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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-13 04:08:10 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-9-12 23:19
sob老师您好,咨询您一下反应路径的问题。下面这个图开始是吸附CO,然后吸附O2或者N2O。图上可以看到是优先 ...

黑线容易进行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2018-9-13 08:36:53 | 只看该作者 Only view this author

请问下sob老师,有什么参考文献吗,我开始也觉得黑线容易进行,但是我老师说吸附位点可能被O2占上,导致N2O吸附不上,黑线进行不下去。然后我自己也不是很确定了,还没找到类似的文献。

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发表于 Post on 2018-9-13 09:02:07 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian优化出错,提示Bend failed for angle和Tors failed for dihedral

本帖最后由 斗转心遗 于 2018-9-13 09:02 编辑

Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle     7 -     6 -    15
Tors failed for dihedral    15 -     6 -     7 -     5
Tors failed for dihedral    15 -     6 -     7 -     8
Tors failed for dihedral    15 -     6 -     7 -    12
Tors failed for dihedral    15 -     6 -     7 -    18
Tors failed for dihedral    15 -     6 -     7 -    25
Tors failed for dihedral     7 -     6 -    15 -     9
Tors failed for dihedral     7 -     6 -    15 -    10
Tors failed for dihedral     7 -     6 -    15 -    33
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /opt/software/g09/l103.exe at Thu Sep 13 02:46:51 2018.

输入文件
%lindaworker=cu13
%chk=Li8O8-1.chk
# opt=(GEDIIS,maxcycle=500)  b3lyp/3-21g

Li8O8 opt

0 1
Li     9.535128406         6.748776596         5.525459717
Li    12.819176725         6.955452344         6.079042964
Li    12.094876930         6.943304845         8.804060492
Li    12.131776801         8.838970939         7.077472576
Li     9.755731244         7.013622569         7.946580895
Li    11.785993343         9.413830535         9.378228618
Li     8.933826407         8.863437259         9.495921658
Li     6.356620032         8.841366379        10.713396166
Li    13.297084803        10.761326961         5.706792752
Li    14.838329013         8.187635229         7.047616845
Li    10.213601933        10.040700435         6.976435413
Li     7.476497891        10.648407839         8.028132737
Li     7.960752827        10.612479306         5.483348216
Li     5.000070283        10.459526056         5.952864404
Li    13.825579735        10.228897952         7.977064142
Li    10.805976944        12.108824408         7.735078371
Li     7.226137244         5.000076172         6.915310166
Li     6.858928188         8.087719193         7.196737216
O     11.054551484         6.432091129         6.709150429
O     11.045426434         7.794472627         5.819457699
O     13.414329336         8.398417081         8.541647189
O     13.772808876         6.939883007         7.936366427
O     10.386592398         8.665145039         8.269647871
O     10.594697218         7.768466965         9.671754558
O      7.356872473         9.880389546         9.824489236
O      7.150751231         8.405773701         9.208994942
O     13.627592050         8.933241529         5.649438691
O     14.760761951         9.828549542         6.344285242
O      9.114157588        11.374680832         7.690609469
O      9.386737264        11.563905257         6.142367796
O      6.420301457        10.075089116         5.000003721
O      6.497671048         9.839157189         6.590985816
O     12.044686199        10.769881811         7.150225608
O     12.319051391        11.167150516         8.711194624
O      8.236506819         6.526532021         6.763832862
O      6.703792290         6.484786210         6.235391481


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-13 09:17:25 | 只看该作者 Only view this author
斗转心遗 发表于 2018-9-13 09:02
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle     7 -     6 -    15

Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-13 09:22:12 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-9-13 08:36
请问下sob老师,有什么参考文献吗,我开始也觉得黑线容易进行,但是我老师说吸附位点可能被O2占上,导致N ...

如果存在竞争关系,那就另说了。我说的是没有竞争关系的情况
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发表于 Post on 2018-9-13 09:46:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-13 09:22
如果存在竞争关系,那就另说了。我说的是没有竞争关系的情况

sob老师,我说的就是有O2和N2O竞争关系的前提下,比较两条路径哪个优,我认为黑色路径是一个类ER的反应,应该是合理的啊。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-13 09:50:04 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-9-13 09:46
sob老师,我说的就是有O2和N2O竞争关系的前提下,比较两条路径哪个优,我认为黑色路径是一个类ER的反应, ...

那就是看反应复合物哪个结合更稳定了,你的图上已经体现了
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发表于 Post on 2018-9-13 14:24:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-13 09:17
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

谢谢!

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发表于 Post on 2018-9-13 15:38:23 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  我现在想下Feo+与CH4体系的SOC系数  看了下你那篇Gaussian结合pysoc结合的文章   但其对基态的要求是闭壳层单重态,而我要算的体系基态是六重态并且是开壳层的  老师有什么推荐的算我这个体系soc系数的方法吗

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发表于 Post on 2018-9-13 18:09:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 she 于 2018-9-14 09:32 编辑

sob老师,您好。请问:1.想计算离子液体中阴阳离子的相互作用能,是用这个分子体系总能量减去阴阳离子的能量吗?
2.阴阳离子的能量应该用分别优化阴阳离子之后的能量,还是用总的分子优化后将这两部分离子直接拿出来计算单点?
3.基组以及方法的选择上,用的是B3lyp/def2tzvp优化的整体体系,B3lyp/aug-cc-pvtz做的单点计算。或许我应该选择M06-2X-D3,再加上D3矫正,基组还用def2tzvp?
非常感谢老师指点回答。

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发表于 Post on 2018-9-13 19:11:04 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如果复合物结构中存在O-H...O氢键,这种结构用RDG图还是静点势分布图显示更为直观呢?
还可以通过AIM拓扑分析得到 V(r) 后,计算氢键的键能吧?对于这种复合物结构应该怎么分析
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2018-9-13 21:56:57 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,一般的氢抽提的反应前期、后期复合物在几何优化的时候要不要考虑加上弥散函数,还是一般的3-zeta基组就够了呢?分子体系不大的时候。看到很多文献都在几何优化的时候加了弥散函数,感觉没有太大必要吧。
自己决定自己的DNA

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-14 05:40:47 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-9-13 10:14
您说的是粉色的路径比较合理吧。我还有个问题,下面这个图是LH机理和ER机理(自己杜撰的),那我们看是哪个 ...

我对你这个体系不熟悉,先把中间体和过渡态找出来再说。中间体之间应当有过渡态相隔,你的图表述得不清楚
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-14 05:41:40 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-9-13 19:11
请问老师,如果复合物结构中存在O-H...O氢键,这种结构用RDG图还是静点势分布图显示更为直观呢?
还可以通 ...

分子内的氢键作用用RDG或IGM展现
可以用AIM的临界点的V估算氢键键能
我不知道你具体说的什么复合物
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-14 05:43:20 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-9-13 21:56
请问Sob老师,一般的氢抽提的反应前期、后期复合物在几何优化的时候要不要考虑加上弥散函数,还是一般的3-z ...

优化不用加弥散,只要用到3-zeta便可
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