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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-4-9 10:20:24 | 只看该作者 Only view this author
请问,计算单点能出现L804错误如何解决?
输入: #p ccsd(T)/aug-cc-pvtz nosymm
输出结尾:

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发表于 Post on 2018-4-9 13:21:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想做一个关于SCW超临界水的催化课题。一些计算文献中对超临界水的定义为T=600K ,密度为0.33 g/cm3。请问这种临界状态能在高斯中实现么?还有就是关于TIP4P水模型,是否能用packmol画出来。谢谢老师

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发表于 Post on 2018-4-9 16:41:35 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!想向老师请教一个关于能垒计算的问题
1 中间体的能量计算,已确认收敛且无虚频。
# OPT FREQ B3LYP/6-31g(d) temperature=373.15
2 过渡态的能量计算,确认有单虚频,且虚频震动发生在反应部位,并走IRC确认结构
# B3LYP/6-31G(d) opt=(calcfc,noeigen,TS) freq temperature=373.15
3 用较高级别方法对优化得到的结构计算能量
# m06/6-311+G** geom=connectivity SCRF=(solvent=methanol,smd) temperature=373.15
4 从低精度的freq计算中取Thermal correction to Gibbs free energy (TCG),从较高精度的单点能计算中取HF值,两者相加得到化合物在溶液中的吉布斯自由能。
按照这个过程算出的△G高达43kcal/mol,得出的半衰期非常长,想向老师请教一下是这个计算过程有问题还是这个机理可以通过这个计算被否定呢?
辛苦老师了!

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发表于 Post on 2018-4-9 17:15:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2018-4-9 17:38 编辑

老师,跑完irc,把最后的结构取出来寻找中间体结构,但是无论怎么(gediis,gdiis)都不收敛,错误的原因是超出循环步骤。图一是完整优化过程。图二是把优化的最后一个结构作为初始结构继续优化的结果。 问题已解决:终于有一个成功的见图4、图五(是不是很占空间)。老师能不能解释一下这种情况。

2222.jpg (77.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

图一

图一

1111.jpg (136.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

图二

图二

3333.jpg (49.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

3333.jpg

4444.jpg (72.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 18:20:31 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-4-9 08:39
老师  没写density  说明后hf方法和dft分析的波函数是一致的  那么它们两的分子轨道类型应该一致吧


后HF已经脱离了单电子近似,根本没有分子轨道的概念
你之前得到的只不过是HF分子轨道。这和DFT产生的分子轨道可能存在明显不同。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 18:22:07 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-4-9 10:20
请问,计算单点能出现L804错误如何解决?
输入: #p ccsd(T)/aug-cc-pvtz nosymm
输出结尾:

bug,或者%mem给得太小
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 18:23:09 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-4-9 17:15
老师,跑完irc,把最后的结构取出来寻找中间体结构,但是无论怎么(gediis,gdiis)都不收敛,错误的原因是 ...

没有什么可解释的。按此文解决就完了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 18:25:11 | 只看该作者 Only view this author
LLLL1111 发表于 2018-4-9 13:21
sob老师,我想做一个关于SCW超临界水的催化课题。一些计算文献中对超临界水的定义为T=600K ,密度为0.33 g/ ...

你这不是量化问题,高斯也无能为力,你应当用分子动力学方法研究。
packmol是建模程序,而TIP4P这是具体的水模型,定义了水在模拟时的参数,不是一码事。如果说你是想让packmol产生出的水盒子的结构里面有TIP4P里定义的虚拟点,那你需要在packmol的输入文件里引入的水分子的结构文件里就出现那个虚拟点。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 18:50:56 | 只看该作者 Only view this author
doublelbegins 发表于 2018-4-9 16:41
老师您好!想向老师请教一个关于能垒计算的问题
1 中间体的能量计算,已确认收敛且无虚频。
# OPT FREQ B ...


几个问题:
1 建议优化和找过渡态时候都加上溶剂模型。虽然多数情况对结构影响不大,但不排除某些情况可能造成极大影响,视体系特征而定
2 算单点时候写temperature是没有意义的,不影响结果
3 绝对不要优化时候用一个泛函,而算单点时候用一个与之耗时差不多的另一个泛函。这样完全体现不出换泛函的意义,审稿人还会问你干嘛优化时候不用算单点时候的泛函。M06和B3LYP的耗时相差并不多
4 M06算不上多精确的方法,要提升建议改用双杂化,并且基组提升到def2-TZVP。高斯算得吃力就用ORCA

以上问题都解决后,如果自由能垒还是很高,用过渡态理论根据当前设定的温度发现反应很缓慢,而且当前计算模型没有忽略掉什么实验中重要的因素,那就是说明这个机理不通。
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发表于 Post on 2018-4-9 20:11:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-9 18:25
你这不是量化问题,高斯也无能为力,你应当用分子动力学方法研究。
packmol是建模程序,而TIP4P这是具体 ...

谢谢老师,我是在一篇文献看到了用qm/mm方法来计算超临界水的反应。文献中qm区有三个水分子。但文章中没有提到计算细节,所以不知道他是怎么实现水的超临界态的。qm/mm方法是否能实现超临界水的状态呢?如果能还望sob老师指点一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 20:53:19 | 只看该作者 Only view this author
LLLL1111 发表于 2018-4-9 20:11
谢谢老师,我是在一篇文献看到了用qm/mm方法来计算超临界水的反应。文献中qm区有三个水分子。但文章中没 ...

我不认为当前问题和qm/mm能有什么直接关系,只把三个水作为qm区也显得比较莫名奇妙,实现起来也麻烦。还不如直接做一般意义的从头算动力学
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发表于 Post on 2018-4-9 21:04:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-9 18:50
几个问题:
1 建议优化和找过渡态时候都加上溶剂模型。虽然多数情况对结构影响不大,但不排除某些情况 ...

嗯嗯好的,感谢老师的解答,辛苦了!

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发表于 Post on 2018-4-9 23:39:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师晚上好,我想问一下 计算配合物的氢键弱作用,有多种在不同结合位点的构型。计算后 若有两个结构结合在相同位点上,但构型偏差了一点,如配位角度略有不同,其相对自由能差也较小。此时可不可以就当作是同一结构,只取自由能最小的那个构型呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-10 03:35:08 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-4-9 23:39
sob老师晚上好,我想问一下 计算配合物的氢键弱作用,有多种在不同结合位点的构型。计算后 若有两个结构结 ...

可以
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发表于 Post on 2018-4-10 10:36:19 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  molpro的输入文件中  state,n , n为多少就在输出文件里各个不可约表示里显示多少个状态  请问n的个数有什么要求以及其意义在哪  

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