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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-5 21:12:36 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2016-2-5 21:08
不好意思,sob老师,我想问下如何去看一个震动是发生在哪两个原子之间的。比如一个四原子的体系,1与2号原 ...

本来振动模式往往就有很强离域性,牵扯到很多原子,此时就注定没法归属到是哪两个原子的振动,而只能用我回复你的方法去计算不同键对振动模式贡献的比例。如果非要说是属于哪个键的振动,那就看哪个键对这个振动模式贡献最大了。
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发表于 Post on 2016-2-5 21:31:25 | 只看该作者 Only view this author
多谢sob老师,我最后问一下,就是我们在gauss view里选择了show displacement vectors时,一个四原子体系,在我们选定了一个具体的频率时,它的确是像老师说的,四个原子都震动,但是,会出现1和2是箭头背对着伸缩震动的情况,可能3和4就是箭头面对着伸缩震动,sob老师,同一频率但有两种情况代表不同的意义么?麻烦了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-5 22:01:22 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2016-2-5 21:31
多谢sob老师,我最后问一下,就是我们在gauss view里选择了show displacement vectors时,一个四原子体系, ...

就是体现了振动时候原子的相对运动方式。你一看振动的动画就明白了
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发表于 Post on 2016-2-6 09:24:15 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-2-7 22:43:05 | 只看该作者 Only view this author
sob老师新年好
用gv观看NBO时,发现右侧有两排,是不是自旋方向相反的意思啊?那在选择轨道的时候应该怎么选择啊?我只想选择其中的第42条(比如)轨道,我应该选择哪个呢?

无标题.png (17.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

无标题.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-7 23:09:46 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-7 22:43
sob老师新年好
用gv观看NBO时,发现右侧有两排,是不是自旋方向相反的意思啊?那在选择轨道的时候应该怎么 ...

开壳层时候alpha轨道和beta轨道不匹配,你没法说42号轨道,而必须说是alpha还是beta的42号轨道。
开壳层体系NBO分析的时候也是对alpha和beta密度单独分析、单独输出的。
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发表于 Post on 2016-2-7 23:27:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-2-7 23:47 编辑
sobereva 发表于 2016-2-7 23:09
开壳层时候alpha轨道和beta轨道不匹配,你没法说42号轨道,而必须说是alpha还是beta的42号轨道。
开壳层 ...

谢谢sob老师,但是我在用multiwfn观看NBO轨道时出现问题了。附件是计算的.fch文件和.out文件。
我想看到这个结构中Cu与配体N之间是如何成键的。在.out文件中已经给出:
Natural Bond Orbitals (Summary):

                                                            Principal Delocalizations
           NBO                        Occupancy    Energy   (geminal,vicinal,remote)
====================================================================================
Molecular unit  1  (H18N6Cu)
     1. BD (   1)Cu   1 - N   2          0.93385    -0.74312  133(g),131(g),135(g),136(g)
                                                    132(g),134(g)
     2. BD (   1)Cu   1 - N   5          0.93382    -0.74314  134(g),132(g),136(g),133(g)
                                                    131(g),135(g)
     3. BD (   1)Cu   1 - N   8          0.93393    -0.74315  131(g),133(g),132(g),134(g)
                                                    136(g),135(g)
     4. BD (   1)Cu   1 - N  11          0.93392    -0.74323  132(g),134(g),135(g),133(g)
                                                    131(g),136(g)
     5. BD (   1)Cu   1 - N  14          0.93357    -0.74232  136(g),135(g),134(g),131(g)
                                                    133(g),132(g)
     6. BD (   1)Cu   1 - N  17          0.93338    -0.74225  135(g),136(g),132(g),131(g)
                                                    133(g),134(g)

从中可以清楚看到Cu-N形成了六个成键轨道,去轨道序号为1~6。其中第一个轨道能量-0.74312a.u.
在末尾写道:
Reordering of NBOs for storage:    30   34   32   33   29   31   25   28   27   26
Reordering of NBOs for storage:    18   10   12   17    9   15    7   14   16   11
Reordering of NBOs for storage:    13    8   24   21   23   19   20   22    4    3
Reordering of NBOs for storage:     2    1    5    6   35   36   37  133  135  131

就是说第一个轨道被排到了32位,那么我就在multiwfn的图形界面找到了第32个轨道,能量-0.754572a.u.,其NBO轨道图如图所示。可见这根本不是Cu-N成键轨道,而且能量也不一样。
请问这是怎么回事?我哪里搞错了呢?
谢谢老师。

