简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-27 20:23:02

dxyan 发表于 2016-2-27 20:03
我只会做一些简单的量化计算，一直以来构型优化有些问题一直困扰我，想请教sob老师：
就是在做构型优化的 ...

1 因为大多数情况下，体系都是处在能量最低的构型，或者更确切地说，处于能量最低构型的几率最大，所以能量最低构型重要性最大，讨论反应的时候也是以能量最低构型作为反应物结构，计算各种光谱起码也要考虑能量最低构型。

2、3 凭直觉，比如考虑基团之间的相互作用方式，原子之间的位阻效应，还有要结合相似体系的研究经验。柔性大体系一下子就能给出优化到能量最低构型的初猜是一般难以做到的，此时应当做构型或构象搜索，目的在于找到所有（至少是能量最低的一批）构型/构象，有很多程序可以做，比如
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
势能面扫描也是构象搜索方式之一，但是要扫描的变量数目稍微一多就算不动了，因为耗时随被考虑的变量数呈指数型增长

dxyan · 发表于 Post on 2016-2-27 20:32:22

sobereva 发表于 2016-2-27 20:23
1 因为大多数情况下，体系都是处在能量最低的构型，或者更确切地说，处于能量最低构型的几率最大，所以 ...

谢谢sob老师耐心回复，因为之前看网上说高斯是很难找到能量最低点，一般找到的都是能量极小值点。我觉得算不同分子间的相互作用时，初始结构相对容易确定就是考虑作用位点或者位阻，优化单分子的时候感觉有时有些盲目。也是看基团之间的相互作用方式，原子之间的位阻效应吗？你介绍的这个构象搜索的程序，我下去好好研究下。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-27 21:05:34

dxyan 发表于 2016-2-27 20:32
谢谢sob老师耐心回复，因为之前看网上说高斯是很难找到能量最低点，一般找到的都是能量极小值点。我觉得 ...

网上那种说法是错误的。决不能说高斯很难找到能量最低点，关键是看体系。
小体系，或者刚性体系，找到能量最低点是相对容易的，一般都能凭直觉、化学知识摆出能直接优化到最小点的初猜。柔性大体系，多数情况必须借助于构象搜索程序，因为人工去摆初始结构很难考虑周全，或者要摆几十、几百个初猜太费力。molclus那个帖子里介绍的方法可以算是整体效率最佳的方法，先用低级别初筛，然后高级别再精确筛选、对能量进行比较，操作上也比较方便。
你说的“单分子”意义不明。

dxyan · 发表于 Post on 2016-2-27 21:23:35

sobereva 发表于 2016-2-27 21:05
网上那种说法是错误的。决不能说高斯很难找到能量最低点，关键是看体系。
小体系，或者刚性体系，找到 ...

谢谢sob老师耐心回复，在你这总能找到很明确的答案，也减少了我们初学者的误区。我是在小木虫看到的。
我所说的单分子是指一个分子，一般优化2个分子的相互作用初始构型还好确定，就是开始分别优化一个分子的时候，我一直都是很困惑，不知道自己找到的是不是能量最低构型，总感觉很随机，不确定。我会好好学习你说的那个程序。谢谢！

lastzealot · 发表于 Post on 2016-2-28 10:16:34

sob老师，请教您一个问题。
请问在结构优化和紫外光谱计算中，二者可否使用不同的泛函和基组？
比如优化中b3lyp/6-31G(d)，紫外光谱计算用pbe1pbe/tzvp。
谢谢老师

wangweihua · 发表于 Post on 2016-2-28 17:15:45

注：回复见832L、836L

老师，高斯中SDD说明对序号<=Ar的元素都用D95V或6-31G*全电子基组，而对更重的元素都使用Stuttgart赝势和相应赝势基组，当我的输入文件为
# M06L/Genecp opt freq=noraman

