简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

ironman_2 · 发表于 Post on 2017-12-20 11:09:25

sobereva 发表于 2017-12-19 21:54
用aida64或CPU-Z等程序查看CPU信息，如果显示支持AVX2就能用

荧光看

谢谢SOB大神

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-20 12:31:10

ironman_2 发表于 2017-12-20 11:09
群里各位大神，高斯16在计算速度各方面比09版快吗？想安装gaussian16,但是解压后已经高达7.59G

g16和g09默认格点精度和acc2e都有差别，假设设置设为相同，则g16和g09相同指令集版本性能没有差别，AVX2 g16和SSE4.2的g09比前者快不少。

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-20 12:33:23

329678001 发表于 2017-12-20 10:14
1.%rwf是干嘛的？我们课题组都是带这个，一直也没懂干嘛的，前面sob老师说的不要把%rwf分那么多是什么意思 ...

1 rwf是Gaussian临时文件当中体积最大的。你要是保留%rwf就写路径就完了，何必分成那么多块，硬盘也不是没地方。
2 我不知道你听哪群的哪个所谓的“大神”说的，没有前提的情况下这么判断根本完全错误。要是诸如思想家公社群里liyuanhe等水平很好的人告诉你的，那肯定是你理解错了。要是杂七杂八的群里来路不明的人告诉你的，那纯粹是在坑你。
你应当先搞清楚你当前任务到底在干什么。

PS：建议有机会参加科音的初级量化培训班，把思路和计算常识搞清楚

mumeizili · 发表于 Post on 2017-12-20 12:43:22

sobereva 发表于 2017-12-19 21:03
关键词没错
估计是%不恰当设定所致
没事不要%rwf分那么多，你当前的设置根本没意义，或者说根本设它就 ...

谢谢老师。

mumeizili · 发表于 Post on 2017-12-20 12:49:54

sobereva 发表于 2017-12-19 21:03
关键词没错
估计是%不恰当设定所致
没事不要%rwf分那么多，你当前的设置根本没意义，或者说根本设它就 ...

谢谢老师的回答。那我理解为如果是计算量很小的文件就不需要草稿文件了。

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-20 12:51:52

mumeizili 发表于 2017-12-20 12:49
谢谢老师的回答。那我理解为如果是计算量很小的文件就不需要草稿文件了。

rwf文件总是会生成的，你写了%rwf才会在计算完毕后保留而不是自动删除
哪些计算耗硬盘大，这里说了
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397
你当前任务这么简单，耗硬盘几乎为0，去人为指定%rwf完全是多余的

329678001 · 发表于 Post on 2017-12-20 14:27:39

sobereva 发表于 2017-12-20 12:33
1 rwf是Gaussian临时文件当中体积最大的。你要是保留%rwf就写路径就完了，何必分成那么多块，硬盘也不 ...

不是李老师，他严厉的告诉我变大就杀死，变小就留下，别研究为什么...但是我觉得应该不是这样子吧，
我算的opt和freq，这种算很久的情况时有发生，就像是做柔性扫描时候似的，有时候一个构型要很久才能跑出来（时间耗费比平常的结构多7—15倍）。我感觉这应该属于不正常现象，我有一次增大步长很快算出来了。可能是哪里还是有技巧的，所以特来咨询一下社长。

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-20 16:13:34

329678001 发表于 2017-12-20 14:27
不是李老师，他严厉的告诉我变大就杀死，变小就留下，别研究为什么...但是我觉得应该不是这样子吧，
我 ...

那个人纯属胡说八道。能量大趋势是下降，难道就不能中途有短暂上升？实际上，中途短暂上升，往往正是去越过“坎”，通常过去了就没事了、最后能收敛。只有发现已经出现了震荡，继续跑下去根本没前途，才需要杀掉

不要问“某个任务怎么还跑不出来”、“都花了很长时间了”之类，要查看输出文件，看到底发生了什么，因为什么导致耗时很长，弄清楚原因，然后再对症下药。

Theor_Comp · 发表于 Post on 2017-12-21 10:30:54

sob老师，一个D-A型分子，光照之后产生D(+)-A(-)的离子对，如何用Gaussian计算它的能量呢？

lastzealot · 发表于 Post on 2017-12-21 10:38:01

卢老师，计算UN-O2电子结构时遇到一个问题反复提示，想请教一下您

输入文件

%chk=UNO2_cs
%nproc=8
%mem=8gb
#p ccsd(t)/genecp int=ultrafine

sp of UNO2

0 6
U    -1.99337700    -0.54190500    0.00000000
N    -0.12480600    -0.62241800    0.00000000
O    -4.20432800    0.26347800    0.00000000
O    -4.27781100    -1.07695300    0.00000000

