点结构计算S1/T1的激发能时,主要是考虑单/三重态能级差,是否需要考虑平衡溶剂问题?
(一)即在优化S1结构完成后,在S1结构上进行#p td=(nstates=6, 50-50, eqsolv) b3lyp/6-31g* scrf=()  其中的eqsolv是否必要? 因为在这种情况下默认是非平衡的
(二)直接#p opt td=(nstates=6, 50-50) b3lyp/6-31g* scrf=(),与上面得到的结果是否一致?这种情况下默认是平衡溶剂

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发表于 Post on 2017-12-12 19:30:03 | 只看该作者 Only view this author
老师,一般Gaussian计算出的非定域分子轨道(MO)是正则轨道(CMO)吗?资料中这样描述自然轨道和CMO之间的关系:AOs-> NAOs -> NHOs -> NBOs -> NLMOs -> CMOs ,难道每次都要把正交的AOs经过一系列变化才能得到CMOs吗?通常不是由Gaussian经过自洽场计算解久期方程式来得到各个基组的系数,进而得到各个分子轨道(MO or CMO)吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-12 19:30:59 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2017-12-11 22:44
Sob老师,关于IRC计算的结果:
1. 是不是只要符合机理,保证OPT与IRC计算级别一致,能够联通RC-TS-PC就可 ...

1 是。但前提是计算级别足够高。诸如HF/3-21G就算结果和期望的相符,也没法拿来发表。
2 只要两边跑得几乎水平了,从下面的图也看到受力都很小了,而且两端的结构和优化出来的反应物和产物已经很接近了,就说明IRC已经跑得很充分了,IRC足够完整了。
3 可以。用recalc或calcall也可以帮助曲线变得平滑
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