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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-12 19:32:18 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2017-12-12 18:38
请问:基于S1极小点结构计算S1/T1的激发能时,主要是考虑单/三重态能级差,是否需要考虑平衡溶剂问题?
( ...


溶剂怎么考虑这里提了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
文中没提eqsolv,所以也不要去写

本来默认对于垂直激发计算就是非平衡溶剂,和实际一致,写了eqsolv用平衡溶剂,和实际完全不相符,不仅多此一举,结果还变得更烂。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-12 19:35:28 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-12 19:30
老师,一般Gaussian计算出的非定域分子轨道(MO)是正则轨道(CMO)吗?资料中这样描述自然轨道和CMO之间的关 ...

单点直接给出来的轨道就是CMO。那种变换关系是对于NBO框架而言的,跟你没关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-12 19:44:44 | 只看该作者 Only view this author
小菲丽 发表于 2017-12-12 18:01
高斯g09计算过渡态时out文件出错,错误为
Error termination request processed by link 9999.
Error t ...

仔细看
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

简单问题不要发主贴,更不要选“量化理论”分类
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发表于 Post on 2017-12-12 20:47:36 | 只看该作者 Only view this author
不知道有没有用molekel的好朋友,我想问一下,什么文件才可以让Electron Density 显示呢,我是学QM/MM的,我通过turbomole计算之后,得到了cub文件,输入之后(需要将后缀改成cube才行),只有Grid Data 是可以显示出来的,然而Electron Density 是灰色的,看到了sob老师说的,需要用高斯03计算才可以生成相应的文件,我想问下,turbomole是不是不能产生这样的文件,有知道的老师,同学可以给我解答一下吗,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-12 21:53:37 | 只看该作者 Only view this author
853474282 发表于 2017-12-12 20:47
不知道有没有用molekel的好朋友,我想问一下,什么文件才可以让Electron Density 显示呢,我是学QM/MM的, ...

我不知道你说的“需要用高斯03计算才可以生成相应的文件”是从哪里看来的,我完全没印象,也并没有这说法。
用molekel的人很少,要显示.cub文件对应的等值面,用Multiwfn、gview、VMD、chemcraft等都行
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发表于 Post on 2017-12-13 04:01:51 | 只看该作者 Only view this author
请教VMD显示结构时能否把所有的氢及其连接的键不显示或者去掉,因为分子比较大,是配合物,约150个原子,有氢原子显得很乱。键很容易去掉,原子能否去掉呢?谢谢!

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发表于 Post on 2017-12-13 07:30:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2017-12-13 09:35 编辑

我用scan优化的时候,不知道为什么结构没有变化,我是加了虚原子的,比如我要做二面角1,2,3,4是扫描。我发现别人的例子里只有1号原子的部分是移动的。有时候还需要把原子重新编号,不知道什么时候需要重新编号。十分期待老师的应答

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发表于 Post on 2017-12-13 08:12:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-11 14:10
显然会
用根据自己的经验和大量benchmark文献,选择最恰当的理论方法和基组

谢谢回复,那在这种情况下,使用gentor和molclus或其他软件所扫描的最优构型相对而言还有意义吗?应该如何权衡?

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Level 2 能力者

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发表于 Post on 2017-12-13 09:11:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-12 21:53
我不知道你说的“需要用高斯03计算才可以生成相应的文件”是从哪里看来的,我完全没印象,也并没有这说法 ...

非常感谢sob老师!好,我再继续看看,我昨晚试了试高斯03,我输入的命令是# b3lyp/Def2SV 提示我语法错误,难道def2sv这个基组在g03里面没有吗~谢谢!!

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5320#
发表于 Post on 2017-12-13 11:01:15 | 只看该作者 Only view this author
老师 我为了找两个构象之间的过渡态结构,做了一个柔性扫描。如果存在过渡态,按说会出现一个能量极高点同时其也应当是受力极小点。但是我这个扫描结果是中间出现了一个能量极大点,但同时也是受力极大点。请教您一下这是怎么回事呢?它还能作为初猜吗?
scan_re_NH.rar (2.29 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 14:04:30 | 只看该作者 Only view this author
853474282 发表于 2017-12-13 09:11
非常感谢sob老师!好,我再继续看看,我昨晚试了试高斯03,我输入的命令是# b3lyp/Def2SV 提示我语法错误 ...

G09 B.01开始才是可以直接可以用的,老版本得自己去EMSL拷定义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 14:05:43 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2017-12-13 08:12
谢谢回复,那在这种情况下,使用gentor和molclus或其他软件所扫描的最优构型相对而言还有意义吗?应该如 ...

这完全是两码事。
用合理的计算级别才能保证当前的势能面是基本正确的,而只有你用gentor、molclus等程序,才能帮助你找到势能面上各种极小点
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 14:07:01 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2017-12-13 07:30
我用scan优化的时候,不知道为什么结构没有变化,我是加了虚原子的,比如我要做二面角1,2,3,4是扫描。我发 ...

scan是指刚性扫描,和优化没有关系。
不清楚你具体问的什么,做scan的时候每一步结构一定会不同。如果结构都没变,说明当前根本不是scan任务
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 14:07:44 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2017-12-13 04:01
请教VMD显示结构时能否把所有的氢及其连接的键不显示或者去掉,因为分子比较大,是配合物,约150个原子,有 ...

graphics-representation里的selected atoms输入noh,就只显示氢以外的原子了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 14:15:53 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-12-13 11:01
老师 我为了找两个构象之间的过渡态结构,做了一个柔性扫描。如果存在过渡态,按说会出现一个能量极高点同 ...

可以试试作为初猜
受力极大是正常的,因为扫描不可能恰好落在TS上,TS附近一块区域的受力比接近TS和接近反应物/过渡态的区域都大,因此柔性扫描最后两个点如果落在这样的地方,受力会很大。
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