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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-4-15 23:03:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 朙天儿 于 2018-4-15 23:10 编辑

6314楼附图的原文,编辑链接没起作用,https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cm502594j
Chem. Mater. 2014, 26, 6185−6192.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-15 23:28:28 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-4-14 22:01
麻烦sob老师了。老师说是因为服务器上的l607压缩包替换的关系。但是不知道为啥就算不了了。...


写上#P便于监控细节。

重新装个高斯,或者用别的机子算
或者把fch载入Multiwfn,用主功能100的子功能2导出GENNBO的输入文件.47,然后用可以独立运行的GENNBO做NBO分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-15 23:30:42 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-4-15 18:36
sob老师您好,最近想算复合物中某原子对分子轨道的贡献。看了您的轨道成份的计算方法博文,想问您一下,计 ...

没有必要专门在基组上做什么考虑
只不过用Mulliken、SCPA、Stout-Politzer的时候都绝对不能有弥散函数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-15 23:33:20 | 只看该作者 Only view this author
朙天儿 发表于 2018-4-15 23:00
请问sob老师,关于晶体,目的是得到含H的完整结构,并计算atomic partial charge后,模拟气体通过的MD,此 ...

这不属于“简单问题”,请发个单独的帖子
“简单问题答疑专贴”主要解决的是几句话就可以交代的问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-15 23:36:25 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-4-15 23:02
老师,我还有两个问题。第一个就是我用您博文中的Hirshfeld方法和NAO方法分别分析了分子轨道中的两个原子的 ...

10%的差异非常正常,本身这两种方法原理差异非常大。也没法说哪个更合理,本身轨道成份就是不可观测量。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-15 23:38:24 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-4-14 22:38
老师,有个东西拿不准,请您帮忙看一眼。
我提取IRC输出文件中的产物(第一帧)继续优化,感觉最终几何优 ...


也不算异常。有的过程虽然是基元反应,但实际上分为两个甚至多个stage,如果把IRC跑完整的话,就会发现看起来仿佛有多步。
这种情况,有的时候可能你换个泛函,一个基元过程可能就变成了两个甚至多个基元过程
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发表于 Post on 2018-4-15 23:39:04 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-4-15 23:02
老师,我还有两个问题。第一个就是我用您博文中的Hirshfeld方法和NAO方法分别分析了分子轨道中的两个原子的 ...

老师,我的问题我再补充一下,我在咱们Multiwfn程序里选择了输出所有类型轨道的选项。特意看了下采用NSO方法计算未占据轨道时Ryd类型NAO的贡献,发现是特别小的,感觉这种情况是不是应该可以用NAO分析未占据轨道呢?但是NAO和Hirshfeld方法的结果差距还是不小,不知道原因是什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-15 23:40:25 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-4-15 23:39
老师,我的问题我再补充一下,我在咱们Multiwfn程序里选择了输出所有类型轨道的选项。特意看了下采用NSO ...

对于空轨道,如果Ryd型NAO的贡献很小,那么可以用NAOMO分析这些空轨道。
但肯定结果还是和Hirshfeld往往会有不小差异,毕竟空间划分方式相差很大。
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发表于 Post on 2018-4-16 09:55:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-15 23:40
对于空轨道,如果Ryd型NAO的贡献很小,那么可以用NAOMO分析这些空轨道。
但肯定结果还是和Hirshfeld往往 ...

多谢老师解答。现在Hirshfeld方法和NAO方法得到的结论有点相反。现在我想用老师您另一篇博文中写的方法,把分子分为两部分,先做CDA再画出轨道相互作用图,看看特定轨道中哪部分贡献较大,然后选择使用和轨道相互作用图更加贴合的那个方法得出的数据来使用,不知道这样做可不可以?

老师我还有一个问题就是之前计算轨道成分的时候我把溶剂效应考虑了进去,不知道是考虑好一点还是不考虑更准确一点? 谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-4-16 11:02:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-15 23:38
也不算异常。有的过程虽然是基元反应,但实际上分为两个甚至多个stage,如果把IRC跑完整的话,就会发现 ...

明白了。谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-4-16 16:25:42 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,请问用Multiwfn做LOL填色图以及平面图时,怎么显示出原子符号呢?由于体系较复杂,如果不显示出来,不知道各个区域代表什么,请您帮我解答一下~另外,关于做平面图时选择哪一个平面比较好,对这方面不是很了解,只是简单的选择XY,XZ,YZ平面,但是感觉做出来的效果比您在博文里列举的例子效果差多了,您在这方面有没有什么经验可以分享一下呢?下面是优化好的输出文件,wfn文件和我做的LOL填色图~

LOL.rar

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发表于 Post on 2018-4-16 19:19:42 | 只看该作者 Only view this author
谢谢!

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发表于 Post on 2018-4-16 20:10:31 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-4-16 16:25
sob老师,您好,请问用Multiwfn做LOL填色图以及平面图时,怎么显示出原子符号呢?由于体系较复杂,如果不显 ...

sob老师,我好像见过别人只做出自己关心的那几个原子的填色图,但是如何确定这几个原子所在的平面呢?在Multiwfn中如何实现呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-17 03:21:22 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-4-16 20:10
sob老师,我好像见过别人只做出自己关心的那几个原子的填色图,但是如何确定这几个原子所在的平面呢?在M ...


三个点定义一个平面
Multiwfn里可以输入三个原子的序号定义作图平面,看手册4.4节的一大堆例子
怎么选取平面完全取决于你想表现什么区域的特征
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-17 03:23:14 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-4-16 09:55
多谢老师解答。现在Hirshfeld方法和NAO方法得到的结论有点相反。现在我想用老师您另一篇博文中写的方法, ...

不建议那样做
模棱两可的时候,NAO和Hirshfeld结果存在“似乎定性差异”是很正常的,你可以把结果和轨道图形进行对照
Hirshfeld计算原子的贡献基本是不会出现不合理情况的

实际环境是溶剂就带着溶剂模型
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