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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 18:50:56 | 只看该作者 Only view this author
doublelbegins 发表于 2018-4-9 16:41
老师您好!想向老师请教一个关于能垒计算的问题
1 中间体的能量计算,已确认收敛且无虚频。
# OPT FREQ B ...


几个问题:
1 建议优化和找过渡态时候都加上溶剂模型。虽然多数情况对结构影响不大,但不排除某些情况可能造成极大影响,视体系特征而定
2 算单点时候写temperature是没有意义的,不影响结果
3 绝对不要优化时候用一个泛函,而算单点时候用一个与之耗时差不多的另一个泛函。这样完全体现不出换泛函的意义,审稿人还会问你干嘛优化时候不用算单点时候的泛函。M06和B3LYP的耗时相差并不多
4 M06算不上多精确的方法,要提升建议改用双杂化,并且基组提升到def2-TZVP。高斯算得吃力就用ORCA

以上问题都解决后,如果自由能垒还是很高,用过渡态理论根据当前设定的温度发现反应很缓慢,而且当前计算模型没有忽略掉什么实验中重要的因素,那就是说明这个机理不通。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-4-9 20:11:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-9 18:25
你这不是量化问题,高斯也无能为力,你应当用分子动力学方法研究。
packmol是建模程序,而TIP4P这是具体 ...

谢谢老师,我是在一篇文献看到了用qm/mm方法来计算超临界水的反应。文献中qm区有三个水分子。但文章中没有提到计算细节,所以不知道他是怎么实现水的超临界态的。qm/mm方法是否能实现超临界水的状态呢?如果能还望sob老师指点一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 20:53:19 | 只看该作者 Only view this author
LLLL1111 发表于 2018-4-9 20:11
谢谢老师,我是在一篇文献看到了用qm/mm方法来计算超临界水的反应。文献中qm区有三个水分子。但文章中没 ...

我不认为当前问题和qm/mm能有什么直接关系,只把三个水作为qm区也显得比较莫名奇妙,实现起来也麻烦。还不如直接做一般意义的从头算动力学
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发表于 Post on 2018-4-9 21:04:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-9 18:50
几个问题:
1 建议优化和找过渡态时候都加上溶剂模型。虽然多数情况对结构影响不大,但不排除某些情况 ...

嗯嗯好的,感谢老师的解答,辛苦了!

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发表于 Post on 2018-4-9 23:39:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师晚上好,我想问一下 计算配合物的氢键弱作用,有多种在不同结合位点的构型。计算后 若有两个结构结合在相同位点上,但构型偏差了一点,如配位角度略有不同,其相对自由能差也较小。此时可不可以就当作是同一结构,只取自由能最小的那个构型呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-10 03:35:08 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-4-9 23:39
sob老师晚上好,我想问一下 计算配合物的氢键弱作用,有多种在不同结合位点的构型。计算后 若有两个结构结 ...

可以
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发表于 Post on 2018-4-10 10:36:19 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  molpro的输入文件中  state,n , n为多少就在输出文件里各个不可约表示里显示多少个状态  请问n的个数有什么要求以及其意义在哪  

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发表于 Post on 2018-4-10 16:12:58 | 只看该作者 Only view this author

failure reading molecule specification

Gaussian 跑完输出文件 正常 Normal
可是用View看的时候,提示failure reading molecule specification
这个问题该怎么解决

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发表于 Post on 2018-4-10 16:28:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想找一个中性分子到阴离子反应的过渡态,该怎么构建输入文件?谢谢!

B5S5.png (11.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

B5S5.png

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发表于 Post on 2018-4-10 18:24:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-6 15:42
不对。关键词直接写了SDD,程序就不会再读自定义基组和赝势设定了。注意看
详解Gaussian中混合基组、自 ...

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-4-10 19:49:53 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问:1. 柔性扫描该怎么考虑对称性破缺的问题呢,能否这样用U加stable=opt,之后用guess=mix读取波函数初猜再扫描?讲义上的丁烷用半经验方法扫描的,是不是没有考虑对称性破缺,只用nosymm关键词就可以了。一般柔性扫描要考虑对称性破缺吗?2. 用post-HF方法计算单点能的话也得考虑对称性破缺吧?谢谢老师
自己决定自己的DNA

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 02:56:58 | 只看该作者 Only view this author
1601214963 发表于 2018-4-10 16:12
Gaussian 跑完输出文件 正常 Normal
可是用View看的时候,提示failure reading molecule specification
...

尝试更新gview版本
老版本gview看新版本高斯输出文件容易有各种诡异问题
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QuantumHan 发表于 2018-4-10 19:49
老师,请问:1. 柔性扫描该怎么考虑对称性破缺的问题呢,能否这样用U加stable=opt,之后用guess=mix读取波 ...


1 用stable=opt的时候没必要明确写U
guess=mix是直接产生对称破缺波函数,而不是从chk读取
我不知道你具体说的哪个丁烷的例子,对于半经验,光写个nosymm是没法达到对称破缺计算的目的的

2 看具体什么级别。比如很高级别后HF方法,如CCSDT,由于精度已经很高了,已经可以很大程度描述静态相关,因此这时候不基于对称破缺的UHF波函数来算比如双自由基,结果也是理想的,但如果你只是用普通的CCSD(T)、MP2之类的级别,参考态波函数应当用对称破缺的UHF波函数。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 03:03:40 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-4-10 10:36
sob 老师  molpro的输入文件中  state,n , n为多少就在输出文件里各个不可约表示里显示多少个状态  请问n ...

看你计算目的,当前研究的问题需要各个不可约表示算多少个态,这取决于研究者自己
比如你知道实验光谱有2B1态想通过计算和实验进行对比,那B1起码得算2个态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 03:05:01 | 只看该作者 Only view this author
sunny 发表于 2018-4-10 16:28
sob老师,我想找一个中性分子到阴离子反应的过渡态,该怎么构建输入文件?谢谢!

过渡态是对同一个势能面而言的。中性状态和阴离子状态是两个不同势能面,二者间没法说过渡态
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