youhua

1 2
S                0.03148200 1.28061900 -1.65932100
Te             -0.30303000 -1.70252700 -1.18921500
C                -1.91047800 -0.85431500 -0.11380200
C                -2.11966100 0.54617200 0.01949200
C                -1.32679100 1.58886700 -0.54477200
C                1.47983400 1.60507100 -0.70015100
C                1.11948600 -1.54056300 0.34901500
C                -2.77606300 -1.76092200 0.46041500
H                -2.59420300 -2.82569200 0.33375700
C                -3.51275700 2.33883200 1.00749700
C                -4.10511200 -0.00177800 1.38379900
C                -3.88390700 -1.34142300 1.21429700
C                -3.24918000 0.96511500 0.80642600
H                -4.37562400 2.61309900 1.61011500
H                -4.95408700 0.34862600 1.96688400
H                -4.54783400 -2.07962900 1.65436100
H                -0.32039100 -1.45404800 1.95475400
C                -1.62237600 2.92184200 -0.33656100
C                -2.71355600 3.30456900 0.45581100
C                2.67971800 1.68485900 -1.41968400
C                3.86841200 1.90336100 -0.74024800
C                3.86862100 2.03777900 0.64605500
C                2.67209700 1.95608500 1.35436500
C                1.47369000 1.73916800 0.69095500
C                2.47244100 -1.54648500 0.00819500
C                3.43485000 -1.44558200 1.00265100
C                3.05115800 -1.35884000 2.33785400
C                1.70114200 -1.36762700 2.67787000
C                0.73374500 -1.45412500 1.68566000
H                -0.99990100 3.68223900 -0.80148300
H                -2.92490400 4.35886000 0.60869100
H                2.67610200 1.59368500 -2.50392300
H                4.79807700 1.97870500 -1.29821900
H                4.80187700 2.21520100 1.17442300
H                2.67006200 2.06283500 2.43623100
H                0.54227800 1.67607500 1.24790800
H                2.77939000 -1.61328600 -1.03414800
H                4.48728200 -1.43597500 0.73148300
H                3.80659000 -1.28888200 3.11656300
H                1.39728900 -1.31070100 3.72008300

C H S
6-311g(d)
****
Te
SDD
****

Te
SDD

请问老师：高斯在优化时对C H S 是使用我写的6-311g(d)基组呢？还是使用SDD默认的6-31G*基组？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-2-28 19:57:21