DISLIN.PNG (214.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

轨道32

轨道32

新建文件夹.zip

508 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

.fch和.out文件

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发表于 Post on 2016-2-7 23:51:30 | 只看该作者 Only view this author
如果我把.fch文件导入gview,找到MO beta中的第32个轨道,如图所示
可见这个轨道应该是Cu-N相互作用的轨道
而MO alpha中的第32个轨道却同multiwfn中找到的那个第32个轨道相同,如图所示,这个应该不是Cu-N成键轨道。

alpha-32.png (315.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

alpha-32

alpha-32

beta-32.png (374.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

beta-32

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-8 13:59:43 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-7 23:27
谢谢sob老师,但是我在用multiwfn观看NBO轨道时出现问题了。附件是计算的.fch文件和.out文件。
我想看到 ...

你没弄对。
这部分输出的是对beta密度矩阵分析得到的beta NBO。将fch载入Multiwfn后屏幕直接提示
Orbitals from      1 to   154 are alpha, from     1 to    40 are occupied
Orbitals from    155 to   308 are beta,  from   155 to   191 are occupied
显然从155号开始才是beta NBO。
比如你要看beta NBO4,从reordering那一堆信息中可以数出4号在29的位置,所以在Multiwfn里应当看154+29=183号轨道:


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发表于 Post on 2016-2-8 16:54:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-2-8 17:37 编辑
sobereva 发表于 2016-2-8 13:59
你没弄对。
这部分输出的是对beta密度矩阵分析得到的beta NBO。将fch载入Multiwfn后屏幕直接提示
Orbit ...

太感谢sob老师了,大过年的麻烦您了!

ps:从您发过来的这个图中是不是可以看出在beta NBO4轨道中Cu-N有很强的相互作用呢?这个图中的绿色大大的电子云是不是能说明是sigma键、而且轨道重叠很严重呢?我的意思是从输出文件中可以看到轨道的成分和各自的参与比分比,那么从轨道图中可以看出什么信息来呢?

另外,alpha-41和beta-41是不是同一个轨道中的电子?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-8 18:56:08 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-8 16:54
太感谢sob老师了,大过年的麻烦您了!

ps:从您发过来的这个图中是不是可以看出在beta NBO4轨道中Cu-N ...

alpha和beta不匹配,没法说是同一个轨道
绿色不是电子云,是轨道波函数
从你的输出文件中可以看出对alpha密度进行分析都没发现有Cu-N的BD,仅beta才有,这没法说有多强之类的。NBO的任意性很大。
如果不想alpha和beta单独输出,就用比NBO 3.1更新的版本,输入文件.47里面$NBO当中写MSPNBO,这会对总密度矩阵进行分析,到时候看看Cu和N之间还有没有BD,以及占据数是多少。
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发表于 Post on 2016-2-8 23:28:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-2-8 23:29 编辑
sobereva 发表于 2016-2-8 18:56
alpha和beta不匹配,没法说是同一个轨道
绿色不是电子云,是轨道波函数
从你的输出文件中可以看出对alp ...

谢谢sob老师
轨道波函数的重叠难道说明不了有相互作用吗?比如这个图里面绿色的部分同时包含了Cu和N两个原子的轨道啊。

DISLIN_1.PNG (179.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-9 10:04:07 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-8 23:28
谢谢sob老师
轨道波函数的重叠难道说明不了有相互作用吗?比如这个图里面绿色的部分同时包含了Cu和N两个 ...


这光是beta的,占据数顶多才1.0
较强的相互作用应当alpha和beta都能搜出来BD

有没有相互作用和有没有轨道波函数重叠、有没有BD没有必然关系,语义应当严谨。
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发表于 Post on 2016-2-9 16:26:23 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-9 10:04
这光是beta的,占据数顶多才1.0
较强的相互作用应当alpha和beta都能搜出来BD


谢谢老师,受益匪浅。
从电子云密度是不是可以看出来呢?怎么看电子云密度呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-9 17:20:49 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-9 16:26
谢谢老师,受益匪浅。
从电子云密度是不是可以看出来呢?怎么看电子云密度呢?


Multiwfn可以计算和绘制电子密度
哪怕距离很远,照样有相互作用,但那就是范德华或者静电相互作用了。应当说的是是否有共价相互作用。这可以考察能量密度等性质,Multiwfn可以对之绘图,也可以计算它在键临界点上的值
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