简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

lastzealot · 发表于 Post on 2016-2-12 23:21:47

请问sob老师，对于多齿络合、并且几个络合位点处配位方式不同的时候，比如某个三齿配体有两个羰基和一个醚氧的情况，如何来分别计算羰基和醚氧对络合能的贡献值呢？
谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-12 23:33:31

lastzealot 发表于 2016-2-12 23:21
请问sob老师，对于多齿络合、并且几个络合位点处配位方式不同的时候，比如某个三齿配体有两个羰基和一个醚 ...

只能根据实际体系来考虑怎么设计计算方案来分别去计算出来
原理上没法严格分离，彼此间会有耦合效果

lastzealot · 发表于 Post on 2016-2-13 07:30:38

sob老师，昨晚第一次试着计算紫外、荧光和磷光光谱，结果都无一例外的失败了。
其中，紫外吸收计算的输入文件如下
%chk=UVVis.chk
%mem=1GB
%nprocshared=4
#p b3lyp/tzvp td(nstates=10,singlet,root=1) density out=wfn

Title Card Required

0 1
C                0.28192300 -1.11203000 -0.00009400
C                1.06577700 0.04785800 -0.00001100
C                0.43818800 1.29454900 0.00001000
C                -0.94449200 1.37699400 -0.00004500
C                -1.74314500 0.22414100 -0.00009500
C                -1.09875200 -1.02255100 -0.00013200
H                0.76241400 -2.08054200 -0.00011600
H                1.04830400 2.18818600 0.00005800
H                -1.42131000 2.35022600 -0.00002300
H                -1.68287100 -1.93360900 -0.00024900
C                2.54784200 0.00508200 0.00003900
O                3.27077100 0.97402600 0.00011300
O                3.04431500 -1.26006200 0.00000400
H                4.01007800 -1.17795700 0.00006000
C                -3.20411800 0.37428200 -0.00010300
H                -3.55168800 1.40368100 -0.00032600
C                -4.11835200 -0.59679500 0.00023800
H                -3.86010800 -1.64869200 0.00057200
H                -5.17473300 -0.36218700 0.00024700

./UVVis.wfn

输出文件末尾
Blank file name read.
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l9999.exe at Fri Feb 12 23:24:10 2016.
Job cpu time:    0 days  1 hours 13 minutes 47.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 289 Int=    0 D2E=    0 Chk=    26 Scr=    2

计算荧光光谱的输入文件
%chk=Fluo.chk
%mem=1GB
%nprocshared=4
#p opt td b3lyp/tzvp out=wfn density

fluocence spectrum

0 1
C                0.26367500 -1.12238000 0.00000800
C                1.06708300 0.03666100 -0.00001200
C                0.43276900 1.33417200 -0.00003800
C                -0.93086900 1.43780300 -0.00003300
C                -1.76190500 0.28215900 -0.00000100
C                -1.10596600 -1.02134200 0.00001300
H                0.74015300 -2.09269800 0.00001900
H                1.06979700 2.20747000 -0.00006000
H                -1.40071000 2.41473400 -0.00005000
H                -1.70941500 -1.91862400 0.00002200
C                2.52377500 -0.01503300 -0.00001600
O                3.25425500 0.96686700 -0.00005300
O                3.03131600 -1.28825800 0.00002200
H                3.99487000 -1.19155700 0.00001000
C                -3.17351000 0.38908400 0.00002500
H                -3.58306200 1.39494900 0.00000500
C                -4.06744000 -0.66506400 0.00007300
H                -3.74860800 -1.69877900 0.00010900
H                -5.13326500 -0.48073000 0.00008100

