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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-12-18 15:56:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-18 15:34
看你具体是什么任务,续算方式差异很大

只是单点任务,sp,算了挺久,突然断电了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-18 16:23:16 | 只看该作者 Only view this author
夐异 发表于 2017-12-18 15:56
只是单点任务,sp,算了挺久,突然断电了

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2017-12-18 16:27:02 | 只看该作者 Only view this author

嗯嗯,谢谢老师,用的是DFT算的。

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发表于 Post on 2017-12-18 16:28:54 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师   能说下 原子序数较高的异核原子所形成的分子轨道能级排列顺序嘛  如过度态金属       或者  在哪能看到这部分内容

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-18 20:54:52 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-12-18 16:28
sob 老师   能说下 原子序数较高的异核原子所形成的分子轨道能级排列顺序嘛  如过度态金属       或者  在 ...

自行找个模型体系算一下就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-18 21:09:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2017-12-18 21:15 编辑
sobereva 发表于 2017-12-18 15:36
IRC任务里你用了geom=check?这样的话TS结构可能不输出到输出文件里,gview显示IRC的时候可能也没IRC那个 ...

谢谢老师,我确实用geom=check,也用了guess=read。 如果我不用geom=chechk,guess=read就会正常显示么?我的结构挺大的,我寻思用这个会节省很多时间吧...另外步长应该设置多大比较合适呢,我看咱们群里有个IRC的图,有时候设置小了的话,可能产物或者反应物找不到。设置大了又有什么弊端呢?会出现那种越过反应物或者产物得下一步的几何构型么?

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发表于 Post on 2017-12-18 22:24:38 | 只看该作者 Only view this author
老师请问一下ORCA计算得到的UNO和UCO文件怎样才能可视化?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-18 23:52:19 | 只看该作者 Only view this author
喵帕斯 发表于 2017-12-18 22:24
老师请问一下ORCA计算得到的UNO和UCO文件怎样才能可视化?


用UNO UCO关键词,会输出.uno和.uco,后缀改为.gbw再用orca_2mkl转成.molden就能用Multiwfn载入并用主功能0直接观看轨道图形
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-18 23:57:13 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2017-12-18 21:09
谢谢老师,我确实用geom=check,也用了guess=read。 如果我不用geom=chechk,guess=read就会正常显示么? ...

基本原则:凡是碰见诡异的情况,先把可以不用的关键词去掉再说
用那个导致的耗时降低对整个任务来说根本就是微乎其微的
步长多大看你目的。大了容易中途出错、不平滑
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发表于 Post on 2017-12-19 08:25:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-18 23:57
基本原则:凡是碰见诡异的情况,先把可以不用的关键词去掉再说
用那个导致的耗时降低对整个任务来说根本 ...

sob老师,我做IRC的目的就是为了验证过渡态和对应的反应物和产物。。还想请教一下IRC还能做些什么?一直不太懂曲线平滑与否代表了什么

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发表于 Post on 2017-12-19 10:12:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-18 15:35
计算原子电荷考察
不了解原子电荷就看http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml

多谢

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发表于 Post on 2017-12-19 11:37:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-12-19 11:38 编辑

如何保存,并读取Gaussian计算出的MO的波函数(个人理解分子轨道就是好多个系数*基函数求和的形式)?还有,如何保存、读取NBO模块里面的CMO的波函数?谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-12-19 18:29:39 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,用gaussview画结构怎样能一部分用球棍,一部分用线?谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-19 19:12:56 | 只看该作者 Only view this author
chrishuo 发表于 2017-12-19 18:29
sob老师,用gaussview画结构怎样能一部分用球棍,一部分用线?谢谢老师

那只能利用ONIOM分层设定实现,高层和底层的显示方式不同。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-19 19:13:47 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-19 11:37
如何保存,并读取Gaussian计算出的MO的波函数(个人理解分子轨道就是好多个系数*基函数求和的形式)?还有 ...

参考
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55

“NBO模块里面的CMO的波函数”意义不明,NBO考察的不是正则分子轨道,主要是基于NAO、NBO、NLMO、NHO来讨论问题的
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