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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-2 16:37:50 | 只看该作者 Only view this author
AMolPC 发表于 2016-2-2 13:22
谢谢Sob老师。从您的描述来看,这个应该是很小的(系列)基组吧?

是的,非常小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-2-2 17:00:47 | 只看该作者 Only view this author

对氯离子和溴离子构型优化,但是没有normal termination 不知是什么原因望指教

对氯离子和溴离子进行构型优化,但是没有normal termination 不知是什么原因,望各位前辈指教,结果文件见附件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-2 18:02:43 | 只看该作者 Only view this author
natie1991 发表于 2016-2-2 17:00
对氯离子和溴离子进行构型优化,但是没有normal termination 不知是什么原因,望各位前辈指教,结果文件见 ...

起码得有两个原子才能做几何优化,一个原子根本没有需要优化的变量
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发表于 Post on 2016-2-2 18:20:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-2 18:02
起码得有两个原子才能做几何优化,一个原子根本没有需要优化的变量

谢谢楼主,我还有一个问题想请教一下您,我再优化一个阳离子的过程中结算结果显示倒数第三次迭代计算的时候         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000026     0.000450     YES
RMS     Force            0.000007     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.001700     0.001800     YES
RMS     Displacement     0.000506     0.001200     YES
有四个yes,到最后一次的时候成了二个yes
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000026     0.000450     YES
RMS     Force            0.000007     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.016563     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.003501     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-1.329443D-07但最后是normal termination 请问这是什么原因呢?这算是优化成功吗?谢谢

AMIM.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-2 21:17:37 | 只看该作者 Only view this author
natie1991 发表于 2016-2-2 18:20
谢谢楼主,我还有一个问题想请教一下您,我再优化一个阳离子的过程中结算结果显示倒数第三次迭代计算的时 ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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发表于 Post on 2016-2-3 18:06:54 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师:

在优化一个分子结构时,经常看到文献上这么说:

All the molecular structures were fully optimized in the gas-phase without symmetry restrictions by the gradient procedure.

其中without symmetry restrictions,这个在关键词上是如何设置的,还是我们经常使用的默认设置就是这个?

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-3 20:52:52 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2016-2-3 18:06
Sob老师:

在优化一个分子结构时,经常看到文献上这么说:


优化时候的初始结构别有对称性就行了。如果初始结构有对称性,哪怕你用了nosymm关键词,依然可能最终结构被迫维持在初始的点群下。
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发表于 Post on 2016-2-3 22:45:38 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,对于极小点几何优化来说,小体系需要振动频率验证无虚频,随着体系增大,做频率计算耗时增大,请问DFT方法几何优化极小点,多大体系不做频率验证可以接受?比如b3lyp/6-311Gd几何优化80个碳原子体系,不做频率验证可以接受吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-3 23:54:22 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-2-3 22:45
请问sob老师,对于极小点几何优化来说,小体系需要振动频率验证无虚频,随着体系增大,做频率计算耗时增大 ...


这不在于体系大小,在于体系特征,以及你自己的经验。
如果看优化出来的结构你根据经验就能大致判断是否合理,那就不用算频率验证。但原子团簇的成键方式不像有机分子那么简单,对于别人没报道过的80个碳原子的团簇,这往往凭经验不好判断是否是极小点,还是应当算一下频率。6-311G*完全可以降低到6-31G*来优化和做振动分析。
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发表于 Post on 2016-2-4 09:49:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-3 23:54
这不在于体系大小,在于体系特征,以及你自己的经验。
如果看优化出来的结构你根据经验就能大致判断是 ...

谢谢sob老师,极小点几何比较小的虚频是否可以忽略,例如虚频只有-15,调不掉,请问这样的虚频是否可以忽略?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-4 11:07:08 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-2-4 09:49
谢谢sob老师,极小点几何比较小的虚频是否可以忽略,例如虚频只有-15,调不掉,请问这样的虚频是否可以忽 ...


先用opt=tight int=ultrafine,如果没解决,又用不起calcall,实在没辙的话,若虚频对应的振动模式不牵扯到你感兴趣的原子的话可以姑且忽略。
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发表于 Post on 2016-2-4 11:28:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-4 11:07
先用opt=tight int=ultrafine,如果没解决,又用不起calcall,实在没辙的话,若虚频对应的振动模式不牵 ...

多谢sob老师。

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发表于 Post on 2016-2-5 14:33:07 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,麻烦想问一下,如何知道某个频率属于哪个化学键的呢?原子个数少,我一般用gauss view看,稍微多一点,就看不出来了,可以通过log分析出来么?还是有其它办法呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-5 18:01:09 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2016-2-5 14:33
sob老师,麻烦想问一下,如何知道某个频率属于哪个化学键的呢?原子个数少,我一般用gauss view看,稍微多 ...

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发表于 Post on 2016-2-5 21:08:28 | 只看该作者 Only view this author
不好意思,sob老师,我想问下如何去看一个震动是发生在哪两个原子之间的。比如一个四原子的体系,1与2号原子,2号与3号原子,都发生直线型的左右拉伸,就不好判断是属于哪两个之间的震动。我在gauss view里选择了show displacement vectors,但每次遇到直线型分子,发生左右拉伸震动,就会出现判断难的情况。

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