计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

60

帖子

0

威望

988

eV
积分
1048

Level 4 (黑子)

6286#
发表于 Post on 2018-4-12 10:52:24 | 只看该作者 Only view this author
我想优化开壳层CH3自由基的激发态D1,目前用g09 ,TDDFT优化结构,但是,结构优化能正常收敛,但是频率分析就出现很大的虚频。改用UHF的方法,也是同样的问题。我的输入文件是#P UB3LYP/6-31G(d) opt freq TD(nstate=15,root=1)  电荷自旋多重度 0 2
请问sob老师,我的输入是不是有问题?

490

帖子

2

威望

5306

eV
积分
5836

Level 6 (一方通行)

6287#
发表于 Post on 2018-4-12 11:02:39 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2018-4-12 10:52
我想优化开壳层CH3自由基的激发态D1,目前用g09 ,TDDFT优化结构,但是,结构优化能正常收敛,但是频率分析 ...

输入文件里,TD=nstates=15可以不要,优化S1,用默认的就行。

估计是不是初始结构给得不合理?

26

帖子

0

威望

276

eV
积分
302

Level 3 能力者

6288#
发表于 Post on 2018-4-12 11:43:04 | 只看该作者 Only view this author
用GaussView画MO的图,Isovalue网上说单位是 e * Bohr ^-3
这是电荷密度的意思吗?也就是这个图画的是电荷密度?为啥会有两种颜色?难道电荷密度还有符号问题,不是只有波函数才会讨论符号和方向吗?

230

帖子

0

威望

790

eV
积分
1020

Level 4 (黑子)

6289#
发表于 Post on 2018-4-12 16:35:58 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想问一下如何通过计算手段来判断一个与金属配位的卡宾是Schrock卡宾还是Fischer卡宾呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

6290#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 08:35:17 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2018-4-12 09:06
老师 请教一个概念问题
前线分子轨道 自然跃迁轨道怎么进行区分,它们有什么不同呢?

完全没有直接联系的两个概念,“区分”更无从谈起
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

6291#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 08:37:29 | 只看该作者 Only view this author
timandywang 发表于 2018-4-12 11:43
用GaussView画MO的图,Isovalue网上说单位是 e * Bohr ^-3
这是电荷密度的意思吗?也就是这个图画的是电荷 ...


网上净是一知半解的菜鸟瞎说,误人子弟。那个单位是电子密度的单位,根本不是轨道波函数的单位
分子轨道波函数本身是无量纲的。倘若有人非让你写,你就写a.u.就完了。
轨道波函数的模方乘以轨道占据数对应的是这个轨道对应的电子密度概率分布
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

6292#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 08:39:17 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2018-4-12 10:52
我想优化开壳层CH3自由基的激发态D1,目前用g09 ,TDDFT优化结构,但是,结构优化能正常收敛,但是频率分析 ...


看虚频模式对应什么情况,诸如如果是破坏CH3基态D3h对称性的,就按照那个虚频模式移动结构继续优化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

26

帖子

0

威望

276

eV
积分
302

Level 3 能力者

6293#
发表于 Post on 2018-4-13 10:40:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-13 08:37
网上净是一知半解的菜鸟瞎说,误人子弟。那个单位是电子密度的单位,根本不是轨道波函数的单位
分子轨 ...

谢谢sob老师答疑。也就是说,GV做出来的轨道图是波函数的函数图像,是无量纲的,并不是网上说的电子密度。

100

帖子

0

威望

414

eV
积分
514

Level 4 (黑子)

6294#
发表于 Post on 2018-4-13 14:12:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,在计算BSSE校正时突然中断计算,有没有办法让它在之前的基础上继续往下算呢?请问该如何编写输入文件?

175

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1232

Level 4 (黑子)

6295#
发表于 Post on 2018-4-13 15:15:16 | 只看该作者 Only view this author
老师好,Mulliken布局分析中,有的原子占电子是负数是什么意思?NBO轨道组成成份中有的原子轨道贡献也是负的,这个又是什么意思呢?

9

帖子

0

威望

227

eV
积分
236

Level 3 能力者

6296#
发表于 Post on 2018-4-13 16:20:45 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师:
        有个问题请教,我用Castep进行结构优化,“Converting to higher symmetry will significantly improve the speed of this calculation. If you want to make this conversion choose Yes. If you want to proceed with P1 symmetry choose No.”这个选项中选择'Yes'和'No'对结果的影响大吗,谢谢!

13

帖子

0

威望

53

eV
积分
66

Level 2 能力者

6297#
发表于 Post on 2018-4-13 19:36:58 | 只看该作者 Only view this author
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
Virtual orbitals will be shifted by   0.450 hartree.
No special actions if energy rises.
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did    17 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did    56 forward-backward iterations
sob  老师 您好,
就是我最近再算一个大分子络合金属Cr3+ 但是反反复复改了好多次都不收敛,也把你帖子里的方法试了好多,还是不收敛,使用的是B3LYP和LANL2DZ基组。
每次都是出现上面那样不停的尝试 iterations,然后一会就错误结束了。每次出来出来看分子都是把我画好的C=S双键变成了单键,可是我的真实结构就是双键。
还有就是我把错误结果的文件打开也能看HOMO 和LUMO 轨道。我们需要的计算结果也就是用下HOMO LUMO ,请问老师这个可以用吗?
老师,我们是做合成,这个问题可能很简单,但是真的难倒了我,希望能得到老师指点。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

6298#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:45:14 | 只看该作者 Only view this author
timandywang 发表于 2018-4-13 10:40
谢谢sob老师答疑。也就是说,GV做出来的轨道图是波函数的函数图像,是无量纲的,并不是网上说的电子密度 ...

是的
明显不一码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

6299#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:46:07 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-4-13 14:12
sob老师,在计算BSSE校正时突然中断计算,有没有办法让它在之前的基础上继续往下算呢?请问该如何编写输入 ...

这个没有标准的续算方法
重算吧
或者手动用鬼原子实现counterpoise计算过程,之前CP任务自动已经算完的内容就不再算了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

6300#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-13 21:46:32 | 只看该作者 Only view this author
Shiguoqiang 发表于 2018-4-13 16:20
Sob老师:
        有个问题请教,我用Castep进行结构优化,“Converting to higher symmetry will signif ...

这属于第一性原理方面的问题,请在第一性原理板块发帖咨询
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 06:17 , Processed in 0.432220 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list