./Fluo.wfn

输出文件末尾l9999，后来我在里面加入了opt=(calcfc, maxstep=5) int=ultrafine，结果不能计算，不知道为什么。

磷光计算输入文件
%chk=phos.chk
%mem=1GB
%nprocshared=4
#p opt b3lyp/tzvp td(triplet) out=wfn

phosphoroscence spectrum

0 3
C                0.28192300 -1.11203000 -0.00009400
C                1.06577700 0.04785800 -0.00001100
C                0.43818800 1.29454900 0.00001000
C                -0.94449200 1.37699400 -0.00004500
C                -1.74314500 0.22414100 -0.00009500
C                -1.09875200 -1.02255100 -0.00013200
H                0.76241400 -2.08054200 -0.00011600
H                1.04830400 2.18818600 0.00005800
H                -1.42131000 2.35022600 -0.00002300
H                -1.68287100 -1.93360900 -0.00024900
C                2.54784200 0.00508200 0.00003900
O                3.27077100 0.97402600 0.00011300
O                3.04431500 -1.26006200 0.00000400
H                4.01007800 -1.17795700 0.00006000
C                -3.20411800 0.37428200 -0.00010300
H                -3.55168800 1.40368100 -0.00032600
C                -4.11835200 -0.59679500 0.00023800
H                -3.86010800 -1.64869200 0.00057200
H                -5.17473300 -0.36218700 0.00024700

./phos.wfn

输出文件末尾
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -498.211013068    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.36D-05    -V/T= 2.0066
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 1.0000 <S**2>= 2.0282 S= 1.0094
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 4.949324901215D+02 PE=-2.212016372185D+03 EE= 6.933344740056D+02
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    2.0282, after    2.0003
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l502.exe at Sat Feb 13 04:15:47 2016.
Job cpu time:    0 days 20 hours  0 minutes 45.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 222 Int=    0 D2E=    0 Chk=    18 Scr=    2

我不清楚激发态计算出现结构优化过程中的问题，如l9999、l502等问题，能否用以前的那些calcfc、int=ultrafine、调节步长等方法里处理呢？

我遇到的这几个问题应该如何来搞定呢？

谢谢老师。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-2-13 09:09:55

lastzealot 发表于 2016-2-13 07:30
sob老师，昨晚第一次试着计算紫外、荧光和磷光光谱，结果都无一例外的失败了。
其中，紫外吸收计算的输入 ...

http://sobereva.com/61
<解决SCF不收敛问题的方法>

lastzealot · 发表于 Post on 2016-2-13 11:14:16

liyuanhe211 发表于 2016-2-13 09:09
http://sobereva.com/61

在激发态的优化计算中也可以用这些方法吗？

lastzealot · 发表于 Post on 2016-2-13 11:18:57

lastzealot 发表于 2016-2-13 11:14
在激发态的优化计算中也可以用这些方法吗？

------------------------------------------------------------------
#p opt(calcfc,maxstep=3,notrust) td b3lyp/6-31G(d,p) int=ultrafine
------------------------------------------------------------------
No analytic 2nd derivatives for this method.
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l1.exe at Sat Feb 13 11:21:39 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.1 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 17 Int= 0 D2E= 0 Chk= 2 Scr= 2

在sob老师关于不收敛或l9999问题的文章中，提到calcfc maxstep int=ultrafine都很有效，以前的计算中也的确是这样。但现在是TDDFT计算，每次都会出现上面的这个结果，不知道因为啥。

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-13 11:35:19

lastzealot 发表于 2016-2-13 11:18
------------------------------------------------------------------
#p opt(calcfc,maxstep=3,notr ...

因为TDDFT在g09里不支持二阶解析导数

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-13 11:37:05

lastzealot 发表于 2016-2-13 07:30
sob老师，昨晚第一次试着计算紫外、荧光和磷光光谱，结果都无一例外的失败了。
其中，紫外吸收计算的输入 ...

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.那个用http://sobereva.com/61。这是基态DFT的SCF不收敛，当然管用。

Blank file name read.那个报错大抵是输入文件末尾没留空行，或者尝试wfn文件输出路径

lastzealot · 发表于 Post on 2016-2-13 12:20:01

sobereva 发表于 2016-2-13 11:37
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.那个用http://sobereva.com/61。这是基态DFT的SCF不收敛，当 ...

谢谢老师，我再弄弄。

lastzealot · 发表于 Post on 2016-2-13 16:05:07

sobereva 发表于 2016-2-13 11:37
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.那个用http://sobereva.com/61。这是基态DFT的SCF不收敛，当 ...

