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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-1-29 18:39:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 bomsaude 于 2016-1-29 10:40 编辑
liyuanhe211 发表于 2016-1-29 09:55
最好上传输入。什么分子,用了什么水平计算。

谢谢你!

最普通的稀土配合物,Eu(TTA)3(H2O)2,稀土采用大核赝势基组:
  1. <p>%chk=EuTTAH2OLC.chk
  2. #p opt b3lyp/genecp

  3. Opt of EuTTAH2O

  4. 0 1
  5. Eu                -0.08412300   -0.48135700   -0.70752300
  6. H                  7.34534600    0.70464400   -1.80498500
  7. H                  0.55388300    6.63040500   -3.51743700
  8. H                 -5.16704100    3.50954900    3.23425400
  9. S                  4.94447400    0.22859700   -1.56520100
  10. S                  0.33778200    4.35266600   -2.61174700
  11. S                 -3.55491300    2.20441500    1.91841000
  12. F                  0.44510300   -3.67681500    2.98420900
  13. F                  2.54720700   -4.37097800    2.67718700
  14. F                  0.91579100   -5.11798800    1.34271400
  15. F                 -0.10187500    1.13217600    4.03730800
  16. F                  2.09327300    0.87964200    3.69819200
  17. F                  1.21475800    2.92913300    3.86003100
  18. F                 -3.69905200   -2.92921200   -3.39980300
  19. F                 -5.28740600   -3.09784300   -1.83193500
  20. F                 -3.39902900   -4.28401000   -1.65118600
  21. O                  2.29834600   -0.76658600   -0.84417300
  22. O                  0.49849000   -2.41896900    0.49796400
  23. O                  0.31637600    1.91569900   -1.00169800
  24. O                  0.57370200    0.45111700    1.37143900
  25. O                 -1.94841700   -1.87094100   -1.46909300
  26. O                 -2.17198200    0.30339900    0.17447000
  27. C                  3.19965000   -1.38617100   -0.14259800
  28. C                  2.88726800   -2.39958700    0.80510700
  29. H                  3.69014100   -2.86526300    1.35550900
  30. C                  1.59453100   -2.83884900    1.04382100
  31. C                  4.59216400   -1.01455800   -0.37966900
  32. C                  0.57284200    2.93697900   -0.23724900
  33. C                  0.76818600    2.84090000    1.16280800
  34. H                  0.94758000    3.74288600    1.72722000
  35. C                  1.38145300   -3.99081800    2.01559600
  36. C                 -4.00078100   -1.07360400   -0.50067600
  37. H                 -5.06287500   -1.25503500   -0.43912400
  38. C                  6.92879400   -0.86129900   -0.30504000
  39. H                  7.93182000   -1.09721700    0.02649100
  40. C                  5.75808200   -1.49057500    0.20017900
  41. H                  5.77697400   -2.25871400    0.96228600
  42. C                  0.75641800    1.63312100    1.84871300
  43. C                 -3.43478400    0.02357600    0.21660600
  44. C                  6.64262600    0.08599400   -1.26553600
  45. C                 -3.23574900   -1.91661900   -1.27691000
  46. C                  0.97840000    5.48776500   -0.37244300
  47. H                  1.22003400    5.65650600    0.66883000
  48. C                  0.98994800    1.64888100    3.35471400
  49. C                 -3.91328400   -3.04949700   -2.02851000
  50. C                  0.65956300    4.24367300   -0.89178700
  51. C                 -5.65510700    0.83161800    1.24997200
  52. H                 -6.30692900    0.09186600    0.80365700
  53. C                  0.63739600    6.05791300   -2.60508800
  54. C                  0.96613400    6.52219200   -1.34996500
  55. H                  1.19016000    7.55892600   -1.13387600
  56. C                 -5.09001300    2.66659900    2.56256400
  57. C                 -6.11455600    1.85147500    2.12504000
  58. H                 -7.14878200    1.97582800    2.41883300
  59. C                 -4.28538800    0.88171300    1.03062300
  60. O                  0.25783500   -2.30142900   -2.57891100
  61. H                 -0.67310200   -2.61562600   -2.43680100
  62. O                 -0.08228300    0.29035700   -3.01398100
  63. H                  0.22794400   -0.36473500   -3.66672900
  64. H                  0.91204100   -3.00769600   -2.44594100
  65. H                  0.22682600    1.20527500   -3.14180400

  66. C H O F 0
  67. 6-31g
  68. ****
  69. S 0
  70. 6-31g(d)
  71. ****
  72. Eu 0
  73. S 3 1.00
  74. 7.3630060 -0.1893070
  75. 5.9733800 0.5419950
  76. 2.4925720 -1.3058000
  77. S 1 1.00
  78. 0.6217810 1.0
  79. S 1 1.00
  80. 0.3050070 1.0
  81. S 1 1.00
  82. 0.0574440 1.0
  83. S 1 1.00
  84. 0.0266960 1.0
  85. P 3 1.00
  86. 4.8447810 0.1552890
  87. 2.9809270 -0.5288870
  88. 0.7304400 1.1922280
  89. P 1 1.00
  90. 0.3107740 1.0
  91. P 1 1.00
  92. 0.0962860 1.0
  93. P 1 1.00
  94. 0.0337530 1.0
  95. D 3 1.00
  96. 2.5346930 -0.0582970
  97. 0.7843880 0.3814980
  98. 0.3320980 0.7067250
  99. D 1 1.00
  100. 0.1307590 1.0
  101. D 1 1.00
  102. 0.0493900 1.0   
  103. ****

