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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-4-10 16:12:58 | 只看该作者 Only view this author

failure reading molecule specification

Gaussian 跑完输出文件 正常 Normal
可是用View看的时候,提示failure reading molecule specification
这个问题该怎么解决

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发表于 Post on 2018-4-10 16:28:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想找一个中性分子到阴离子反应的过渡态,该怎么构建输入文件?谢谢!

B5S5.png (11.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

B5S5.png

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发表于 Post on 2018-4-10 18:24:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-6 15:42
不对。关键词直接写了SDD,程序就不会再读自定义基组和赝势设定了。注意看
详解Gaussian中混合基组、自 ...

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-4-10 19:49:53 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问:1. 柔性扫描该怎么考虑对称性破缺的问题呢,能否这样用U加stable=opt,之后用guess=mix读取波函数初猜再扫描?讲义上的丁烷用半经验方法扫描的,是不是没有考虑对称性破缺,只用nosymm关键词就可以了。一般柔性扫描要考虑对称性破缺吗?2. 用post-HF方法计算单点能的话也得考虑对称性破缺吧?谢谢老师
自己决定自己的DNA

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 02:56:58 | 只看该作者 Only view this author
1601214963 发表于 2018-4-10 16:12
Gaussian 跑完输出文件 正常 Normal
可是用View看的时候,提示failure reading molecule specification
...

尝试更新gview版本
老版本gview看新版本高斯输出文件容易有各种诡异问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 03:00:09 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-4-10 19:49
老师,请问:1. 柔性扫描该怎么考虑对称性破缺的问题呢,能否这样用U加stable=opt,之后用guess=mix读取波 ...


1 用stable=opt的时候没必要明确写U
guess=mix是直接产生对称破缺波函数,而不是从chk读取
我不知道你具体说的哪个丁烷的例子,对于半经验,光写个nosymm是没法达到对称破缺计算的目的的

2 看具体什么级别。比如很高级别后HF方法,如CCSDT,由于精度已经很高了,已经可以很大程度描述静态相关,因此这时候不基于对称破缺的UHF波函数来算比如双自由基,结果也是理想的,但如果你只是用普通的CCSD(T)、MP2之类的级别,参考态波函数应当用对称破缺的UHF波函数。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 03:03:40 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-4-10 10:36
sob 老师  molpro的输入文件中  state,n , n为多少就在输出文件里各个不可约表示里显示多少个状态  请问n ...

看你计算目的,当前研究的问题需要各个不可约表示算多少个态,这取决于研究者自己
比如你知道实验光谱有2B1态想通过计算和实验进行对比,那B1起码得算2个态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 03:05:01 | 只看该作者 Only view this author
sunny 发表于 2018-4-10 16:28
sob老师,我想找一个中性分子到阴离子反应的过渡态,该怎么构建输入文件?谢谢!

过渡态是对同一个势能面而言的。中性状态和阴离子状态是两个不同势能面,二者间没法说过渡态
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发表于 Post on 2018-4-11 07:54:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-11 03:05
过渡态是对同一个势能面而言的。中性状态和阴离子状态是两个不同势能面,二者间没法说过渡态

谢谢 sob老师解疑.

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发表于 Post on 2018-4-11 12:24:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-11 03:00
1 用stable=opt的时候没必要明确写U
guess=mix是直接产生对称破缺波函数,而不是从chk读取
我不知道 ...

谢谢老师,文件我看错啦。我之前参考的是scan文件夹下exercise里利用半经验pm6方法做柔性扫描的例子
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发表于 Post on 2018-4-11 19:22:15 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我想对一个平面分子去质子化前后的两个结构(RMSD=0.037 Å)作电子密度差,考察电荷分布变化,但是 http://sobereva.com/113 中并没有给出对两个体系作差的办法。我有如下想法:
1. 分别对两个结构作电子密度的平面图,导出数据
2. 对齐坐标,对数据作差,然后绘制平面图
请问这样的做法可行吗?怎样才能确保坐标对应?有其他方式能比较直观地考察电荷分布变化吗?
谢谢Sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 19:35:46 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-4-11 19:22
Sob老师,我想对一个平面分子去质子化前后的两个结构(RMSD=0.037 Å)作电子密度差,考察电荷分布变化, ...


严格来说,只要内部结构发生了改变,做密度差图就没有意义,即便做出来也会发现效果很烂,说不清楚问题。
结构发生变化的时候,你只能通过考察比如原子电荷或片段电荷的改变,或者原子轨道布居数的改变等方式来说明问题。
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发表于 Post on 2018-4-11 21:02:26 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,高斯结构优化后,如何判断分子轨道是成键轨道还是反键轨道呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-11 21:30:57 | 只看该作者 Only view this author
secret 发表于 2018-4-11 21:02
请问sob老师,高斯结构优化后,如何判断分子轨道是成键轨道还是反键轨道呢?

看轨道图形
也可以用Multiwfn计算Mulliken键级,可以分解为轨道的贡献。如果某个轨道对A-B两个原子间的贡献是负值,可以认为这个轨道对于这个键来说起反键的效果
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发表于 Post on 2018-4-12 09:06:39 | 只看该作者 Only view this author
老师 请教一个概念问题
前线分子轨道 自然跃迁轨道怎么进行区分,它们有什么不同呢?

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