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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-14 14:59:58 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-14 13:57
sob老师,想请教您几个问题。
在紫外光谱计算时,会出现下面的文字
Excited State   1:   ...

1 一致。看此文
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
Multiwfn手册4.8节也有例子

2、3 你的表述是错误的,没有什么“多个跃迁方法”这种说法。看此文的一些讨论
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
看看基础的书,搞明白CIS的原理就自然明白了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-2-14 16:02:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-14 14:59
1 一致。看此文
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-2-19 17:54:22 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,看文献时经常看到dispersion correction这个东西
首先,请问这个关键词是啥呀?
第二,我发现这个对于弱相互作用的结构优化影响很大,请问多弱的作用必须用这个呢?配位作用是否需要用到呢?谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-19 18:43:57 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-19 17:54
sob老师,看文献时经常看到dispersion correction这个东西
首先,请问这个关键词是啥呀?
第二,我发现这 ...


DFT-D是常用的色散校正方式中的一种,改善传统泛函普遍不能合理描述色散作用的问题,见
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

跟配位没关系,配位作用是强相互作用。对于色散作用会明显影响体系构型的情况,若使用不能合理描述色散作用的泛函,加不加色散校正优化出来的结果会相差很大。
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发表于 Post on 2016-2-19 19:42:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-19 18:43
DFT-D是常用的色散校正方式中的一种,改善传统泛函普遍不能合理描述色散作用的问题,见
乱谈DFT-D
ht ...

谢谢老师,我看一下那两篇文章,肯定受益匪浅。

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发表于 Post on 2016-2-20 10:33:12 | 只看该作者 Only view this author
各位量化的前辈:
    好!想请教各位一个问题:在找中间体和过渡态时,看优化曲线除了能获取能量是否震荡之外,还能够获取什么信息?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-20 12:21:08 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-2-20 10:33
各位量化的前辈:
    好!想请教各位一个问题:在找中间体和过渡态时,看优化曲线除了能获取能量是否震荡 ...


并没什么其它信息。
不过找中间体的话,如果最终能量比起点要高,说明可能翻越了势垒到了另外的极小点。
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发表于 Post on 2016-2-20 16:46:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-2-20 16:48 编辑

sob老师,请问你们开发的molclus软件是不是把动力学获得的每一个构象通过高斯等软件计算sp得到最稳结构啊?一定是团簇结构吗?一个具有几十个原子的隔离态体系是不是也可以?
我的电脑里和服务器上都没有动力学软件,以前也没用过,能否推荐一个容易上手且结果可接受的动力学软件呢?最好像高斯那样直接解压、不需要编译的(linux技术太差,周围也没人指导)。
谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-20 16:47:16 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-20 16:46
sob老师,请问你们开发的molclus软件是不是把动力学获得的每一个构象通过高斯等软件计算sp得到最稳结构啊? ...

molclus帖子(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577)一开头就说了,现在已经可以脱离动力学程序独立结合量化程序使用了
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发表于 Post on 2016-2-20 16:51:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-20 16:47
molclus帖子(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577)一开头就说了,现在已经可以脱 ...

哦,没注意上边的补充。
如果以后升级了,还需要重新购买吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-20 16:53:36 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-20 16:51
哦,没注意上边的补充。
如果以后升级了,还需要重新购买吗?

购买后2年内可免费索取新版本,页面里写了:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
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发表于 Post on 2016-2-20 19:43:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-2-20 19:57 编辑

sob老师,刚才看了您关于DFT-D使用方法的那篇文章,受益匪浅。
您提到D3(BJ)计算弱作用最适合,那么在D3BJ优化之后、验证优化结果和获得热力学参数的频率计算中是否也要加入D3(BJ)的关键词empiricaldispersion=GD3BJ呢?
如果仍必须引入D3校正,那么可否用零阻尼的D3来取代D3BJ呢?会不会不合理呢?(在D.01版本的高斯中利用D3BJ计算freq会失准)
谢谢老师。

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发表于 Post on 2016-2-20 19:44:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-20 12:21
并没什么其它信息。
不过找中间体的话,如果最终能量比起点要高,说明可能翻越了势垒到了另外的极小点 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-2-20 19:58:40 | 只看该作者 Only view this author
各位量化的前辈:
    好!我用Gaussian03对一个分子进行固定优化,出现如下的错误:
New curvilinear step not converged.
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /bin/g03e/g03/l103.exe,这该如何解决?
输入文件为
%mem=2000mb
%nproc=8
%chk=Ni_transferhydrocyanation_P1_TS2_03F
# b3lyp/3-21g opt geom=modred

