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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-1-13 20:24:20 | 只看该作者 Only view this author

relaxed scan遇到的问题

大家好,我做一个体系(包括A、B两个分子)的relaxed scan,目标是分子A断一个键,输入文件设置30步,步长0.1,结果发现跑了35点,而且每个点目标键都没变化,最后一个点才一下子增大。scan的能量趋势见图。求助求助~~在线等~
输入文件:
%nproc=12
%mem=12GB
#P B3LYP/6-311++G(d) scrf=(solvent=acetone) opt=modredundant freq nosymm

输出文件结尾:
NTrRot=    -1 NTRed=   150 NAtoms=    26 NSkip=    78 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /opt/gauss/g09/l103.exe at Thu Jan 14 01:36:35 2016.
Job cpu time: 12 days 11 hours  1 minutes 20.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    397 Int=      0 D2E=      0 Chk=     23 Scr=      1


[img]file:///C:\Users\lenovo\AppData\Roaming\Tencent\Users\122794805\QQ\WinTemp\RichOle\SR3LS1N1VS[M%3%2)$}TC9E.png[/img]

[img]file:///C:\Users\lenovo\AppData\Roaming\Tencent\Users\122794805\QQ\WinTemp\RichOle\SR3LS1N1VS[M%3%2)$}TC9E.png[/img]



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-13 22:08:31 | 只看该作者 Only view this author
alan 发表于 2016-1-13 20:24
大家好,我做一个体系(包括A、B两个分子)的relaxed scan,目标是分子A断一个键,输入文件设置30步,步长0 ...

任务正常结束后就不会末尾有那个突跃。

如果你的任务是要断开共价键,得做对称破缺计算,这么写关键词不行。
另外,柔性扫描任务别和freq搅合在一起。
氢的弥散函数完全没必要。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-1-14 10:51:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-10 01:34
高斯bug或者机子不稳定
先换成D.01再试

   sobereva老师,我安装了你的高斯09D.01的软件,可以使用,但是计算的时候还是会出现这个问题,不会报错。
    walltime 18043 exceeded limit 18000(这是我的.pbs文件显示的结果)。
   请问这有可能是不是设备的问题?谢谢!

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发表于 Post on 2016-1-14 11:40:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-13 22:08
任务正常结束后就不会末尾有那个突跃。

如果你的任务是要断开共价键,得做对称破缺计算,这么写关键词 ...

sob老师,您好,我根据您的回答,并阅读了《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》,重新修改关键词还遇到以下疑问:
1、首先把我的体系阐述一下:体系由A(+1 charge),B(-1 charge)两个片段组成,整个体系做relaxed scan,B不变,想把A断成A1,A2两个片段,这样一来整个体系三个片段。
2、我在GV-edit-atom groups里把体系分成三个片段,B是-1 charge,但A1和A2的电荷应该怎么设置呢?
3、做对称破缺计算,是不是把体系按上述分成三个片段,并把A1和A2分别设置unparied spins为alpha和beta,然后关键词写为 scrf(solvent=acetone) opt=modredundant guess=mix nosymm?
4、您说的“氢的弥散函数完全没必要”,我不是很理解,请问您是怎么在我的输入文件里提出这个问题的?
我没有很理解您昨天的回答,所以提出的问题比较多,望见谅。

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发表于 Post on 2016-1-14 22:11:52 | 只看该作者 Only view this author
知道电子的激发的类型,比如是MLCT,如何得到一个具体数据呢(即MLCT占的比例)?

MLCT.png (6.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

MLCT.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-14 22:41:41 | 只看该作者 Only view this author
14xlliu 发表于 2016-1-14 22:11
知道电子的激发的类型,比如是MLCT,如何得到一个具体数据呢(即MLCT占的比例)?