用混合基组了当然是按你写的。
freq=noraman没用

wangweihua · 发表于 Post on 2016-2-28 20:12:35

好的谢谢

icc-jly · 发表于 Post on 2016-2-29 10:10:37

sobereva 发表于 2015-3-5 18:35
是的

关于6-311 +G （d,p）基组的适用体系？

14xlliu · 发表于 Post on 2016-3-1 11:37:13

有没有专门介绍或提供下载主流量化软件的网站？

虎王 · 发表于 Post on 2016-3-1 19:37:13

wangweihua 发表于 2016-2-28 20:12
好的谢谢

补充一下，DFT默认不计算拉曼光谱。

jhlwc545454 · 发表于 Post on 2016-3-1 21:16:42

请问各位老师，高斯可以能够拟合出XRD图谱或者FTIR或XPS图谱吗，如果可以，是在哪里操作呢？谢谢啦

lastzealot · 发表于 Post on 2016-3-2 00:42:07

请教sob老师一个问题：
我在用WB97XD泛函进行D3优化时，出现l301错误，请问这是怎么回事？如果改成M062X或B3LYP都不会有错误。
输入文件如下：
%chk=aquo_uranyl-liq-D3.chk
%mem=2GB
%nprocshared=8
#p wb97xd/genecp scrf=(smd,solvent=water) opt empiricaldispersion=gd3
Title Card Required
2 1
U                -0.08335000 0.02852800 -0.04170800
O                0.02258300 -0.05572600 1.72137200
O                -0.18529100 0.12384800 -1.80480500
O                2.30418400 0.89543200 -0.03391300
H                2.79491100 0.48327900 -0.76882000
H                2.73871300 0.56507500 0.77392000
O                -2.49244200 0.76878800 0.17341800
H                -2.75184900 1.21079000 -0.65643500
H                -2.56483800 1.45931400 0.85859500
O                -0.12252200 2.57147000 0.05358300
H                -0.56014800 2.83620900 0.88337800
H                0.81203200 2.82744400 0.17092800
O                1.42201100 -1.97812900 -0.18662600
H                1.03224400 -2.62753900 -0.80150100
H                1.41259800 -2.42096400 0.68248600
O                -1.58811500 -2.06750300 -0.03892500
H                -1.52374300 -2.48032600 -0.91954500
H                -2.48964900 -1.69489500 -0.00816300
U 0
S 3 1.00
12098.0820000 0.000102
1833.7573000 0.000771
351.6863200 0.002969
S 1 1.00
104.3142600 1.0
S 3 1.00
60.9058220 0.049868
35.5150860 -0.245313
20.8912270 0.723847
S 1 1.00
10.1846470 1.0
S 1 1.00
2.8518510 1.0
S 1 1.00
1.5316160 1.0
S 1 1.00
0.6162030 1.0
S 1 1.00
0.2794940 1.0
S 1 1.00
0.0572530 1.0
S 1 1.00
0.0234430 1.0
P 5 1.00
2906.8451000 0.000088
694.4005300 0.000732
224.6347900 0.003414
80.5205260 0.011099
24.0802110 0.025216
P 1 1.00
14.0775800 1.0
P 1 1.00
8.2658460 1.0
P 1 1.00
3.4236070 1.0
P 1 1.00
1.7084170 1.0
P 1 1.00
0.6550460 1.0
P 1 1.00
0.2837550 1.0
P 1 1.00
0.1018140 1.0
P 1 1.00
0.0305350 1.0
D 6 1.00
449.0195300 0.000050
156.3569500 0.000322
60.2424390 0.001777
17.7723170 0.025385
10.4543040 -0.089378
3.5834330 0.444799
D 1 1.00
1.7637240 1.0
D 1 1.00
0.7840300 1.0
D 1 1.00
0.2761270 1.0
D 1 1.00
0.0869800 1.0
F 5 1.00
105.2879300 0.000228
35.1011810 0.002308
14.5641380 0.009253
4.6518850 0.136949
2.2559730 0.339801
F 1 1.00
1.0102740 1.0
F 1 1.00
0.4116800 1.0
F 1 1.00
0.1441200 1.0
G 4 1.00
105.2879300 0.000137
35.1011810 0.001831
14.5641380 0.019940
4.6518850 0.110758
G 1 1.00
2.2559730 1.0
G 1 1.00
1.0102740 1.0
****
-C -N -H -O 0
6-31G(d)
****
U 0
ECP60MWB 5 60
H-Komponente
1
2 1.00000000 0.00000000
S-H
1
2 16.41403869 536.51662778
P-H
1
2 9.06055606 169.54492465
D-H
1
2 8.83183198 142.61559837
F-H
1
2 7.01851629 60.39307602
G-H
1
2 12.80408844 -60.12998958

输出文件末尾：
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 4639 IXCFnc= 58 ScaHFX=  1.000000 IDFTD=3
Error termination via Lnk1e in /db/home/renym/g09/l301.exe at Tue Mar  1 22:48:41 2016.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  9.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    47 Int=    0 D2E=    0 Chk=    7 Scr=    2

谢谢sob老师，让您费心了。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-3-2 01:04:27

本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-3-2 01:06 编辑

lastzealot 发表于 2016-3-2 00:42
请教sob老师一个问题：
我在用WB97XD泛函进行D3优化时，出现l301错误，请问这是怎么回事？如果改成M062X或 ...

你的报错是这一句：Unable to choose the S8 parameter，表示D3里的参数找不到。ωB97XD 本来就标配自带 D2，显然不应当加empiricaldispersion。这报错论坛里一搜就有，搜。。一。。下。。很。。难。。吗。。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-3-2 01:18:45

jhlwc545454 发表于 2016-3-1 21:16
请问各位老师，高斯可以能够拟合出XRD图谱或者FTIR或XPS图谱吗，如果可以，是在哪里操作呢？谢谢啦

FTIR就做一般freq分析，给校正因子就得到数据了，作图用Gaussview或者Multiwfn都可以。
其他两个不确定。

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混合基组问题

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