a

0 1
Ni                 1.10846357   -0.46196820   -0.05310387
Cl                 6.54896120   -1.51334462    0.62051759
P                  1.17119622   -2.14031852    1.63721696
P                  2.10111358    1.50842370    0.83392438
O                  0.36082490    0.21296322    2.99650941
N                  3.89850634   -0.72857045   -1.04693051
C                  1.33176056   -0.38574808    3.77144905
C                  1.80309440   -1.61736177    3.28422632
C                  2.73767449   -2.32150331    4.05462054
H                  3.11598366   -3.27274073    3.69481322
C                  3.20131667   -1.80470949    5.26564154
H                  3.92585998   -2.36228890    5.85071858
C                  2.73447867   -0.56883115    5.71500829
H                  3.09490719   -0.15890387    6.65398055
C                  1.79714119    0.15029169    4.97172744
H                  1.42418236    1.10597080    5.32167890
C                 -0.69388963    2.18528791    3.83545881
H                 -1.28293831    1.55272075    4.49031540
C                 -0.86229838    3.56904088    3.81180753
H                 -1.59089698    4.03421098    4.46814412
C                 -0.10311483    4.34581379    2.93686326
H                 -0.22616729    5.42410157    2.91626479
C                  0.79961322    3.73761274    2.06447095
H                  1.35619229    4.35109971    1.36541316
C                  0.97971014    2.34313773    2.05570655
C                  0.23289490    1.59331079    2.98141733
C                  1.37864213   -0.76246012   -2.14442120
H                  0.96213002   -1.48004231   -2.85247685
C                 -0.03886241   -0.51160337   -2.10765504
C                 -0.44754191    0.83618351   -2.73631662
H                  0.02362636    1.67859177   -2.22561726
H                 -1.53354705    0.96461085   -2.69178217
H                 -0.14973312    0.87004991   -3.79029998
C                  2.77447034   -0.51590911   -0.80487863
C                 -0.34616951   -3.11246471    2.03421138
C                 -0.54241847   -3.68401515    3.30203036
H                  0.18983788   -3.53113832    4.08789367
C                 -1.68198113   -4.44377336    3.56493139
H                 -1.82467052   -4.87343702    4.55230848
C                 -2.63620137   -4.64786712    2.56598343
H                 -3.52659173   -5.23385334    2.77430850
C                 -2.44779059   -4.08776761    1.30230609
H                 -3.18932540   -4.22875620    0.52223321
C                 -1.31181680   -3.32053456    1.03760206
H                 -1.19025712   -2.87280585    0.05872819
C                  2.38912976   -3.42317065    1.09863313
C                  3.73059766   -3.04639781    0.90530215
H                  4.04905726   -2.03723838    1.14778848
C                  4.66489181   -3.96338357    0.42635753
H                  5.69793558   -3.65761759    0.28830300
C                  4.27280197   -5.26875862    0.11920909
H                  4.99937542   -5.98154352   -0.25951866
C                  2.94391331   -5.65114746    0.30251295
H                  2.63119146   -6.66501487    0.06979130
C                  2.00684572   -4.73715094    0.79076648
H                  0.97772999   -5.04929329    0.93090039
C                  3.76891569    1.56333852    1.62672446
C                  4.66173112    0.51474898    1.34569495
H                  4.35585241   -0.29515350    0.68842979
C                  5.94723507    0.50861716    1.88791118
H                  6.62825537   -0.30424342    1.65299686
C                  6.35253563    1.54322632    2.73356314
H                  7.34985835    1.53631767    3.16325124
C                  5.47096471    2.58529488    3.02517278
H                  5.78101902    3.39278244    3.68228112
C                  4.18929454    2.60049434    2.47172764
H                  3.51601999    3.41967435    2.70194605
C                  2.21827601    2.78598878   -0.49804950
C                  1.05541152    3.07892968   -1.23482468
H                  0.11757347    2.58927256   -0.98979819
C                  1.09684226    3.99145635   -2.28663644
H                  0.18928033    4.20978257   -2.84158017
C                  2.30096991    4.61425505   -2.62953819
H                  2.33295465    5.32179574   -3.45294351
C                  3.45982130    4.32042514   -1.91288098
H                  4.39938890    4.79928974   -2.17355928
C                  3.42095748    3.41152131   -0.85077217
H                  4.32986946    3.19946200   -0.29807759
Al                 5.79122344   -1.11612417   -1.41939345
C                  6.52473032    0.56526091   -2.17011274
H                  6.36232112    1.40252186   -1.47881531
H                  7.60713387    0.50121377   -2.33633194
H                  6.06664061    0.83622538   -3.13049798
C                  5.74923607   -2.76838436   -2.51537323
H                  5.14665418   -3.55249193   -2.03816532
H                  5.32507813   -2.59379731   -3.51319471
H                  6.75257448   -3.18759256   -2.66103010
H                  1.40702308    0.22604465   -2.62511667
H                 -0.49345377   -0.50347968   -0.50073852
C                 -0.82231466   -1.64919695   -2.77005774
C                 -1.97201923   -2.16431278   -2.15098043
C                 -0.45267625   -2.16912609   -4.01815767
C                 -2.73283607   -3.16209520   -2.76064809
H                 -2.26858197   -1.77664268   -1.17897325
C                 -1.21052666   -3.16959232   -4.63035602
H                  0.43413997   -1.78874082   -4.51833850
C                 -2.35374932   -3.66920502   -4.00553812
H                 -3.62041438   -3.54569896   -2.26402976
H                 -0.90592327   -3.55783127   -5.59868427
H                 -2.94320454   -4.44730624   -4.48263830

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-20 20:53:52 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-20 19:43
sob老师,刚才看了您关于DFT-D使用方法的那篇文章,受益匪浅。
您提到D3(BJ)计算弱作用最适合,那么在D3 ...

优化用了D3(BJ)显然振动分析也得加,否则根本不是同一个计算级别
优化用哪种阻尼计算频率时就必须用哪种阻尼,否则也不算是同一个级别
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