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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-9-17 20:43:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2018-9-18 08:48 编辑

老师,读到一篇文献,作者通过做H原子与C原子的键长扫描得到的H 的解离能 和实验值作对比说明B3LYP泛函在其体系下的自旋污染较小。有几个疑问:1)自旋污染为什么可以通过这种方法检测强弱,它和H原子的解离有怎样的关系,或者说H 的解离能应该和很多因素相关吧,相符就说明自旋污染小合适吗?  2) 自旋污染会对吸附和反应的结果产生怎样的影响,是一定有消极影响吗?在我们的计算中何时可以忽略掉它?3)如何在输出的文件中判断该计算任务中的自旋污染程度?    希望老师能解惑

自旋污染.jpg (72.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

自旋污染.jpg

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发表于 Post on 2018-9-17 21:34:42 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,荧光分子的三重态能量都很低吗

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发表于 Post on 2018-9-18 15:31:10 | 只看该作者 Only view this author
molclus 运行后,isomers.xyz文件是空的,是什么原因呢?没有报错信息。高斯是g09-d01版本
以下是设置:sys= 1  // =1: Windows  =2: Linux/MacOS
iprog= 1  // =1: Gaussian  =2: MOPAC2012/2016  =3: ORCA  =4: xtb  =5: Open Babel
ngeom= 0  // =0: Process all geometries in traj.xyz  =n: Only consider the first n geometries  =n,m: Process from the nth to mth geometries
ieneonly= 0  //  =1: Only evaluate single point energy from each geometry  =0: Perform optimization (frequency analysis keyword can also be presented together)
distmax= 999  // If the distance between any two atoms is larger than this (Angstrom), the geometry will be skipped
ipause= 0  // =1: Pause if optimization didn't converge (For Gaussian and ORCA)  =2: Always pause after each cycle  =0: Don't pause
ibkout= 0  // =0: Don't backup =1: Backup all output files =2: Only backup successful output files =3: Only backup failed output files
--- Below for Gaussian ---
gaussian_path= "C:\G09\g09"
igaucontinue= 1  // =1: If optimization failed due to exceeded the number of steps, continue to optimize the last geometry using template2.gjf  =0: Don't continue
energyterm= HF=  // The keyword for extracting energy term from archive part of gau.out, e.g. "HF=", "MP2="
ibkchk= 0  // The same as ibkout, but for .chk file


%nprocs=1
%mem=4GB
# bp86/6-31G* opt(cartesian,maxcyc=50) nosymm

Template file

0 1
[GEOMETRY]


%nprocs=1
%mem=4GB
# bp86/6-31G* opt(cartesian,maxstep=5,notrust,maxcyc=50,gdiis) nosymm

Template file

0 1
[GEOMETRY]

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7624#
发表于 Post on 2018-9-18 16:57:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,问题1:之前在网页上计算M06/b3lyp**的gCP-D3 correction校正值,我的Cu催化体系,使用B3LYP优化,M06单点。但是近期网址不能选择方法,使用您编辑完的windows版本时,只得出Edisp值,但是二者之间值不等,如何计算D3校正值?在进行计算时,需不需要加入b3lyp**,在您的初级班上说,gcp-D3中,基组的影响更大。输入命令现在是dftd3 Path_00_0_1_a.xyz -func m06 -zero。问题2:在进行分子轨道分析时,如何选择合适的分子轨道,有时是HOMO,有时是LUMO.该如何判断。谢谢老师

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发表于 Post on 2018-9-18 18:11:56 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,关于自由能和电子能量变化相差很大的情况,从电子能量角度考虑过渡态和复合物能量低于反应物,但是从自由能变考虑则反应复合物高于反应物自由能变之和,我看了讲义上有个关于水二聚体的例子,属于这种情况,是熵变显著降低,-TS项可以很大程度上抵消焓变的降低。我觉得就是从电子能量的角度考虑的话,氢提取过程前期,后期复合物是存在的。但是从自由能变的角度考虑不会自发形成这个复合物,也就是说这个复合物也呆不住。两者分析来看似乎有些矛盾,势能面应该从电子能量还是自由能分析比较好呢?绘制势能面的时候如果用相对自由能,这个前期,后期复合物就不会存在吗
自己决定自己的DNA

