简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

yangjianfeng · 发表于 Post on 2018-4-17 09:03:40

sob老师，结构化学书中说delta轨道可由2个dxy轨道或2个d（x方-y方）轨道重叠而成，那么delta轨道能否由单个dxy轨道和单个d（x方-y方）轨道重叠而成呢

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-17 09:47:30

yangjianfeng 发表于 2018-4-17 09:03
sob老师，结构化学书中说delta轨道可由2个dxy轨道或2个d（x方-y方）轨道重叠而成，那么delta轨道能否由单个 ...

不行，都不对着

新手囧囧 · 发表于 Post on 2018-4-17 10:00:35

sobereva 发表于 2018-4-17 03:21
三个点定义一个平面
Multiwfn里可以输入三个原子的序号定义作图平面，看手册4.4节的一大堆例子
怎么 ...

那sob老师，怎么在填色图上显示原子符号呢？不显示的话，如果结构复杂，根本就不知道哪个区域对应哪个原子

Jameslzy · 发表于 Post on 2018-4-17 11:13:33

sobereva 发表于 2018-4-17 03:23
不建议那样做
模棱两可的时候，NAO和Hirshfeld结果存在“似乎定性差异”是很正常的，你可以把结果和轨道 ...

好的，谢谢老师解答

Jameslzy · 发表于 Post on 2018-4-17 11:36:51

sobereva 发表于 2018-4-17 03:23
不建议那样做
模棱两可的时候，NAO和Hirshfeld结果存在“似乎定性差异”是很正常的，你可以把结果和轨道 ...

老师，我现在把复合物分成了两个开壳层的片段。正如您手册里面写的，输出这两个片段对某一特定轨道的贡献时分成了alpha和beta两部分，而且两部分结果还有所不同。这个时候我应该是以其中某一个部分的构成为准，还是把alpha和beta两部分加和再除以二的贡献为准比较准确呢？

同时还有一个问题想请教您。我做NAO和CDA的目的就是想判断一下一个复合物中金属和一个卡宾配体谁对占据轨道贡献较多，谁对反键轨道贡献较多。进而判断金属是否被氧化。我理解的是如果金属对占据轨道贡献比较大则说明电子还倾向于属于金属部分，证明金属没有被这个配体氧化，不知道这样理解对不对，想请老师解答一下，谢谢老师。

alystone · 发表于 Post on 2018-4-17 14:24:39

请问sob老师，臭氧的结构是对称破缺的一个向上电子，一个向下电子，但是对于氧气分子，也有两个单电子，教科书上两个向上单电子。但如果教科书上没写的分子，我知道有两个单电子，怎么判断是自旋相同还是相反，即多重度设为几的问题。谢谢老师。

哇哇吐 · 发表于 Post on 2018-4-17 16:24:31

老师您好，刚性扫描二面角的时候，比如“ D5 53.00000000 18 10.0 ” 当前的初始值不是我想要的我可以人为扭转二面角到0 度（该分子对称性为C1），然后保存进行刚性扫描么？或者老师有别的方法设置刚性扫描的初始值么。谢谢老师。

yangjianfeng · 发表于 Post on 2018-4-17 17:00:18

sob老师图中基组14s9p5d结合相应的alpha值在高斯输入文件该怎么设置呢（想重现下文献的一些内容）

Jameslzy · 发表于 Post on 2018-4-17 17:21:45

sobereva 发表于 2018-4-17 03:23
不建议那样做
模棱两可的时候，NAO和Hirshfeld结果存在“似乎定性差异”是很正常的，你可以把结果和轨道 ...

老师，我又看了轨道图形，解决了我上一个问题的部分疑问。我发现Alpha和Beta两部分虽然从轨道编号上看结果不同，但实际上都是对应的同样的轨道。想问您一下，这时在分析轨道组成的时候必须要分成Alpha和Beta两部分分析吗，还是可以合在一起分析？

还有一个问题就是想问您一下NAO的对轨道贡献的片段分析和CDA的两个片段对轨道贡献的分析有什么联系和不同吗，他们是说明的同一个问题吗？

steven · 发表于 Post on 2018-4-17 20:58:23

老师，有个问题请教您下
反应物和催化剂都相同的，用Gaussian计算了几条反应机理完全不同的反应路径，最终几条路径都能得到目标产物。

如果想解释某一条是最优路径，只用Gaussian的情况下应该从哪方面入手比较好说一些？除了各个基元反应的势垒。

用Multiwfn分析的部分，您感觉这种问题从哪方面分析最妥当？

谢谢老师！

哇哇吐 · 发表于 Post on 2018-4-17 21:48:04

哇哇吐发表于 2018-4-17 16:24
老师您好，刚性扫描二面角的时候，比如“ D5 53.00000000 18 10.0 ” 当前的初始值不是我想要的我可以人 ...

我人为扭转的试了下，不行，前两个点和后面的能量差别太大了。可是还是想知道刚性扫描怎么设置初始值。

哇哇吐 · 发表于 Post on 2018-4-17 22:21:52

哇哇吐发表于 2018-4-17 21:48
我人为扭转的试了下，不行，前两个点和后面的能量差别太大了。可是还是想知道刚性扫描怎么设置初始值。

我又看了下我的文件，我的二面角转的不对，苯环一半动，另一半不懂，是不是要改动一下内坐标？

火烈鸟小唐 · 发表于 Post on 2018-4-18 15:51:35

老师，您好：
我现在在搜索酰基和氧气结合生成过氧酰基的反应的过渡态，用了B3LYP/6-31G(d,p)和M062X/6-31G(d,P)，然后一直都在报错。然后用柔性扫描扫面，从1.4扫到2.6（优化好的过氧酰基中的C-O键长在1.44左右），中间没有极值点。这样是不是说明这个反应确实没有过渡态，之前看您的博文，里面也提到有些自由基反应确实是没有过渡态。或者说我这样做合适吗？
谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-19 04:51:11

alystone 发表于 2018-4-17 14:24
请问sob老师，臭氧的结构是对称破缺的一个向上电子，一个向下电子，但是对于氧气分子，也有两个单电子，教 ...

看哪种状态能量更低

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-19 04:51:59

yangjianfeng 发表于 2018-4-17 17:00
sob老师图中基组14s9p5d结合相应的alpha值在高斯输入文件该怎么设置呢（想重现下文献的一些内容）

看引文31，弄清楚具体指的是什么基组，然后通过自定义方式额外增加极化函数
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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