的确是wfn输出的问题，不写out=wfn和路径就可以计算成功，写了out=wfn和最后面的./Fluo.wfn就l9999错误。以前得到wfn文件也没有问题啊，不知道今天这是怎么了。
sob老师，这是.gjf文件
%chk=Fluo.chk
%mem=1GB
%nprocshared=2
#p opt(maxstep=3,notrust,maxcycles=200) td b3lyp/6-31G(d,p) int=ultrafine out=wfn

fluocence spectrum

0 1
C                0.26367500 -1.12238000 0.00000800
C                1.06708300 0.03666100 -0.00001200
C                0.43276900 1.33417200 -0.00003800
C                -0.93086900 1.43780300 -0.00003300
C                -1.76190500 0.28215900 -0.00000100
C                -1.10596600 -1.02134200 0.00001300
H                0.74015300 -2.09269800 0.00001900
H                1.06979700 2.20747000 -0.00006000
H                -1.40071000 2.41473400 -0.00005000
H                -1.70941500 -1.91862400 0.00002200
C                2.52377500 -0.01503300 -0.00001600
O                3.25425500 0.96686700 -0.00005300
O                3.03131600 -1.28825800 0.00002200
H                3.99487000 -1.19155700 0.00001000
C                -3.17351000 0.38908400 0.00002500
H                -3.58306200 1.39494900 0.00000500
C                -4.06744000 -0.66506400 0.00007300
H                -3.74860800 -1.69877900 0.00010900
H                -5.13326500 -0.48073000 0.00008100

./Fluo.wfn

后面有空行。这是在linux服务器下算的，所以路径中我就写了./作为当前目录。
请问这么写对吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-13 17:09:39

lastzealot 发表于 2016-2-13 16:05
的确是wfn输出的问题，不写out=wfn和路径就可以计算成功，写了out=wfn和最后面的./Fluo.wfn就l9999错误。 ...

分子坐标后面只能空一行，别空三行

dy19930508 · 发表于 Post on 2016-2-14 11:01:49

Sob老师，您好！我计算一个小分子 C4H5N 的能量，使用基组ccsd(t) def2tzvpp是否合适？为了减少耗时，还可以使用什么基组呢？谢谢Sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-14 12:03:46

dy19930508 发表于 2016-2-14 11:01
Sob老师，您好！我计算一个小分子 C4H5N 的能量，使用基组ccsd(t) def2tzvpp是否合适？为了减少耗时，还可 ...

合适。
基组建议用cc-pVTZ。def2-TZVPP大小和它相仿佛，但大多数人习惯使用dunning相关一致性基组结合后HF计算。
你若想通过降低基组减少耗时，一定会使精度有明显下降。cc-pVTZ对于CCSD(T)这样高级别后HF方法来说是底限，就像6-31G*对于普通的DFT泛函一样。

dy19930508 · 发表于 Post on 2016-2-14 12:13:21

sobereva 发表于 2016-2-14 12:03
合适。
基组建议用cc-pVTZ。def2-TZVPP大小和它相仿佛，但大多数人习惯使用dunning相关一致性基组结合后 ...

十分感谢Sob老师！

lastzealot · 发表于 Post on 2016-2-14 13:57:15

sob老师，想请教您几个问题。
在紫外光谱计算时，会出现下面的文字
Excited State 1:    Singlet-A    4.6344 eV  267.53 nm  f=0.5454  <S**2>=0.000
   38 -> 40       0.11234
   39 -> 40       0.68902
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -498.067925342
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.
有几个问题想问一下
1. 38 -> 40中的38、40号轨道对应的分子轨道成分怎么来看呢？和multiwfn中看到的轨道顺序是否一致？
2. 为啥S0--S1是由多个跃迁方法得到的呢？能量与跃迁方式不应该是一对一的吗？
3. 38 -> 40 和 39 -> 40 后面的那个数字0.11234、0.68902具体指什么呢？

谢谢sob老师，麻烦您了。

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