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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-2-9 19:49:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-9 17:20
Multiwfn可以计算和绘制电子密度
哪怕距离很远,照样有相互作用,但那就是范德华或者静电相互作用了。 ...

谢谢老师,可以说一下具体方法吗?我以前用multiwfn算过BCP处的ρ(r)  laplacian     H(r)等,但我当时是用这种方法分析成键种类(按照文献中的判定方法以及本站关于Laplacian的那篇文章)。
您这次说的绘制电子密度自己判断相互作用强度的方法能说的具体一些吗?或者给个链接也成。
谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-9 19:58:42 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-9 19:49
谢谢老师,可以说一下具体方法吗?我以前用multiwfn算过BCP处的ρ(r)  laplacian     H(r)等,但我当 ...


对于同一类键,BCP处电子密度越大,能量密度越负,相互作用越强
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-2-9 20:32:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-9 19:58
对于同一类键,BCP处电子密度越大,能量密度越负,相互作用越强

同一类是不是指原子是一样的,比如Cu-N。
对于Cu-O、Cu-N、Cu-S就不可以比较了吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-9 21:09:15 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-9 20:32
同一类是不是指原子是一样的,比如Cu-N。
对于Cu-O、Cu-N、Cu-S就不可以比较了吧?

y
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-2-9 21:30:43 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2016-2-11 20:03:40 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,正在看您关于“gaussian中用TDDFT计算激发…”的那篇文章,看到下面这段话有些不懂:

“基态是单重态(S0)时,发射过程又分为两类:


(1)荧光发射:是从单重态激发态发射光子退激到基态。根据kasha规则,荧光发射多数情况是从S1(能量最低的单重态激发态)退激到S0。因此,按照上述垂直发射方式计算荧光的时候,激发态一般选的是S1态。少数情况kasha规则不满足,比如Azulene大多是从S2而非S1退激到S0的。”


基态和激发态如何才能都是单重态(没有单电子、所有电子都配对)?我的理解是如果基态是S0,那么在有一个电子跃迁时,肯定会有配对的两个电子被拆开,这样就会有两个单电子,就变成了三重态呀?


谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-11 20:21:03 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-11 20:03
sob老师,正在看您关于“gaussian中用TDDFT计算激发…”的那篇文章,看到下面这段话有些不懂:

“基态是 ...


单重态激发态波函数是1↑ 2↓和1↓ 2↑的一种线性组合,你把自旋平方算符作用到上面就会发现对应于单重态。
三重态激发态波函数有三种,分别是1↑ 2↑、1↓ 2↓以及1↑ 2↓和1↓ 2↑的另一种线性组合。
如果不明白,看看szabo的modern quantum chemistry
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发表于 Post on 2016-2-11 21:06:16 | 只看该作者 Only view this author
“1↑ 2↓和1↓ 2↑的一种线性组合”
请问这个线性组合是不是指如下的这种:
p轨道:px  1↑ 2↓
              py  1↑ 2↓
              pz  1↓ 2↑
类似于这样的在一个主轨道的不同轨道中有的以1↓ 2↑形式存在,有的以相反的方式存在?这样的能量会略高于基态s0。

我对量子化学懂得很少,您说的我看不懂。请问我这么理解可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-11 21:48:55 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-11 21:06
“1↑ 2↓和1↓ 2↑的一种线性组合”
请问这个线性组合是不是指如下的这种:
p轨道:px  1↑ 2↓

不是。
去看modern quantum chemistry的2.5.2节。
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发表于 Post on 2016-2-11 21:57:35 | 只看该作者 Only view this author

Guassian09软件请问谁有啊

Guassian09软件请问谁有啊?给不给以传一份Win版本的给我,谢谢谢谢了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-11 22:26:45 | 只看该作者 Only view this author
yl6459 发表于 2016-2-11 21:57
Guassian09软件请问谁有啊?给不给以传一份Win版本的给我,谢谢谢谢了


量化版的资源分享区有,积分够25可查看
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发表于 Post on 2016-2-12 00:32:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-11 21:48
不是。
去看modern quantum chemistry的2.5.2节。

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-2-12 21:59:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在计算一个结构的紫外光谱的时候出现了l9999错误,请问该如何处理啊?

输入文件
%chk=UVVis.chk
%mem=1GB
%nprocshared=4
#p b3lyp/tzvp td(nstates=10,singlet,root=1) density out=wfn

Title Card Required

0 1
C                  0.28192300   -1.11203000   -0.00009400
C                  1.06577700    0.04785800   -0.00001100
C                  0.43818800    1.29454900    0.00001000
C                 -0.94449200    1.37699400   -0.00004500
C                 -1.74314500    0.22414100   -0.00009500
C                 -1.09875200   -1.02255100   -0.00013200
H                  0.76241400   -2.08054200   -0.00011600
H                  1.04830400    2.18818600    0.00005800
H                 -1.42131000    2.35022600   -0.00002300
H                 -1.68287100   -1.93360900   -0.00024900
C                  2.54784200    0.00508200    0.00003900
O                  3.27077100    0.97402600    0.00011300
O                  3.04431500   -1.26006200    0.00000400
H                  4.01007800   -1.17795700    0.00006000
C                 -3.20411800    0.37428200   -0.00010300
H                 -3.55168800    1.40368100   -0.00032600
C                 -4.11835200   -0.59679500    0.00023800
H                 -3.86010800   -1.64869200    0.00057200
H                 -5.17473300   -0.36218700    0.00024700

out=./UVVis.wfn


输出文件结尾
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l9999.exe at Fri Feb 12 21:53:39 2016.
Job cpu time:       0 days  1 hours  5 minutes 31.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    289 Int=      0 D2E=      0 Chk=     26 Scr=      2

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-12 22:01:30 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-12 21:59
sob老师,我在计算一个结构的紫外光谱的时候出现了l9999错误,请问该如何处理啊?

输入文件

末尾的wfn文件输出路径明显不对,去掉out=
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发表于 Post on 2016-2-12 22:34:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-12 22:01
末尾的wfn文件输出路径明显不对,去掉out=

谢谢老师,我再试试。

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