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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-1-28 10:48:13 | 只看该作者 Only view this author
老师, 你好,

我在用不同的泛函(b3lyp, m062x, wb97xd)优化某分子激发态后,用Gview打开同一分子的不同初始结构计算的输出文件,选择results-->summary, 其中的calculation method显示的会有所不同, 如
RB3LYP TD-FC 或 RTD-B3LYP-FC
RM062X TD-FC 或 RTD-M062X-FC
RwB97XD-FC 或 RTD-wB97XD-FC

我Google也没有查到它们的区别,也不知道对优化的计算结果有没有影响,能不能给解释一下,谢谢~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-28 11:16:41 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2016-1-28 10:48
老师, 你好,

我在用不同的泛函(b3lyp, m062x, wb97xd)优化某分子激发态后,用Gview打开同一分子的不同初 ...

泛函不一样,显示的当然也不一样
R就是指限制性闭壳层,FC是指TDDFT计算中用了冻芯近似,TD结合DFT就是TDDFT
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-1-28 18:41:19 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,对用SMD-water优化后的结构计算NBO时,是否还需要加入scrf=(solvent=water, smd)?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-28 18:48:54 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-1-28 18:41
请问sob老师,对用SMD-water优化后的结构计算NBO时,是否还需要加入scrf=(solvent=water, smd)?
谢谢老师

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发表于 Post on 2016-1-29 08:45:50 | 只看该作者 Only view this author
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Sob老师,我想请教一下,实验中要比较这两个分子的稳定性,是不是就是寻找稳定的自由基位置呢?

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发表于 Post on 2016-1-29 09:08:17 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2016-1-29 08:45
Sob老师,我想请教一下,实验中要比较这两个分子的稳定性,是不是就是寻找稳定的自由基位置呢?

这不就是个共振式吗?哪是两个分子?还实验上?而且这和自由基有什么关系?
计算这两个共振式的比例可以用NRT的方法

(P.S.帮上图,图别用附件传)


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发表于 Post on 2016-1-29 11:09:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 哈哈宝 于 2016-1-29 11:15 编辑
liyuanhe211 发表于 2016-1-29 09:08
这不就是个共振式吗?哪是两个分子?还实验上?而且这和自由基有什么关系?
计算这两个共振式的比例可以 ...

感谢liyuanhe老师告知这叫共振式,以前确实不知道。
但是我goole了你说的NRT,没有搞清楚是什么,您能再详细的解释一下么?我用高斯能否确定哪种共振式更稳定么?谢谢

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发表于 Post on 2016-1-29 15:22:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-28 11:16
泛函不一样,显示的当然也不一样
R就是指限制性闭壳层,FC是指TDDFT计算中用了冻芯近似,TD结合DFT就是T ...

可能我说的问题有点不清楚, 我一般不特意设置成闭壳, 就是default, 同一个泛函计算出来显示的有两个, 比如RB3LYP TD-FC 或 RTD-B3LYP-FC, 这两个有没有区别? 我不知道为什么有时显示第一个,有时是第二个?

冻芯近似? 是说Born-Oppenheimer Approximation吗? 我觉得FC是Franck–Condon principle的简写, 当然和前者BO Approximation表达的意思一致.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-29 16:06:49 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2016-1-29 11:09
感谢liyuanhe老师告知这叫共振式,以前确实不知道。
但是我goole了你说的NRT,没有搞清楚是什么,您能再 ...

这里有介绍,是NBO框架中的一种方法
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-29 16:08:14 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2016-1-29 15:22
可能我说的问题有点不清楚, 我一般不特意设置成闭壳, 就是default, 同一个泛函计算出来显示的有两个, 比 ...


BO近似和冻芯近似完全是两码事。
冻芯近似是电子相关计算时忽略内核轨道以降低耗时的常用作法。

根本不用管gv里显示的那些东西,自己直接看输出文件就完了。
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发表于 Post on 2016-1-29 16:19:42 | 只看该作者 Only view this author
各位量化前辈:
       好!能不能请教你们一个问题:一般找到的过渡态的优化曲线能量都是下降的,最后收敛停止。但是最近找到一个过渡态,看它的振动模式是对的,但是优化曲线却是先下降,又上升再下降
最后收敛停止,为什么没有停止在能量最低的地方?这是我困惑的地方,优化曲线如下,希望大家指教一二。




优化曲线2.PNG (7.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

优化曲线

优化曲线

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发表于 Post on 2016-1-29 16:25:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-29 16:06
这里有介绍,是NBO框架中的一种方法
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102

跪谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-29 17:07:57 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-1-29 16:19
各位量化前辈:
       好!能不能请教你们一个问题:一般找到的过渡态的优化曲线能量都是下降的,最后收 ...

过渡态不是能量极小点,所以本身就没必要能量必须下降
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发表于 Post on 2016-1-29 17:51:40 | 只看该作者 Only view this author
请教两个问题:

1. 采用b3lyp优化稀土配合物的结构,含有配位水,但水分子优化到一定步时,配位水就跑了,最后优化正常结束后水中氧原子和金属原子的距离接近4埃,显然不对,含水的配合物是稳定结构,如何才能使优化朝着正确的方向进行?

2. 采用ubuntu系统高斯计算,系统一共才分配了300G左右,Scratch中的一个读写文件竟显示几个T,然后运行一会,报告磁盘没有任何空间了,运算自动停止,这是什么情况?如何才能避免?谢谢!

TB.png (227.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

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发表于 Post on 2016-1-29 17:55:14 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2016-1-29 17:51
请教两个问题:

1. 采用b3lyp优化稀土配合物的结构,含有配位水,但水分子优化到一定步时,配位水就跑了 ...

最好上传输入。什么分子,用了什么水平计算。

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