简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva

498746012 发表于 2016-2-20 19:58
各位量化的前辈：
    好！我用Gaussian03对一个分子进行固定优化，出现如下的错误：
New curvilinear st ...

opt geom=modred改成opt=modredundant。还不行就换成g09，还不行换换基组/方法看看是否能恰好绕过报错，还不行就只能修改约束方式

498746012

sobereva 发表于 2016-2-20 20:56
opt geom=modred改成opt=modredundant。还不行就换成g09，还不行换换基组/方法看看是否能恰好绕过报错 ...

谢谢sob老师，斗胆问一下opt geom=modred和opt=modredundant是一回事吗？

lastzealot

sobereva 发表于 2016-2-20 20:53
优化用了D3(BJ)显然振动分析也得加，否则根本不是同一个计算级别
优化用哪种阻尼计算频率时就必须用哪种 ...

谢谢老师。

sobereva

498746012 发表于 2016-2-20 21:35
谢谢sob老师，斗胆问一下opt geom=modred和opt=modredundant是一回事吗？

应该不是，很少有用前面的写法

三石草祭

我想在高斯中模拟一种溶液在不同浓度的吸收光谱，比如分别设定它的浓度为0.01摩尔/毫升 和0.001摩尔/毫升，现在了解了一些关于自定义溶剂的方法，但并没有看到关于不同浓度的输入，高斯新手求指教

sobereva

三石草祭 发表于 2016-2-21 11:02
我想在高斯中模拟一种溶液在不同浓度的吸收光谱，比如分别设定它的浓度为0.01摩尔/毫升 和0.001摩尔/毫升， ...

看此贴3L
http://bbs.keinsci.com/thread-1684-1-1.html

lastzealot

sob老师，有一个问题不懂，想请教您一下。在我的NBO分析中，发现O10-U14之间各有两个键，请问这是怎么回事？那两个键都代表什么呢？我在总结数据时应该选择哪一个？数据如下：
    18. (1.97085) BD ( 1) O  10 - U  14  
                ( 91.17%)   0.9548* O  10 s( 61.74%)p 0.62( 38.25%)d 0.00(  0.01%)
                                            0.0003 -0.7857 -0.0104 -0.0006 -0.0001
                                           -0.4948 -0.0060 -0.0056  0.3648  0.0141
                                           -0.0004  0.0662 -0.0010  0.0010 -0.0019
                                           -0.0017  0.0016  0.0080  0.0001
                (  8.83%)   0.2971* U  14 s( 12.04%)p 2.83( 34.07%)d 3.18( 38.31%)
                                                  f 1.29( 15.57%)g 0.00(  0.01%)
                                            0.0000  0.0006 -0.3447 -0.0291 -0.0258
                                            0.0026  0.0043  0.0029  0.0004  0.0022
                                            0.0002  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
                                            0.0000  0.0000 -0.0001  0.1247 -0.0176
                                           -0.0049  0.0090  0.0041 -0.0002  0.0004
                                            0.0001  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
                                            0.0000 -0.5666  0.0039  0.0029 -0.0056
                                           -0.0044  0.0005 -0.0007  0.0000  0.0001
                                            0.0000 -0.0001  0.0000  0.0000  0.0597
                                            0.0038  0.0004  0.0001 -0.0005 -0.0002
                                            0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000
                                            0.0000  0.1721 -0.0389  0.0129  0.0070
                                            0.0012  0.0000  0.0000  0.0000 -0.0007
                                            0.0049 -0.0007  0.0003  0.0001  0.0000
                                            0.0000  0.0000  0.0749 -0.0173 -0.0004
                                            0.0003  0.0001  0.0000  0.0000 -0.0001
                                            0.5293 -0.1005  0.0000  0.0036  0.0010
                                            0.0000  0.0000 -0.0001  0.2304 -0.0492
                                            0.0092  0.0025  0.0003  0.0000  0.0000
                                           -0.0624  0.0234  0.0004  0.0000 -0.0296
                                            0.0486 -0.0005 -0.0004  0.1709 -0.1140
                                           -0.0008  0.0006 -0.0776  0.0246  0.0008
                                           -0.0003 -0.0337  0.0229 -0.0011  0.0002
                                           -0.0575  0.1235  0.0035 -0.0016  0.2581
                                           -0.1109 -0.0036  0.0021 -0.0034  0.0004
                                            0.0000  0.0001 -0.0001  0.0000 -0.0029
                                            0.0000  0.0000  0.0038  0.0000 -0.0001
                                            0.0022  0.0000  0.0000  0.0007 -0.0001
                                            0.0000 -0.0014 -0.0001  0.0000 -0.0091
                                           -0.0005  0.0001 -0.0042 -0.0002  0.0001
    19. (1.92334) BD ( 2) O  10 - U  14  
                ( 95.23%)   0.9758* O  10 s(  0.29%)p99.99( 99.68%)d 0.08(  0.02%)
                                            0.0000  0.0534 -0.0086  0.0000  0.0004
                                            0.5314 -0.0064  0.0004  0.8438  0.0113
                                           -0.0020 -0.0477 -0.0014 -0.0001 -0.0112
                                            0.0027  0.0027 -0.0083  0.0058
                (  4.77%)   0.2185* U  14 s(  3.01%)p 0.42(  1.27%)d 9.93( 29.92%)
                                                  f21.81( 65.76%)g 0.01(  0.03%)
                                           -0.0003 -0.0010 -0.1235  0.1014  0.0617
                                           -0.0232 -0.0156 -0.0045 -0.0017 -0.0029
                                            0.0000  0.0000  0.0002  0.0000  0.0000
                                            0.0000  0.0000 -0.0024  0.0624  0.0133
                                            0.0070 -0.0136  0.0017  0.0032 -0.0004
                                           -0.0003 -0.0001  0.0000  0.0001  0.0000
                                           -0.0033  0.0494  0.0747 -0.0176  0.0023
                                           -0.0039 -0.0014 -0.0007  0.0005  0.0004
                                            0.0001 -0.0003  0.0000  0.0006 -0.0012
                                           -0.0061  0.0026  0.0008  0.0004  0.0005
                                            0.0000 -0.0001 -0.0001  0.0000  0.0000
                                            0.0002  0.4906 -0.0070 -0.0055 -0.0062
                                           -0.0003  0.0004  0.0000  0.0000 -0.0511
                                           -0.0029 -0.0033  0.0001  0.0002  0.0001
                                            0.0000  0.0001  0.0352  0.0149  0.0030
                                           -0.0003  0.0000  0.0000  0.0000  0.0006
                                           -0.1510  0.1332  0.0182  0.0031  0.0003
                                            0.0003  0.0001  0.0000  0.0851  0.0761
                                            0.0196 -0.0035 -0.0025  0.0000 -0.0001
                                           -0.0265 -0.0207 -0.0006  0.0003 -0.0632
                                           -0.0288 -0.0012  0.0008  0.0680  0.0205
                                            0.0027 -0.0028 -0.0089 -0.0203 -0.0023
                                            0.0008 -0.0806 -0.0011  0.0011 -0.0007
                                           -0.7473 -0.0460 -0.0165  0.0000 -0.2413
                                            0.1432  0.0013 -0.0045 -0.0014 -0.0005
                                           -0.0001  0.0012 -0.0001  0.0000 -0.0006
                                            0.0000  0.0000  0.0017  0.0005 -0.0001
                                            0.0049  0.0000 -0.0002  0.0019  0.0003
                                            0.0000  0.0003 -0.0002  0.0000  0.0112
                                            0.0004 -0.0001 -0.0128 -0.0008  0.0002
   如果可以说这是double bond的话，是否可以说，其中第一个是sigma键（O原子的s轨道占60%+），第二个是pi键（O原子的p轨道占99%+）呢？