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-18 20:28:40 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-17 18:35
老师,那个键级曲线还好直接绘图就好。动画过程应该如何在论文里呈现?在附录吗?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-18 20:29:34 | 只看该作者 Only view this author
echo@dai 发表于 2018-9-18 15:31
molclus 运行后,isomers.xyz文件是空的,是什么原因呢?没有报错信息。高斯是g09-d01版本
以下是设置:sy ...

不会没有报错信息,Gaussian任务运行失败也都会在屏幕上有明确提示,如果搞不清楚,你把molclus运行过程截图传上来看看
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-18 20:32:49 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2018-9-17 20:34
sobereva老师好,我现在打算对一个结构进行红外谱图分析(高斯计算),文献中给出该结构的参数IR(KBr):vFe- ...

如果文献里给的就是绝对值而不是相对值,计算时不用体现

校正因子只会让计算出的频率更小,对于当前不是重点

给Fe用的基组太烂。改成SDD再试,还不行换成诸如BP86再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-18 20:35:55 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-9-18 18:11
请问老师,关于自由能和电子能量变化相差很大的情况,从电子能量角度考虑过渡态和复合物能量低于反应物,但 ...

不算矛盾。
焓和自由能都是可观测的,焓和电子能量的趋势一般比较接近,可以从焓和自由能两方面都讨论并给出数据,顺带还能讨论熵效应的影响
当前情况就是说明复合物不会存在
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-18 20:37:22 | 只看该作者 Only view this author
sqpc 发表于 2018-9-17 21:34
请问一下,荧光分子的三重态能量都很低吗

肯定比S1低,到底多低看情况,可以找一些典型的染料分子算算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-18 20:38:17 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-17 20:43
老师,读到一篇文献,作者通过做H原子与C原子的键长扫描得到的H 的解离能 和实验值作对比说明B3LYP泛函在其 ...

这文章纯属瞎讨论,别理他
DFT计算不用管自旋污染问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-18 20:48:55 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2018-9-18 16:57
老师,问题1:之前在网页上计算M06/b3lyp**的gCP-D3 correction校正值,我的Cu催化体系,使用B3LYP优化,M0 ...

甭管网页上的数据。Edisp就是D3校正能,使用方法没错的话就信这个数据就完了,和Gaussian给出的D3校正能也是一样的
我不知道你说的b3lyp**是什么,没有这个泛函
如果你用的Gaussian版本直接就支持D3,绝对不要优化完了再把D3加上,而是优化过程中就带着D3,否则容易引起审稿人质疑

如果不知道分析分子轨道有什么用、能分析出什么就别分析,否则要么是瞎讨论,要么就是凑数据
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发表于 Post on 2018-9-19 08:45:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-18 20:29
不会没有报错信息,Gaussian任务运行失败也都会在屏幕上有明确提示,如果搞不清楚,你把molclus运行过程 ...

找到了,是优化没有收敛,但是图1那个报错不知道为什么

报错2.png (23.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

报错2.png

报错1.png (19.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

报错1.png

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发表于 Post on 2018-9-19 08:57:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-18 20:32
如果文献里给的就是绝对值而不是相对值,计算时不用体现

校正因子只会让计算出的频率更小,对于当前不 ...

好的,谢谢老师,我再试试。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-19 09:06:00 | 只看该作者 Only view this author
echo@dai 发表于 2018-9-19 08:45
找到了,是优化没有收敛,但是图1那个报错不知道为什么

仔细检查gau.gjf看内容有无异常,若无异常,仔细看gau.out末尾的输出
才1秒钟就提示失败,8成是输入文件有严重问题
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