简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

icc-jly

计算发现，引入1分子水，形成六元环，可以促进糖脱水，能垒可以降低10kcal/mol, 但是，我不清楚什么是 a water droplet computation within the solvent (DMSO)? 这个是什么计算？

sobereva

icc-jly 发表于 2016-2-25 10:54
计算发现，引入1分子水，形成六元环，可以促进糖脱水，能垒可以降低10kcal/mol, 但是，我不清楚什么是 a wa ...

用隐式溶剂模型表现DMSO环境就行了，即scrf=solvent=DMSO
你那句话更具体的没上下文没法说。

15whyhq

这个问题具体怎么解决啊？

sobereva

15whyhq 发表于 2016-2-25 17:27
这个问题具体怎么解决啊？

你在论坛首页google搜索框里搜maximum number of corrector steps exceded能搜出一堆答案

15whyhq

搜出来的都是英文，与这个问题关系不大，没有看到解决的方法。

sobereva

15whyhq 发表于 2016-2-25 21:24
搜出来的都是英文，与这个问题关系不大，没有看到解决的方法。

明显没好好搜，这是结果之一：
http://bbs.keinsci.com/thread-1926-1-1.html

15whyhq

我刚开始算了IRC，算出来了61个点，然后我依次优化第61个点，第58个点，第50个点算出来都l103错误，如何我把第61个点的坐标抠出来再算IRC，就出现了l123错误，然后我百度搜到可以在irc里面加入关键词maxcycle，我用这个方法算了还是l123错误。

15whyhq

刚刚我在irc加入gs2看能不能算出来

15whyhq

irc加入gs2还是l123错误

sobereva

15whyhq 发表于 2016-2-26 10:30
我刚开始算了IRC，算出来了61个点，然后我依次优化第61个点，第58个点，第50个点算出来都l103错误，如何我 ...

直接在IRC里写LQA就直接能避免你图中的报错提示
单独优化IRC上第58、61个点毫无意义
IRC里加maxcyc几乎没有丝毫用处，百度上能搜到的大多都是骗人的
仔细看幻灯片从原理上了解你图中的报错原因：



还有，说lxxx出错毫无意义，问报错怎么解决时至少把出错提示给出来。

15whyhq

幻灯片里面的词我都不懂，都没有见过。对于这些概念请问平时应该如何去学习才会没有那么吃力？能不能介绍一些方法和途径？

sobereva

15whyhq 发表于 2016-2-26 17:58
幻灯片里面的词我都不懂，都没有见过。对于这些概念请问平时应该如何去学习才会没有那么吃力？能不能介绍一 ...

不是做广告，但最快最好的入门途径就是参加北京科音办的基础量化培训班，我贴的就是培训班的ppt，平时计算研究涉及到的所有问题在培训班里都会讲。

jhlwc545454

可是也没有提示是哪个部分错了，是分子能量没有收敛吗？
Rotational constants (GHZ):      0.1477552      0.0131428      0.0127217
ONIOM: saving gridpoint 17
ONIOM: restoring gridpoint  3
ONIOM: generating point  3 -- low level on real system.
ONIOM-PCM-X: Computing reaction field of low level on real system.
Standard basis: Dummy (5D, 7F)
There are    60 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 1 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
    60 basis functions,    60 primitive gaussians,    60 cartesian basis functions
    46 alpha electrons       46 beta electrons
       nuclear repulsion energy       376.8062528186 Hartrees.
NAtoms=   58 NActive=   58 NUniq=   58 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   50 NAOKFM=T Big=T
------------------------------------------------------------------------------
Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
Model                : PCM.
Atomic radii         : UFF (Universal Force Field).
Polarization charges : Total charges.
Charge compensation  : None.
Solution method      : Matrix inversion.
Cavity type          : Scaled VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.100).
Cavity algorithm     : GePol (No added spheres)
                        Default sphere list used, NSphG=   58.
                        Lebedev-Laikov grids with approx.  5.0 points / Ang**2.
                        Smoothing algorithm: Karplus/York (Gamma=1.0000).
                        Polarization charges: spherical gaussians, with
                                              point-specific exponents (IZeta= 3).
                        Self-potential: point-specific (ISelfS= 7).
                        Self-field    : sphere-specific E.n sum rule (ISelfD= 2).
1st derivatives      : Analytical E(r).r(x)/FMM algorithm (CHGder, D1EAlg=3).
                        Cavity 1st derivative terms included.
Solvent              : Water, Eps=  78.355300 Eps(inf)=   1.777849
------------------------------------------------------------------------------
UFF calculation of energy and first derivatives.
PCMMM is using the matrix inversion algorithm.
No energy partition over atoms because of zero polarization charges.
Energy=    0.845907445     NIter=   0.
Dipole moment=       0.000000       0.000000       0.000000
***** Axes restored to original set *****
Cartesian Forces:  Max     0.084448389 RMS     0.018425455
ONIOM: saving gridpoint  3
ONIOM: restoring gridpoint  2
ONIOM: generating point  2 -- high level on model system.
ONIOM-PCM-X: Computing reaction field of high level on model system.
ONIOM-PCM-X: Generating real system cavity information for model system.
Basis read from rwf:  (5D, 7F)
Warning:  center  16 has no basis functions!
Pseudo-potential data read from rwf file.
There are   265 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
   265 basis functions,   548 primitive gaussians,   273 cartesian basis functions
    81 alpha electrons       81 beta electrons
       nuclear repulsion energy      1851.8416744145 Hartrees.



Warning!  H  atom   16 has  1 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
Warning!  P  atom   18 may be hypervalent but has no d functions.



NAtoms=   58 NActive=   18 NUniq=   18 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   50 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=    4186 NPrTT=   25046 LenC2=    3773 LenP2D=   15419.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 5 Len=  102
NBasis=   265 RedAO= T  NBF=   265
NBsUse=   265 1.00D-06 NBFU=   265
Defaulting to unpruned grid for atomic number  40.
Initial guess read from the read-write file.
Initial guess orbital symmetries:
       Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
       Virtual   (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A)
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 2.43D-02 ExpMax= 7.75D+04 ExpMxC= 2.65D+03 IAcc=3 IRadAn=         0 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         0 IDoV= 1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number  40.
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0
         NMat0=    1 NMatS0=    1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
         I1Cent=           4 NGrid=           0.
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  40.

sobereva

jhlwc545454 发表于 2016-2-27 00:24
可是也没有提示是哪个部分错了，是分子能量没有收敛吗？
Rotational constants (GHZ):      0.1477552     ...

注意看提示Warning:  center  16 has no basis functions!，大抵你的基组定义写得有毛病，这样会很难收敛，即便收敛结果也是错的

dxyan

我只会做一些简单的量化计算，一直以来构型优化有些问题一直困扰我，想请教sob老师：
就是在做构型优化的时候，我通常通过调节主要功能基团的指向，键长键角，或者顺反异构，设计一系列初始结构，然后分别进行构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构（能量最低且没有虚频）。这些不同的初始结构很多都能收敛并且没有虚频，也就是可能都是能量极小值点。所以有这样几个问题想请教：（1）看网上说不需要找到能量最低点，也很难找到，那为什么要设计一系列初始构型来找能量最低的极小值点，如果找到其中一个往下计算是不是也没什么问题。（2）看网上说在设计初始构型时主要靠经验，那么主要都要考虑哪些因素，尤其是对于一些复杂的大分子。有时感觉优化构型有些随机的感觉。（3）有看到通过构象搜索获得初始结构，或者势能面扫描，这些是不是非常必须。请sob老师多多指教。