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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-21 17:27:44 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2017-12-21 10:30
sob老师,一个D-A型分子,光照之后产生D(+)-A(-)的离子对,如何用Gaussian计算它的能量呢?

做TDDFT计算,如果激发态正对应于这种电子结构,取这个态的能量即可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-21 17:28:42 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-12-21 10:38
卢老师,计算UN-O2电子结构时遇到一个问题反复提示,想请教一下您

输入文件

int=ultrafine只对DFT有意义,此时完全多余
CCSD(T)改成CCSD(T,full)不冻核即可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-21 17:31:55 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-12-21 15:47
sob老师好,我想请教您一下用TST计算反应速率常数时的问题。
A+B-————A```B————TS————Product ...

没有界定,比较含糊。

一般是以21kcal/mol作为室温下是否容易反应的标准。
双分子反应也可以自行根据k、浓度随时间的变化,得到什么势垒算是室温下容易反应的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-21 17:33:16 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2017-12-21 11:12
sob老师好,考察有机阳离子与碱基对儿相互作用的结合能,它们主要是氢键作用,进行BSSE校正时,
1. 把碱基 ...

1 整体
2 可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-21 17:48:04 | 只看该作者 Only view this author
thinkpower 发表于 2017-12-21 12:40
请问sob老师,我用在气相优化好的结构在溶剂中寻找过渡态的时候,发现不管怎么调整构型优化结果都是错误的 ...

l9999就是几何优化不收敛,要搞清楚原因,看
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

我现在太忙,附件没时间看。默认的收敛限已经够严了,你越用verytight越难以达到收敛限
gdiis对这个基本没用
气相下和溶剂下自由能面不同,TS结构也可能有不可忽视的差异,反复调整过渡态初猜结构,反复找过渡态。用calcall虽然非常昂贵但是对于帮助定位到过渡态是有益处的(g16也可以恰当用recalc=x)。计算过程一定要注意监控优化曲线,苗头不对就早点停掉。
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发表于 Post on 2017-12-21 21:33:33 | 只看该作者 Only view this author
一个分子我已经用Gaussian优化好且做了频率分析,然后我想看一下NBO轨道需要继续算,请问我只需要取优化好的结构加上pop=saveNBO关键字做一次单点计算就可以了么?谢谢。

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发表于 Post on 2017-12-21 21:51:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-21 17:31
没有界定,比较含糊。

一般是以21kcal/mol作为室温下是否容易反应的标准。

嗯,多谢sob老师!

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发表于 Post on 2017-12-21 22:03:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-21 17:28
int=ultrafine只对DFT有意义,此时完全多余
CCSD(T)改成CCSD(T,full)不冻核即可

谢谢老师,我试一下

请问full代表什么意思?

去掉以下这个部分、只保留ECP60MWB的基组部分就可以了?

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-21 22:16:36 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-12-21 22:03
谢谢老师,我试一下

请问full代表什么意思?

代表不冻核
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-21 22:17:49 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2017-12-21 21:33
一个分子我已经用Gaussian优化好且做了频率分析,然后我想看一下NBO轨道需要继续算,请问我只需要取优化好 ...


我个人建议用Multiwfn基于NBO plot文件看NBO轨道,要不然会被程序重新排序,很不好和输出信息里的轨道序号对应上,见
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
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发表于 Post on 2017-12-21 22:35:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-21 22:17

我个人建议用Multiwfn基于NBO plot文件看NBO轨道,要不然会被程序重新排序,很不好和输出信息里的轨 ...

谢谢你~~

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发表于 Post on 2017-12-22 14:44:46 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,自然辐射寿命是用tau=c*c*c/(2*E*E*f)还是tau=3/(2*f*ν^2)来计算呢?

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发表于 Post on 2017-12-22 15:06:14 | 只看该作者 Only view this author
mayer键级如果是0.5以下就代表没成键,0.5以上就代表成键了么?2.我只有log文件怎么能快速的得到mayer键级呢?

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发表于 Post on 2017-12-22 16:10:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想标注氢键,一般在多长范围内就算是有氢键作用呢?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-22 16:11:20 | 只看该作者 Only view this author
chrishuo 发表于 2017-12-22 16:10
sob老师,我想标注氢键,一般在多长范围内就算是有氢键作用呢?谢谢!

X-H....Y的情况,X-Y距离小于3.5埃
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