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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-23 07:08:18 | 只看该作者 Only view this author
AMolPC 发表于 2016-1-22 23:15
Sob老师您好,请问在利用Iop让高斯输出Overlap matrix的时候,能不能通过一些命令让它输出一个标准的N*N方 ...


没有那样的命令
读取高斯输出的那种形式的矩阵可以用Multiwfn源代码包里的util.f90里的subroutine readmatgau
调用这个子程序读取重叠矩阵的例子在CDA.f90里面就有,如:
write(*,*) "Loading overlap matrix of the complex, please wait..."
call loclabel(10,"*** Overlap ***",ifound,0)   //loclabel这个子程序用来定位重叠矩阵在输出文件中的位置
call readmatgau(10,ovlpbasmat,1,"D14.6",7,5)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-1-24 10:48:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,请问在做一个弱相互作用体系,采用6-31gd优化,6-311+gd基组算单点能,采用不加弥散的6-31Gd的几何优化结果是否可信(不考虑能量)?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-24 13:30:00 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2016-1-24 10:48
sob老师您好,请问在做一个弱相互作用体系,采用6-31gd优化,6-311+gd基组算单点能,采用不加弥散的6-31Gd ...


几何优化最好改成6-311G*,单点用6-311+G**
除非是静电主导的弱相互作用,否则6-31G*优化偏小了。
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发表于 Post on 2016-1-25 20:18:21 | 只看该作者 Only view this author
各位前辈:
    好!XRD分析中常用Scherrer公式计算粒径d=Kλ/(B*cosθ),其中K,λ为常量,B为衍射峰半高宽(FWHM),θ为衍射角(Xc).利用origin软件对XRD图谱中的某一个特征峰进行Gauss拟合,可得到Xc和FWHM的值。拟合结果中给出了Xc的error值,未给出FWHM的error值,那么FWHM存在不存在error,以及error是多少。同时由Xc和FWHM计算得到的粒径d值的error是多少,如何得到?

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发表于 Post on 2016-1-26 15:26:28 | 只看该作者 Only view this author
各位前辈:
    好!我补充一下,截个图放在这里,说明拟合结果中给出了Xc的error值,未给出FWHM的error值



问题.PNG (31.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

origin的拟合结果

origin的拟合结果

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发表于 Post on 2016-1-26 19:47:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-21 05:23
那就用更新的NBO版本
这是老版本的bug

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-1-27 15:47:03 | 只看该作者 Only view this author
请教老师:对一系列具轴手性联苯类化合物做构象优化和频率分析时,用DFT(B3LYP/6-31G(d))时均无虚频,但用DFT-D3时几乎全有一个虚频(值为-4至-12之间),虚频的原因应是二个苯环间单键旋转(双面角在80-100度间)的势能面太平所致。试用了Opt=tight、Verytight、nosymm等均不能消除这个虚频。我的问题是:1)对此情况如何处理?2)考虑虚频值较小,是否可以忽略?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-27 17:02:42 | 只看该作者 Only view this author
wxy 发表于 2016-1-27 15:47
请教老师:对一系列具轴手性联苯类化合物做构象优化和频率分析时,用DFT(B3LYP/6-31G(d))时均无虚频,但 ...


如果用的是BJ阻尼,改成零阻尼,或者用M06-2X
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发表于 Post on 2016-1-27 18:14:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-27 17:02
如果用的是BJ阻尼,改成零阻尼,或者用M06-2X

谢谢!用过M06-2X,没出现虚频,但构象与DFT-D3的有很大差别。待我试试零阻尼的看看。

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发表于 Post on 2016-1-27 20:03:09 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算反应机理:有关加水溶剂模型的问题。

本帖最后由 ct_2015 于 2016-2-1 16:40 编辑

我之前在计算一个反应机理,不管是中间体,产物等都是在真空中模拟的,感觉模拟的结果不是很满意。因为是在细胞中发生的反应,现在想加一个水模型,请问是怎么加的水模型?
之前的方法:
#p b3lyp/6-31g* fopt(qst2,maxcyc=150) iop(5/13=1) iop(2/16=1) iop(1/11=1),
那么加水溶剂模型,是不是直接加一个参数scrf=(solvent=Water)就可以了:
#p b3lyp/6-31g* fopt(qst2,maxcyc=150) iop(5/13=1) iop(2/16=1) iop(1/11=1) scrf=(solvent=Water)。
请做过相关计算的大牛帮帮我,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-27 21:13:23 | 只看该作者 Only view this author
ct_2015 发表于 2016-1-27 20:03
我之前在计算一个反应机理,不管是中间体,产物等都是在真空中模拟的,感觉模拟的结果不是很满意。因为是在 ...

那么加就可以,现在一般更推荐用SMD模型而不是默认的PCM模型。默认就是水溶剂。只需要写scrf=SMD就够了。
绝对不要加万恶的5/13=1,此文末尾专门进行了批判
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
其它两个IOp也是多余的
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发表于 Post on 2016-1-27 21:55:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-27 17:02
如果用的是BJ阻尼,改成零阻尼,或者用M06-2X

Sob大神:改用零阻尼没有虚频了。谢谢大神!

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发表于 Post on 2016-1-28 09:38:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-1-28 09:39 编辑

IRC路径分析输入为,#p irc=(maxpoints=40,calcfc) b3lyp/6-31g(d) int=ultrafine scf=(novaracc,noincfock,xqc)出现如图所示的曲线然后就停了,请问老师这个是为什么呢?

QQ截图20160128093941.jpg (41.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

IRC路径分析

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-28 10:13:45 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-28 09:38
IRC路径分析输入为,#p irc=(maxpoints=40,calcfc) b3lyp/6-31g(d) int=ultrafine scf=(novaracc,noincfock ...

看输出文件最后提示。正常跑完的话一般不会有数值突然下降的那个点。
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发表于 Post on 2016-1-28 10:28:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-28 10:13
看输出文件最后提示。正常跑完的话一般不会有数值突然下降的那个点。

我知道了,用别的方法试试,GS2或者LQA

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