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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-9-10 17:36:53 | 只看该作者 Only view this author
echo@dai 发表于 2018-9-10 13:20
想要做一个U@Au7的计算,但是总是报错,各位老师帮忙看看是什么问题,
报错信息:Ernie: Thresh=  0.10000 ...

2 12.80408844 -60.12998958

Au 0
LANL2DZ

删掉赝势部分Au 0前面的空行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-10 18:45:43 | 只看该作者 Only view this author
echo@dai 发表于 2018-9-10 13:20
想要做一个U@Au7的计算,但是总是报错,各位老师帮忙看看是什么问题,
报错信息:Ernie: Thresh=  0.10000 ...

除了格式不对以外,你这基组搭配也太诡异了,U的基组质量那么高,Au才用那么烂的基组。全都用SDD多好。要更好的精度可以用def2-TZVP
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-10 18:50:32 | 只看该作者 Only view this author
zhanfei 发表于 2018-9-10 17:23
请教老师关于溶解自由能的计算。
我想重复一个文献中使用PCM隐式溶剂模型计算的溶解自由能。
使用HF/6-31 ...

你的输入文件本身没问题。并没有对溶解自由能专门适合的基组,用SDD就完全可以。

你算的结果我认为比较正常,文献里那么大正值反倒有点不太可信。要么作者数据有误,要么一些计算细节没交代清楚,问作者应该是最有效的做法。

另外,算溶解自由能应当考虑非极性部分,否则定量很难达到准确。
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发表于 Post on 2018-9-10 19:32:29 | 只看该作者 Only view this author
robustljb 发表于 2018-9-10 17:36
2 12.80408844 -60.12998958

Au 0

好的,按照您的方法格式问题已经解决,非常感谢。

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发表于 Post on 2018-9-10 19:36:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-10 18:45
除了格式不对以外,你这基组搭配也太诡异了,U的基组质量那么高,Au才用那么烂的基组。全都用SDD多好。要 ...

好的,非常感谢。刚刚发现不能收敛,选的方法应该也不合适,我再尝试一下其他方法和SDD

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发表于 Post on 2018-9-11 09:38:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好
一个配合物上端的配位基团水分子离去,结合了另外一个配位基团形成新的配合物。
请问这样的一个过程,如何找到过渡态,是新的配位基团直接进攻中心离子吗?
到底如何说明这两个配合物之间的转化呢?

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发表于 Post on 2018-9-11 09:39:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-12-8 09:55 编辑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 10:02:41 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-11 09:39
老师,我们热动界的一个做碳基脱汞的大牛,文章里对hg全部几乎都是选用的RCEP60VDZ基组,发到CEJ好几篇。老 ...

他若是有点基组常识,就不可能怼你,要是敢怼你,你就用SDD的作者Dolg的一大批文章怼他
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 10:14:17 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2018-9-11 09:38
sob老师,你好
一个配合物上端的配位基团水分子离去,结合了另外一个配位基团形成新的配合物。
请问这样 ...

这几句话说不明白,得看机理和具体结构
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发表于 Post on 2018-9-11 10:16:29 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob,绘制势能面的时候用电子能量作能垒还是U(O)能垒更好呢,想用配分函数形式的TST理论计算反应速率常数。
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2018-9-11 10:36:33 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,在量化层面,如果不做光谱、色谱等,只表征电子结构,能否说明两个手性分子的差异。如果要看量化计算手性分子差异的书籍,有没有推荐的书籍。谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2018-9-11 11:29:10 | 只看该作者 Only view this author

用CCSD方法算单点能出现l913.exe错误,不知如何解决

用CCSD方法计算优化好的结构的单点能,在相同尺寸下,基态没有报错,亚稳态却报错了,也在网上查了解决方法,怀疑是磁盘不够,但尝试用加%rwf=1.rwf,2000mb,2.rwf,2000mb,3.rwf,2000mb关键词的方法,没能解决问题,请各位老师指教一下,谢谢啦!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 11:48:23 | 只看该作者 Only view this author
qq1748678958 发表于 2018-9-11 11:29
用CCSD方法计算优化好的结构的单点能,在相同尺寸下,基态没有报错,亚稳态却报错了,也在网上查了解决方法,怀 ...

这种老生常谈的问题用论坛首页google框100%能搜到正确解决办法。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 11:51:58 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-9-11 10:16
请问Sob,绘制势能面的时候用电子能量作能垒还是U(O)能垒更好呢,想用配分函数形式的TST理论计算反应速率常 ...

对于绘图,要么图省事用电子能垒,要么求化学意义用G,用U(0)什么都不是,除非你要研究0K下的反应
绘制反应路径图和基于配分函数算TST完全是两码事,别放在一起说。基于配分函数通过TST算k该用什么在此表格里的注释中明确说明了
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 11:54:02 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2018-9-11 10:36
请问sob老师,在量化层面,如果不做光谱、色谱等,只表征电子结构,能否说明两个手性分子的差异。如果要看 ...

从电子结构、能量等方面上,对映异构体都是体现不出差异的
一般都是通过VCD、ECD、光学旋转等来考察
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