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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-12-13 14:29:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 14:15
可以试试作为初猜
受力极大是正常的,因为扫描不可能恰好落在TS上,TS附近一块区域的受力比接近TS和接近 ...

谢谢老师解答! 还有个问题,算过度金属配合物(很可能含有色散作用),直接使用M06合理吗?

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发表于 Post on 2017-12-13 14:38:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 14:04
G09 B.01开始才是可以直接可以用的,老版本得自己去EMSL拷定义

非常感谢sob老师!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 14:40:11 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-12-13 14:29
谢谢老师解答! 还有个问题,算过度金属配合物(很可能含有色散作用),直接使用M06合理吗?


可以,但是应当加D3。光是M06描述弱相互作用还是不十分充分,加D3有不小改善。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2017-12-13 14:40:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-12 19:44
仔细看
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

好的sobereva老师,以后我会注意的,谢谢

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发表于 Post on 2017-12-13 15:00:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 14:40
可以,但是应当加D3。光是M06描述弱相互作用还是不十分充分,加D3有不小改善。

知道了,多谢老师解答!

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发表于 Post on 2017-12-14 15:09:23 | 只看该作者 Only view this author

求解能量(sp)时,迭代发生震荡该如何解决?

本帖最后由 夐异 于 2017-12-14 15:18 编辑

想要计算SF6分子的VIP,已经在中性结构下进行优化,在求(N-1)态能量时输出文件末尾如下所示:
Density has only Abelian symmetry.
EnCoef did    28 forward-backward iterations
Density matrix breaks symmetry, PCut= 1.00D-04
Density has only Abelian symmetry.
Rare condition: small coef for last iteration: -0.666D-15
Density matrix breaks symmetry, PCut= 1.00D-04
Density has only Abelian symmetry.
EnCoef did    16 forward-backward iterations
Density matrix breaks symmetry, PCut= 1.00D-04
Density has only Abelian symmetry.
Rare condition: small coef for last iteration: -0.888D-15
Density matrix breaks symmetry, PCut= 1.00D-04
Density has only Abelian symmetry.
EnCoef did    34 forward-backward iterations
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB-P86) =  -997.032131223     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.11D-02     -V/T= 2.0020
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7508 S= 0.5004
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7508,   after     0.7500
Convergence failure -- run terminated.


在128次内未收敛,这个问题应该如何解决呢?计算水平BP86/def2-QZVP

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发表于 Post on 2017-12-14 17:01:19 | 只看该作者 Only view this author
我想请问一下如何将.xyz的文件信息复制到gaussion的输入文件中,也就是利用.xyz的信息作为输入文件进行下一步的计算任务。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-14 17:24:07 | 只看该作者 Only view this author
mazhi19950907 发表于 2017-12-14 17:01
我想请问一下如何将.xyz的文件信息复制到gaussion的输入文件中,也就是利用.xyz的信息作为输入文件进行下一 ...

用文本编辑器打开,直接就看到坐标了,复制到gjf里对应位置就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-14 17:27:53 | 只看该作者 Only view this author
夐异 发表于 2017-12-14 15:09
想要计算SF6分子的VIP,已经在中性结构下进行优化,在求(N-1)态能量时输出文件末尾如下所示:
Density has ...


解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

计算前确保体系已经做过对称化,成了Oh点群。否则计算又慢又难收敛
BP86这种泛函配QZ基组完全没意义。要用QZ就应当用CCSD(T),起码双杂化泛函。
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发表于 Post on 2017-12-14 17:38:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-14 17:27
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

谢谢老师的解答,这个问题在原子数稍多的分子(十几、二十个)也出现了,是否都做了对称化还需要检查一下。使用BP86和def2QZVP计算是因为这个计算水平下得到的VIP结果与实验值对应得比较好,不过双杂化泛函没有试过,可以尝试一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-14 17:45:10 | 只看该作者 Only view this author
夐异 发表于 2017-12-14 17:38
谢谢老师的解答,这个问题在原子数稍多的分子(十几、二十个)也出现了,是否都做了对称化还需要检查一下 ...

BP86/def2QZVP就算恰好和实验对得好,那也是巧合,只是凑数据。到时候审稿人问为什么用这个级别,根本说不清楚。DFT下TZ和QZ的差异微乎其微,用QZ完全是浪费。
通常,M062X算VIP比纯泛函好得多。
如果原子数更多的情况,本身也有对称性,计算前也要对称化。有对称性的体系计算时要利用对称性,属于基本量化计算尝试。
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发表于 Post on 2017-12-14 17:54:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-14 17:45
BP86/def2QZVP就算恰好和实验对得好,那也是巧合,只是凑数据。到时候审稿人问为什么用这个级别,根本说 ...

方法和基组的选取上确实不太合理,谢谢老师的建议,我再改进一下。

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发表于 Post on 2017-12-14 20:03:32 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我做了一刚性扫描,关键词是#p m06l/genecp int=(ultrafine,acc2e=12) scf=xqc scan。不知道这个有没有问题,做完之后发现能量差的很大。问题1。我看网上有列子,关键词#p hf/sto-3g opt(maxcyc=500,z-matrix) scf(maxcyc=200) nosymm guess=read gfinputiop(6/7=3),刚性扫描也需要加关键词opt吗?2.如果我把这个刚性扫描换成柔性扫描,是不是只需要把关键词scan换成opt=opt(addredundant)就可以了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-14 20:10:02 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2017-12-14 20:03
各位老师,我做了一刚性扫描,关键词是#p m06l/genecp int=(ultrafine,acc2e=12) scf=xqc scan。不知道这个 ...


别学网上乱七八糟地方的例子,注意看此文
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

没特殊情况int=(ultrafine,acc2e=12) scf=xqc根本不需要加
hf/sto-3g的结果毫无意义,maxcyc=500,z-matrix完全多余,scf(maxcyc=200)是垃圾关键词,nosymm毫无必要,写gfinputiop(6/7=3)莫名其妙。你网上看到的那个例子明显就是还没入门的菜鸟写的。
注意看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

柔性扫描:opt=modredundant,输入文件末尾空一行定义如何柔性扫描,诸如3 5 10 0.2就代表3-5键长做柔性扫描,10步,每步0.2埃
刚性扫描:写scan,然后坐标部分定义步数、步长

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发表于 Post on 2017-12-14 20:50:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-14 17:24
用文本编辑器打开,直接就看到坐标了,复制到gjf里对应位置就完了

谢谢老师,学会了

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