   谢谢sob老师。

498746012

sobereva 发表于 2016-2-20 23:08
应该不是，很少有用前面的写法

谢谢sob老师

sobereva

lastzealot 发表于 2016-2-21 16:28
sob老师，有一个问题不懂，想请教您一下。在我的NBO分析中，发现O10-U14之间各有两个键，请问这是怎么回事 ...

就是双键。具体是什么特征看NBO轨道图形判断。

lastzealot

sobereva 发表于 2016-2-21 19:35
就是双键。具体是什么特征看NBO轨道图形判断。

谢谢老师
不可以直接从O的自然分子轨道中s/p所占比例来判断吗？比如99%p表明为pi键、60+%s表明为sigma键？（以前学的都是sp sp2 sp3，这次s轨道成分为p轨道的两倍）

如果从NBO轨道图形来判断的话，如何来确定呢？能具体一些吗？

再次感谢sob老师，没有您的帮忙真不知道该咋办了。

jhlwc545454

我想请问一下高斯计算完成后选择gaussian job has completed,do you want to close the gaussian window以后就找不到了？一定要把计算结果复制到文本文档中吗？先谢谢了

sobereva

jhlwc545454 发表于 2016-2-21 21:58
我想请问一下高斯计算完成后选择gaussian job has completed,do you want to close the gaussian window以 ...

自行用高斯打开输入文件，运行的时候就会提示让你选择把输出文件保存在哪里。
如果是gview里用calculation step界面设定，用submit按钮提交，输出文件在输入文件相同目录下，后缀为.log

sobereva

lastzealot 发表于 2016-2-21 19:43
谢谢老师
不可以直接从O的自然分子轨道中s/p所占比例来判断吗？比如99%p表明为pi键、60+%s表明为sigma键 ...

就是看NBO轨道图形，根据结构化学知识来判断
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

考察图形比起考察那些输出更直观，更可靠

lastzealot

sobereva 发表于 2016-2-21 22:37
就是看NBO轨道图形，根据结构化学知识来判断
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
...

谢谢sob老师

lastzealot

sob老师，您推荐的那篇利用Multiwfn绘制NBO轨道我看完了。我把刚才那个问题中的U14-O10的两个成键轨道用Multiwfn做出来了，图如下：


附上前面问题中的输出文件中关于18、19这两个成键轨道的计算结果
    18. (1.97085) BD ( 1) O  10 - U  14  
                ( 91.17%)   0.9548* O  10 s( 61.74%)p 0.62( 38.25%)d 0.00(  0.01%)
                                           ...省略
                (  8.83%)   0.2971* U  14 s( 12.04%)p 2.83( 34.07%)d 3.18( 38.31%)
                                                  f 1.29( 15.57%)g 0.00(  0.01%)
                                           ...省略
    19. (1.92334) BD ( 2) O  10 - U  14  
                ( 95.23%)   0.9758* O  10 s(  0.29%)p99.99( 99.68%)d 0.08(  0.02%)
                                            ...省略
                (  4.77%)   0.2185* U  14 s(  3.01%)p 0.42(  1.27%)d 9.93( 29.92%)
                                                  f21.81( 65.76%)g 0.01(  0.03%)
                                           ...省略


请问这两个成键形式是什么呢？sigma or pi? or some others？


另外，为什么NBO计算得到的.fch文件可以用Multiwfn打开、却不能用gview打开呢？


谢谢sob老师，祝您元宵节快乐。