以前写过一段笔记

MLCT特征百分比的计算:一种方法是看基态和激发态上金属的电荷变化,乘上100%即可。比如金属电荷变化了1.0就代表跃迁过程从金属转移走了1个电子,这就是100%的MLCT,如果是变化0.2那就是20%的MLCT。另一种方法是考察轨道成份,这用起来不方便,但是可以得到每个轨道间跃迁对整体MLCT特征的贡献,比如一对儿跃迁是b->s,系数是c,金属在b中成分是Mb%,在s是Ms%,那么这个轨道跃迁对MLCT的贡献为c^2*(Mb-Ms)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-14 22:42:28 | 只看该作者 Only view this author
yezhonghua 发表于 2016-1-14 10:51
sobereva老师,我安装了你的高斯09D.01的软件,可以使用,但是计算的时候还是会出现这个问题,不会报 ...

可能是你pbs设定问题,允许的任务时间上限设得太小
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-14 23:15:01 | 只看该作者 Only view this author
alan 发表于 2016-1-14 11:40
sob老师,您好,我根据您的回答,并阅读了《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》,重新修改关键词还遇 ...

除非guess=mix得不到想要的对称破缺态,否则完全没必要用片段组合的方法。
用U,直接写guess=mix nosymm opt=modredundant就完了。如果要用片段组合方法,那么和guess=mix根本没关系。
把氢的弥散函数去了就完了,用6-311+G**
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发表于 Post on 2016-1-14 23:49:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-14 22:42
可能是你pbs设定问题,允许的任务时间上限设得太小

谢谢sobereva老师,我改成以前的2倍时间,再试试。谢谢!

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发表于 Post on 2016-1-15 12:26:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-14 22:41
以前写过一段笔记

MLCT特征百分比的计算:一种方法是看基态和激发态上金属的电荷变化,乘上100%即可。 ...

系数的平方不需要乘以2吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-15 20:21:49 | 只看该作者 Only view this author
14xlliu 发表于 2016-1-15 12:26
系数的平方不需要乘以2吗?

如果你是高斯算的,闭壳层时归一化值为0.5,此时需要乘以2
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发表于 Post on 2016-1-16 13:36:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-14 23:15
除非guess=mix得不到想要的对称破缺态,否则完全没必要用片段组合的方法。
用U,直接写guess=mix nosymm ...

sob老师,您好。我照您说的,scan共价键断裂,用了关键词:#P B3LYP/6-311+G** scrf=(solvent=acetone) guess=mix opt=modredundant nosymm
得到scan of total energy的图如下,但是计算是非正常结束的,我设30步,跑了17步,目前断的最远距离3.38347埃,出现以下错误:
New curvilinear step not converged.
OIter  1 Iteration     1 Try  1 RMS(Cart)=  0.13557471 RMS(Int)=  0.44724056
OIter  1 Iteration     2 Try  1 RMS(Cart)=  0.31159567 RMS(Int)=  0.45711970
Old curvilinear step not converged, using linear step
OIter  1 Iteration     1 Try  1 RMS(Cart)=  0.00056075 RMS(Int)=  0.00007108
OIter  1 Iteration     2 Try  1 RMS(Cart)=  0.00004286 RMS(Int)=  0.00007199
OIter  1 Iteration     3 Try  1 RMS(Cart)=  0.00005277 RMS(Int)=  0.00007786
Old curvilinear step not converged, using linear step
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /opt/gauss/g09/l103.exe at Sat Jan 16 08:55:48 2016.
Job cpu time: 18 days 11 hours 56 minutes 16.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    416 Int=      0 D2E=      0 Chk=     25 Scr=      1


刚接触scan,不会分析此类错误,请老师指导一下,感谢~

scan energy.jpg (167.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

scan energy.jpg

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发表于 Post on 2016-1-16 19:59:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!如果基态是开壳层单重态那么该如何在第一激发态的势能面上进行优化?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-16 22:11:55 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-1-16 19:59
sob老师您好!如果基态是开壳层单重态那么该如何在第一激发态的势能面上进行优化?


对于高斯的TDDFT,和闭壳层输入一样,没什么特殊的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-16 22:14:23 | 只看该作者 Only view this author
alan 发表于 2016-1-16 13:36
sob老师,您好。我照您说的,scan共价键断裂,用了关键词:#P B3LYP/6-311+G** scrf=(solvent=acetone) g ...

得用U
guess=mix必须改成guess(mix,always)

如果还有这个错误,尝试其它扫描设定,或者用刚性扫描

此体系加弥散多余。
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