U 0
S 3 1.00
12098.0820000 0.000102
1833.7573000 0.000771
351.6863200 0.002969
S 1 1.00
104.3142600 1.0
S 3 1.00
60.9058220 0.049868
35.5150860 -0.245313
20.8912270 0.723847
S 1 1.00
10.1846470 1.0
S 1 1.00
2.8518510 1.0
S 1 1.00
1.5316160 1.0
S 1 1.00
0.6162030 1.0
S 1 1.00
0.2794940 1.0
S 1 1.00
0.0572530 1.0
S 1 1.00
0.0234430 1.0
P 5 1.00
2906.8451000 0.000088
694.4005300 0.000732
224.6347900 0.003414
80.5205260 0.011099
24.0802110 0.025216
P 1 1.00
14.0775800 1.0
P 1 1.00
8.2658460 1.0
P 1 1.00
3.4236070 1.0
P 1 1.00
1.7084170 1.0
P 1 1.00
0.6550460 1.0
P 1 1.00
0.2837550 1.0
P 1 1.00
0.1018140 1.0
P 1 1.00
0.0305350 1.0
D 6 1.00
449.0195300 0.000050
156.3569500 0.000322
60.2424390 0.001777
17.7723170 0.025385
10.4543040 -0.089378
3.5834330 0.444799
D 1 1.00
1.7637240 1.0
D 1 1.00
0.7840300 1.0
D 1 1.00
0.2761270 1.0
D 1 1.00
0.0869800 1.0
F 5 1.00
105.2879300 0.000228
35.1011810 0.002308
14.5641380 0.009253
4.6518850 0.136949
2.2559730 0.339801
F 1 1.00
1.0102740 1.0
F 1 1.00
0.4116800 1.0
F 1 1.00
0.1441200 1.0
G 4 1.00
105.2879300 0.000137
35.1011810 0.001831
14.5641380 0.019940
4.6518850 0.110758
G 1 1.00
2.2559730 1.0
G 1 1.00
1.0102740 1.0
****
N O 0
cc-pvtz
****

U 0
ECP60MWB 5 60
H-Komponente
1
2 1.00000000 0.00000000
S-H
1
2 16.41403869 536.51662778
P-H
1
2 9.06055606 169.54492465
D-H
1
2 8.83183198 142.61559837
F-H
1
2 7.01851629 60.39307602
G-H
1
2 12.80408844 -60.12998958

报错
SCF Done:  E(UHF) =  -679.291277189    A.U. after  105 cycles
         NFock=105  Conv=0.61D-08    -V/T= 2.9184
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 2.5000 <S**2>= 8.8138 S= 2.5106
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 3.540960720290D+02 PE=-1.889456203351D+03 EE= 6.379613550509D+02
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    8.8138, after    8.7511
Leave Link  502 at Wed Dec 20 22:13:49 2017, MaxMem=  1073741824 cpu:    383.8
(Enter /db/home/renym/g09/l801.exe)
Windowed orbitals will be sorted by symmetry type.
ExpMin= 2.34D-02 ExpMax= 1.53D+04 ExpMxC= 1.21D+04 IAcc=3 IRadAn=       5 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=       5 IDoV=-2 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT= 12500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
Largest valence mixing into a core orbital is  4.25D-01
Largest core mixing into a valence orbital is  4.21D-01
Excessive mixing of frozen core and valence orbitals.
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l801.exe at Wed Dec 20 22:13:50 2017.
Job cpu time:    0 days  0 hours  6 minutes 58.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 134 Int=    0 D2E=    0 Chk=    3 Scr=    2

请问这是怎么回事应该如何来处理呢

麻烦老师了，谢谢您

不懂计算 · 发表于 Post on 2017-12-21 11:12:22

sob老师好，考察有机阳离子与碱基对儿相互作用的结合能，它们主要是氢键作用，进行BSSE校正时，
1. 把碱基对儿定义成2个片段还是看成一个整体呀？
2. 再往后计算，若加一个卤素离子后，做BSSE时，可不可以把阴阳离子当做整体来定义成一个片段呢？

thinkpower · 发表于 Post on 2017-12-21 12:40:33

请问sob老师，我用在气相优化好的结构在溶剂中寻找过渡态的时候，发现不管怎么调整构型优化结果都是错误的过渡态（验证了虚频也是错误的）
然后尝试缩小步长去寻找过渡态，报错l99999，结果震荡，但是选最小点去做频率发现有两个虚频，其中一个是我需要的。
接着尝试把不需要的虚频左调之后结果还是震荡。
尝试了opt=verytight 方法发现直接报错l99999
现在在尝试用opt=gdiis，老师觉得可行吗？
因为附件较大，所以上传至网盘。
https://pan.baidu.com/s/1c22LKjQ

steven · 发表于 Post on 2017-12-21 15:47:57

sob老师好，我想请教您一下用TST计算反应速率常数时的问题。
A+B-————A```B————TS————Product
这么一个过程如果我以复合物作为反应物来看就是单分子反应，否则就是双分子反应将得到不一样的k，按照哪种有什么指标可以界定吗？
还有个问题，单分子反应一般认为在能垒大于24kcal/mol左右时，算出k，根据一级反应半衰期=(ln2)/k，得到在室温下将较难发生的结论。
那么双分子反应有类似的经验结论吗？
麻烦老师！

终_焉 · 发表于 Post on 2017-12-21 16:27:31

Sob老师，OPT受到溶剂的影响比较小，能不能将真空条件下做几何优化得到的过渡态用于IRC，并添加SCRF关键字，考察不同溶剂对IRC过程能垒的影响？
对于没有明显电荷分离的过渡态，这样的做法对比先在溶剂条件下做几何优化得到过渡态，再做IRC的做法，误差会很大吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-21 17:27:09

终_焉发表于 2017-12-21 16:27
Sob老师，OPT受到溶剂的影响比较小，能不能将真空条件下做几何优化得到的过渡态用于IRC，并添加SCRF关键字 ...

不能。IRC的级别必须和TS的级别完全一致，溶剂模型必须相同，要么都加要么都不加。建议都加

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