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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-4-13 14:12:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,在计算BSSE校正时突然中断计算,有没有办法让它在之前的基础上继续往下算呢?请问该如何编写输入文件?

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发表于 Post on 2018-4-13 15:15:16 | 只看该作者 Only view this author
老师好,Mulliken布局分析中,有的原子占电子是负数是什么意思?NBO轨道组成成份中有的原子轨道贡献也是负的,这个又是什么意思呢?

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6303#
发表于 Post on 2018-4-13 16:20:45 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师:
        有个问题请教,我用Castep进行结构优化,“Converting to higher symmetry will significantly improve the speed of this calculation. If you want to make this conversion choose Yes. If you want to proceed with P1 symmetry choose No.”这个选项中选择'Yes'和'No'对结果的影响大吗,谢谢!

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发表于 Post on 2018-4-13 19:36:58 | 只看该作者 Only view this author
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
Virtual orbitals will be shifted by   0.450 hartree.
No special actions if energy rises.
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did    17 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did    56 forward-backward iterations
sob  老师 您好,
就是我最近再算一个大分子络合金属Cr3+ 但是反反复复改了好多次都不收敛,也把你帖子里的方法试了好多,还是不收敛,使用的是B3LYP和LANL2DZ基组。
每次都是出现上面那样不停的尝试 iterations,然后一会就错误结束了。每次出来出来看分子都是把我画好的C=S双键变成了单键,可是我的真实结构就是双键。
还有就是我把错误结果的文件打开也能看HOMO 和LUMO 轨道。我们需要的计算结果也就是用下HOMO LUMO ,请问老师这个可以用吗?
老师,我们是做合成,这个问题可能很简单,但是真的难倒了我,希望能得到老师指点。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:45:14 | 只看该作者 Only view this author
timandywang 发表于 2018-4-13 10:40
谢谢sob老师答疑。也就是说,GV做出来的轨道图是波函数的函数图像,是无量纲的,并不是网上说的电子密度 ...

是的
明显不一码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:46:07 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-4-13 14:12
sob老师,在计算BSSE校正时突然中断计算,有没有办法让它在之前的基础上继续往下算呢?请问该如何编写输入 ...

这个没有标准的续算方法
重算吧
或者手动用鬼原子实现counterpoise计算过程,之前CP任务自动已经算完的内容就不再算了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:46:32 | 只看该作者 Only view this author
Shiguoqiang 发表于 2018-4-13 16:20
Sob老师:
        有个问题请教,我用Castep进行结构优化,“Converting to higher symmetry will signif ...

这属于第一性原理方面的问题,请在第一性原理板块发帖咨询
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:48:43 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-4-13 15:15
老师好,Mulliken布局分析中,有的原子占电子是负数是什么意思?NBO轨道组成成份中有的原子轨道贡献也是负 ...


如果你是指Mulliken原子电荷是负值,就是说明原子整体带负电,电子数多余核电荷数
如果是指Mulliken轨道成分分析给出某个原子对轨道贡献为负,这是Mulliken方法自身的缺陷所致(分析高阶空轨道这个问题更突出。用了弥散函数也容易导致此问题)

以NAOMO方式分析轨道成份,贡献不可能为负值,毕竟只不过是NAO系数求平方而已,平方结果不会为负
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:58:48 | 只看该作者 Only view this author
常永新 发表于 2018-4-13 19:36
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on  ...


上传压缩后的输入和输出文件
记得用#P监控SCF细节

不能用。因为此时轨道图形不是对应极小点构型的,没有意义。
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发表于 Post on 2018-4-14 07:52:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-13 21:46
这个没有标准的续算方法
重算吧
或者手动用鬼原子实现counterpoise计算过程,之前CP任务自动已经算完的 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-4-14 12:03:59 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好~我想请问用Gaussian产生wfn文件时,既可以在优化时产生,也可以在做单点时产生,那这两种方式产生的wfn文件一样吗?我试了一下用Multiwfn载入这两种wfn文件做AIM拓扑分析,图形似乎没什么区别。另外,既然wfn中包含的一些波函数信息,fch里面都包括,那么也可以直接用fch文件代替wfn吧?产生fch是将优化时产生的chk文件直接通过formchk转换得到吧?那可以通过计算单点时得到的chk文件来转换成fch吗?这两者产生的fch文件一样吗?

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发表于 Post on 2018-4-14 17:44:24 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我的NBO为何没算完就终止了 下面图片是我输出文件和输入文件。我早上在群里问过一次,但是并没解决,我又自己重新算了一次, 还是这样的。

1.png (16.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

1.png

3.png (7.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

3.png

2.png (6.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

2.png

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发表于 Post on 2018-4-14 20:01:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-13 21:58
上传压缩后的输入和输出文件
记得用#P监控SCF细节

sob老师 我不太会监控SCF细节呀,怎么编辑关键词呢?老师 这是我选了3个修改不同关键词后得到的输入,输出文件,我之前用同样的方法计算都能正常结束,唯独这次这个分子 怎么修改都无法进行,
文献报道别人计算类似分子和Cr3+络合都是用的B3LYP 加LANL2DZ基组。我已经想不出是哪里出了问题。

Gaussian.7z

53.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-14 21:34:04 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-4-14 12:03
sob老师,您好~我想请问用Gaussian产生wfn文件时,既可以在优化时产生,也可以在做单点时产生,那这两种方 ...

比如你优化是用B3LYP/6-31G*实现的,那么你用opt out=wfn产生的wfn文件,和自己提取最后一帧算单点在B3LYP/6-31G*下得到的wfn文件是完全相同的。

可以用fch替代wfn,仔细看此文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-14 21:35:48 | 只看该作者 Only view this author
常永新 发表于 2018-4-14 20:01
sob老师 我不太会监控SCF细节呀,怎么编辑关键词呢?老师 这是我选了3个修改不同关键词后得到的输入,输 ...

就是典型的SCF不收敛,凡是有可能解决此问题的做法都在这里,没有其它可能解决的做法
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

其它原子用6-31G根本没法用,注意看
谈谈量子化学中基组的选择
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