  104. Eu 0
  105. ECP52MWB 4 52
  106. G-Komponente
  107. 1
  108. 2 1.000000 0.000000
  109. S-G
  110. 2
  111. 2 4.742100 125.972804
  112. 2 2.371100 -5.265472
  113. P-G
  114. 2
  115. 2 4.059200 86.395920
  116. 2 2.029600 -1.042461
  117. D-G
  118. 2
  119. 2 2.840700 40.156495
  120. 2 1.420400 -0.099115
  121. F-G
  122. 1
  123. 2 5.883800 -68.468426


  124. 优化正常结束后水分子跑了,如下图,没计算频率,帮我看看如何才能使分子超正确的方向优化,谢谢了!</p><p>







  125. </p>
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-29 20:33:38 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2016-1-29 17:51
请教两个问题:

1. 采用b3lyp优化稀土配合物的结构,含有配位水,但水分子优化到一定步时,配位水就跑了 ...


1 图中有一个配位水,你指的是更上面那个水在优化后跑了?Eu配位数有限,配位水太多自然会给挤跑。
PS:C H O F不要用6-31G,必须加弥散。

2 你不用maxdisk关键词的话默认会认为硬盘空间无限,会一直写到满
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发表于 Post on 2016-1-29 21:06:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-28 10:13
看输出文件最后提示。正常跑完的话一般不会有数值突然下降的那个点。

老师,我改用GS2还不是行,用LQA如下错误提示,请问是什么意思呢?我该如何做?
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Pt 15 Step number   5 out of a maximum of  20
L123, GS2: LAMBDA BRACKETING FAILED!
Error termination via Lnk1e in /opt/g09/l123.exe at Thu Jan 28 21:35:35 2016.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-29 22:10:48 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-29 21:06
老师,我改用GS2还不是行,用LQA如下错误提示,请问是什么意思呢?我该如何做?
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IR ...

这确实是用LQA而不是GS2时报的错么?

如果确实是,减小IRC步长,或者calcall再试
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发表于 Post on 2016-1-29 23:21:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-29 12:33
1 图中有一个配位水,你指的是更上面那个水在优化后跑了?Eu配位数有限,配位水太多自然会给挤跑。
PS ...

谢谢SOB老师。
是的,是指优化后那个水分子跑了,计算是正常结束。这个配合物是很稳定的配合物,含两个配位水,配位数只有8,不是很高,就想试一试优化稀土配合物。如果把水换成邻菲罗啉之类的刚性平面分子,很容易优化,结果也没有虚频。对于含配位水的配合物,这种情况下,从方法和基组方面该如何考虑,才能正常优化?我试了opt=tight int=ultrafine不管用。我再试试把基组增大,看看效果如何。谢谢您了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-29 23:48:02 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2016-1-29 23:21
谢谢SOB老师。
是的,是指优化后那个水分子跑了,计算是正常结束。这个配合物是很稳定的配合物,含两个 ...

一方面是把基组增大,另外是尝试不同初猜结构,以及优化时把步长上限设小点,比如opt(maxstep=10,notrust)。解决水跑掉,用opt=tight int=ultrafine并没有任何用处。
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发表于 Post on 2016-1-30 00:14:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-29 15:48
一方面是把基组增大,另外是尝试不同初猜结构,以及优化时把步长上限设小点,比如opt(maxstep=10,notrust ...

Thank you very much. I will have a try.

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发表于 Post on 2016-1-30 09:58:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-29 22:10
这确实是用LQA而不是GS2时报的错么?

如果确实是,减小IRC步长,或者calcall再试

确实是LQA报的错,老师出现的这个错误提示是什么意思?出现这个问题的原因是什么呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-30 12:08:18 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-30 09:58
确实是LQA报的错,老师出现的这个错误提示是什么意思?出现这个问题的原因是什么呢?

这得问开发者,细节开发者才知道
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发表于 Post on 2016-1-30 12:52:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-30 12:08
这得问开发者,细节开发者才知道

嘿嘿,谢谢老师。

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发表于 Post on 2016-1-30 18:07:41 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师,您好。我算的体系是五六个原子的,有含钙的,有含Na的,含B的,在用ccsdt/cc-pvtz优化的时候,非常非常的慢,目前为止还没有成功的。以前我算过四个原子的,ccsdt/aug-cc-pVTZ水平下计算,用大约三个小时,现在算一天一夜,还是不行,都是用其它方法优化好的结构,可是用ccsdt一优化,就是能量升高,或者在算频率的时候是震动的,请问我该怎么解决呢?

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发表于 Post on 2016-1-30 18:17:15 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我补充一句,我是用ccsdt/aug-cc-pvtz进行优化,想得到更精确的键长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-30 20:08:42 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2016-1-30 18:07
sob 老师,您好。我算的体系是五六个原子的,有含钙的,有含Na的,含B的,在用ccsdt/cc-pvtz优化的时候,非 ...


CCSD(T)和CCSDT是两回事,用后者优化可以用找死形容
CCSD优化已经足够了,不仅本身比CCSD(T)耗时低,而且由于有解析梯度,比CCSD(T)省时一个数量级以上。
CCSD(T)是算单点用的,结合aug-cc-pVTZ时别指望它来优化,除非体系就三、四个不太重的原子。
你当前的体系根本没必要用加弥散,加了耗时暴增还对结果没什么改进。

简单来说,CCSD/cc-pVTZ足矣。还嫌慢就用双杂化泛函。
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发表于 Post on 2016-1-30 20:36:49 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-1-31 03:21:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-29 16:08
BO近似和冻芯近似完全是两码事。
冻芯近似是电子相关计算时忽略内核轨道以降低耗时的常用作法。

谢谢!

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