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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-9-16 17:34:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-15 06:08
1 纯粹理论研究直接用复合物的结构即可,和实验数据对比才需要再优化阴阳离子
2 这种级别很不合适。优化 ...

原来如此,老师,在计算这对离子液体单点的时候还计算了极化率,用ma-TZVP这个基组算的极化率能用吗?
那按照B3LYP/def2-TZVP优化,在用B3LYP/aug-cc-pVTZ算的极化率和单点都基本很不靠谱了吗?
谢谢老师回答~

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发表于 Post on 2018-9-16 17:41:02 | 只看该作者 Only view this author
请问Development version: 3.6(dev) Last update: 2018-Sep-12版本,与上一个相比,变化大吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-17 06:32:03 | 只看该作者 Only view this author
Chenglong_li 发表于 2018-9-16 17:41
请问Development version: 3.6(dev) Last update: 2018-Sep-12版本,与上一个相比,变化大吗?

Multiwfn和波函数分析的简单问题请发到http://bbs.keinsci.com/thread-10181-9-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-17 06:33:27 | 只看该作者 Only view this author
she 发表于 2018-9-16 17:34
原来如此,老师,在计算这对离子液体单点的时候还计算了极化率,用ma-TZVP这个基组算的极化率能用吗?
...

显然靠谱啊,很不划算而已
ma-TZVP算极化率也不算很理想,用专门的def2-TZVPD明显更好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-17 06:34:08 | 只看该作者 Only view this author
ssfm 发表于 2018-9-16 16:38
老师您好,我想问一下如何用multiwfn做密度差图时使物质不随着坐标轴转,我想做一个密度差平面图观看一下某 ...

波函数分析和Multiwfn问题请发到专门帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html

当前帖子1L已经用红字说明了这点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-9-17 09:17:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-17 06:33
显然靠谱啊,很不划算而已
ma-TZVP算极化率也不算很理想,用专门的def2-TZVPD明显更好

谢谢sob老师loveliness:

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发表于 Post on 2018-9-17 09:40:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问作反应写文章除了热力学分析和动力学分析得到反应速率常数和平衡常数外(我做的相关领域文章均是这两个,都审美疲劳了),还有没有一些高大上的分析手段,求老师推荐推荐!   

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发表于 Post on 2018-9-17 09:44:47 | 只看该作者 Only view this author
老师,我对多维的势能面有些不理解,有个困惑:可否把一个体系的2个二面角作为势能面的x与y坐标,从而得到电子能E作为z坐标,那么这个体系是二维的吗?问题可能比较low,还请老师点播

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发表于 Post on 2018-9-17 14:23:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-17 06:34
波函数分析和Multiwfn问题请发到专门帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html

不好意思老师

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发表于 Post on 2018-9-17 16:14:25 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,DFT计算中对能垒的低估会影响反应速率,那么这个影响是否会使我们的计算结果丧失其意义。阅读了一篇文献,作者指出B3LYP-TST方法对能垒低估了大约4.5Kcal/mol,这个偏差使得低温段的动力学分析不可以接受。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-17 17:21:55 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-17 09:40
sob老师,请问作反应写文章除了热力学分析和动力学分析得到反应速率常数和平衡常数外(我做的相关领域文章 ...

可以考察电子结构特征变化,包括随IRC的变化,比如
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200

也可以对比不同反应速率计算方法、一些往往被忽略的效应(比如DBOC、核电子相关效应、比CCSD(T)更高阶方法的电子相关作用、旋轨耦合)对结果的影响
或者从其它角度考察,比如从头算动力学
或者再考察点什么其它效应的影响,比如电场
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刘小英雄steven 发表于 2018-9-17 16:14
sob老师,DFT计算中对能垒的低估会影响反应速率,那么这个影响是否会使我们的计算结果丧失其意义。阅读了一 ...

容易高估还是容易低估和泛函、体系都有关系
B3LYP算势垒精度往往也就那样,要更高精度就用双杂化或者更好的CCSD(T)
对于有机体系反应,B3LYP已经过时了,算势垒强烈建议改用M06-2X
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-17 17:25:25 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-17 09:44
老师,我对多维的势能面有些不理解,有个困惑:可否把一个体系的2个二面角作为势能面的x与y坐标,从而得到 ...

不是体系是二维,而是二维势能面
这做个势能面扫描很容易就得到了
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发表于 Post on 2018-9-17 18:35:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-17 17:21
可以考察电子结构特征变化,包括随IRC的变化,比如
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过 ...

老师,那个键级曲线还好直接绘图就好。动画过程应该如何在论文里呈现?在附录吗?

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发表于 Post on 2018-9-17 20:34:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师好,我现在打算对一个结构进行红外谱图分析(高斯计算),文献中给出该结构的参数IR(KBr):vFe-Cl=380cm-1,UV-Vis(benzene):418.8,507.2,572.4cm,对于红外直接对结构进行opt+freq就的出来了,方法和基组:b3lyp/genecp(LANL2DZ,6-31g*),但我发现优化出来的结构在250cm-1出现了Fe-Cl震动,红移的很严重,请问老师:(1)KBr和苯相当于一个参比,在计算中需要体现出来吗?如果需要,该如何体现呢?(2)计算上频率校正因子后对结构是否会产生较大的影响。(3)这个计算频率和实验相差很大,是否说明方法和基组选择的不正确?
谢谢老师!

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