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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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6241#
发表于 Post on 2018-4-5 21:01:48 | 只看该作者 Only view this author
请问径向分布函数最终在什么情况下是趋于1,什么情况是趋于其他数值,比如说0.
我使用的软件是CPMD,体系是一个褐煤大分子和一些水分子。计算之后使用VMD软件的g(r)功能进行分析,选中了褐煤分子中羧基中的一个O,计算这个O原子与体系中其他所有的H原子的径向分布函数,发现最终趋向于0,想请问一下老师这是为什么,我看了一些关于径向分布函数的解释还是不明白。

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6242#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-6 00:42:31 | 只看该作者 Only view this author
mazhi19950907 发表于 2018-4-5 21:01
请问径向分布函数最终在什么情况下是趋于1,什么情况是趋于其他数值,比如说0.
我使用的软件是CPMD,体系 ...

这不属于量化问题,发到分子模拟版为宜
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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6243#
发表于 Post on 2018-4-6 10:28:02 | 只看该作者 Only view this author
好的 谢谢老师

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6244#
发表于 Post on 2018-4-6 11:27:39 | 只看该作者 Only view this author
老师,我这样用SDD基组正确吗,计算时没有报错.
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H                 -1.28609400    0.63845700    2.16667000

C O F N H 0
6-311g(d,p)
****
Ag     0
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S   9   1.00
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S   9   1.00
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S   9   1.00
    222.6450000             -0.0007140
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      0.0351900              1.0000000
S   1   1.00
      0.0151000              1.0000000
P   8   1.00
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P   8   1.00
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      0.0829790             -0.7471730
P   1   1.00
      0.0331440              1.0000000
P   1   1.00
      0.0132000              1.0000000
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D   7   1.00
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D   7   1.00
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D   1   1.00
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F   1   1.00
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F   1   1.00
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G   1   1.00
      1.5751000              1.0000000
G   1   1.00
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****

AG     0
AG-ECP     4     28
g-ul potential
  1
2      1.0000000              0.0000000
s-ul potential
  2
2     12.5677140            255.0547710
2      6.9976620             36.9833930
p-ul potential
  4
2     11.3164960             60.7157050
2     10.9580630            121.4438890
2      7.1114000             10.1718660
2      6.7733190             20.4865640
d-ul potential
  4
2      8.9284370             29.5049380
2     11.1025670             44.0187360
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2      3.9288350              7.4083750
f-ul potential
  2
2     11.0129130            -12.6234030
2     11.0198980            -16.7643270

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-6 15:42:23 | 只看该作者 Only view this author
sunny 发表于 2018-4-6 11:27
老师,我这样用SDD基组正确吗,计算时没有报错.
%nprocshared=8
%mem=100MW

不对。关键词直接写了SDD,程序就不会再读自定义基组和赝势设定了。注意看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-4-7 16:47:28 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  我照着你博客绘制能量折线图  但我将scatter.txt和line.txt拖入origin中后   点击绘制散点图的按钮  只能得到二者之一的显示 如图  该怎么解决呢

1523089714(1).jpg (53.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

1523089714(1).jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-7 18:56:01 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-4-7 16:47
sob 老师  我照着你博客绘制能量折线图  但我将scatter.txt和line.txt拖入origin中后   点击绘制散点图的按 ...

把两套数据分别作为两个层绘制到一张图上
如果不熟悉怎么作为不同的层显示,google一下origin使用入门资料就明白了
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发表于 Post on 2018-4-7 21:53:58 | 只看该作者 Only view this author
老师好,玻尔兹曼分布可以用来计算分子的不同构象的分布比例。有没有什么类似的理论可以算出 两个分子相互吸引作用时候 不同结构构型的比率?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-8 02:58:00 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-4-7 21:53
老师好,玻尔兹曼分布可以用来计算分子的不同构象的分布比例。有没有什么类似的理论可以算出 两个分子相互 ...

也是计算不同构型的自由能,按照波尔兹曼分布来计算
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发表于 Post on 2018-4-8 17:10:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-4-8 17:23 编辑

老师, 我的体系是个过渡金属Pd配合物。其中Pd是用的SDD赝势MWB28,这样Pd应该还剩下18个电子 4s2 4p6 4d10。

请教老师这种情况下应该用什么办法得到定性正确的Lewis结构?

如果做NBO的话,给出的结果是完全没法用的,还是说剩下的这些电子分布都是定性正确的,只不过少了一些CR型的NBO?

谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-4-8 20:53:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师  对后HF计算,Gaussian给出的波函数只是hf的波函数,那么我用dft优化feo+后在用ccsd计算其能量  比较这两者的分子轨道,其排布形式怎么会不一样(讲义上说输出的原子电荷多极矩和hf计算时相同,但后hf的波函数还是hf的的波函数,轨道的排布方式也应该一样的吧) 如图ccsd是pi,pi,sg 而dft确是dlta,pi,sg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 02:27:52 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-4-8 17:10
老师, 我的体系是个过渡金属Pd配合物。其中Pd是用的SDD赝势MWB28,这样Pd应该还剩下18个电子 4s2 4p6 4d10 ...

直接做NBO分析,没有任何问题。价层电子结构都是合理的,没有CR而已
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-9 02:28:33 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-4-8 20:53
sob老师  对后HF计算,Gaussian给出的波函数只是hf的波函数,那么我用dft优化feo+后在用ccsd计算其能量  比 ...

后HF可以给出波函数,由于你没写density关键词,导致让高斯分析的是HF波函数
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发表于 Post on 2018-4-9 03:31:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-9 02:27
直接做NBO分析,没有任何问题。价层电子结构都是合理的,没有CR而已

谢谢老师的解答!

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发表于 Post on 2018-4-9 08:39:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-9 02:28
后HF可以给出波函数,由于你没写density关键词,导致让高斯分析的是HF波函数

老师  没写density  说明后hf方法和dft分析的波函数是一致的  那么它们两的分子轨道类型应该一致吧

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