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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-11-29 14:21:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 DUNING 于 2018-11-29 14:22 编辑

老师好,我在优化激发态s1构型的时候,发现用基态的结构作为初始结构会得到一个激发态构型,如果我把初始结构进行略微改变,再进行优化,会得到另外一个激发态构型,并且这两个构型都没有虚頻,只不过一个能量高(基态作为初始结构),一个能量低(改变了初始结构),那这个时候我应该把哪个结构作为S1的构型呢?

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发表于 Post on 2018-11-29 16:17:41 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近在学习您的用Fukui函数预测反应位点的帖子,有几个问题想向您请教一下:
1. 看您的帖子里面讲计算Fukui函数需要一个原始分子的wfn文件,另外还需要在此基础上增加一个电子和减少一个电子的两个分子wfn文件。现在我有一个过渡金属配合物结构,正常情况下是正一价的五重态分子,就是写输入文件的时候设定1 5。想问下老师在这种情况下我增加一个电子和减少一个电子的分子在计算时是否应该是将 0 2, 0 4, 0 6以及 2 2, 2 4, 2 6 这几种情况都计算一下选择能量最低的那一种进行后续计算呢?
2. 算出来的Fukui函数等值面有蓝色和绿色两种颜色,想问您一下是不是主要只看绿色等值面就可以,不用看蓝色等值面呢?
3. 我还有一个有机分子,想判断几个不同环境的C,断裂C-H键时解离H-的难易程度,感觉也就是要判断不同环境C的碱性如何。想问您一下通过利用局域Fukui函数求得的局域亲电指数(Nk)可不可以从数量层面体现出两个C原子解离H-的难易程度?比如说,C1的亲核指数大于C2 就说明C1的亲核能力强,亲核能力强则说明易给出电子,碱性更强,那么是不是就可以认为C1断裂C-H键时更容易给出H-呢?如果用亲核指数判断不了的话能不能请问下老师有什么比较好的分析手段可以判断两个C原子的碱性强弱吗?
问题比较多,谢谢老师解答

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发表于 Post on 2018-11-29 17:33:12 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 cas选择放进空间的轨道,加guess=only和不加轨道形状完全不同 这是什么原因呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-29 23:09:59 | 只看该作者 Only view this author
DUNING 发表于 2018-11-29 14:21
老师好,我在优化激发态s1构型的时候,发现用基态的结构作为初始结构会得到一个激发态构型,如果我把初始结 ...

都是S1极小点构型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-29 23:11:08 | 只看该作者 Only view this author
haha 发表于 2018-11-29 17:33
sob老师 cas选择放进空间的轨道,加guess=only和不加轨道形状完全不同 这是什么原因呀

guess=only等于根本没做CASSCF计算,只是把初猜那一步做了而已
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-29 23:11:30 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-11-29 16:17
Sob老师好,最近在学习您的用Fukui函数预测反应位点的帖子,有几个问题想向您请教一下:
1. 看您的帖子里 ...

这属于波函数分析的内容,到波函数分析版块发帖吧
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发表于 Post on 2018-11-29 23:56:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-29 23:09
都是S1极小点构型

那如果我要计算该体系的辐射复合速率或者非辐射复合效率,应该用哪个结构呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-30 00:35:06 | 只看该作者 Only view this author
DUNING 发表于 2018-11-29 23:56
那如果我要计算该体系的辐射复合速率或者非辐射复合效率,应该用哪个结构呢?

没听说过“复合效率”
算辐射时,从哪个态辐射,就用哪个激发态的极小点结构
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发表于 Post on 2018-11-30 08:42:21 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想请教一下,我在用gauss计算Chelpg电荷的时候出现如下错误,请问如何解决?谢谢老师
错误提示:
Free-field routines initialized.
FFRead:  read line ""
Blank file name read.
Error termination via Lnk1e in /home/gauss/g09/l602.exe at Thu Nov 29 19:42:27 2018.
Job cpu time:       5 days 17 hours 55 minutes 27.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1956 Int=      0 D2E=      0 Chk=     59 Scr=      1
输入文件:
%chk=6_4N.chk
%nprocshared=24
%mem=50GB
#p b3lyp/6-31+G(d) pop=chelpg iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1)

6_4N

0 1
O                 -3.71220000    0.29250000   17.34530000
O                 -1.62210000    4.09310000   20.76640000
O                 -8.75860000   -0.63710000   19.75690000
O                 -7.49710000    4.30670000   17.69870000
O                 -9.67660000   -0.37410000   24.74370000
O                -11.50220000    3.72090000   21.49380000
C                 -0.20610000    1.76470000   20.70210000
H                  0.33350000    0.86710000   20.38340000
H                  0.44270000    2.61850000   20.46180000
C                 -3.45990000    3.25570000   19.40080000
C                 -4.01410000    2.23040000   18.60210000
C                 -3.22700000    1.09200000   18.33850000
C                 -1.98330000    0.89120000   19.01820000
C                 -1.47840000    1.89440000   19.88560000
C                 -2.18750000    3.09030000   20.00740000
C                 -5.32540000    2.48330000   17.86190000
H                 -5.33300000    3.52200000   17.51950000
H                 -5.32010000    1.84820000   16.96590000
C                 -6.66590000    2.23540000   18.55740000
C                 -6.96290000    0.94800000   19.08580000
C                 -8.28700000    0.62540000   19.49100000
C                 -9.26660000    1.62240000   19.53250000
C                 -9.00350000    2.88610000   18.95620000
C                 -7.69950000    3.17280000   18.44460000
C                -10.61140000    1.34300000   20.17170000
H                -10.89850000    0.30610000   19.96980000
H                -11.35250000    2.01510000   19.72220000
C                -10.58680000    1.53590000   21.67920000
C                -10.11330000    0.51340000   22.50420000
H                 -9.75680000   -0.39050000   22.02660000
C                -10.13850000    0.60450000   23.89700000
C                -10.69670000    1.73040000   24.51770000
C                -11.14220000    2.76270000   23.70040000
H                -11.54950000    3.63560000   24.19480000
C                -11.07480000    2.69920000   22.30490000
C                 -3.30220000   -1.08020000   17.13880000
H                 -3.24130000   -1.59960000   18.10360000
H                 -2.29300000   -1.08970000   16.70380000
C                 -4.31660000   -1.71580000   16.21350000
H                 -4.36190000   -1.19310000   15.24920000
H                 -5.31330000   -1.71350000   16.67060000
H                 -4.02250000   -2.75640000   16.02500000
C                 -0.80800000    4.96730000   19.94130000
H                 -1.48410000    5.56000000   19.30800000
H                 -0.16430000    4.34710000   19.29660000
C                  0.01910000    5.85920000   20.83320000
H                  0.71750000    5.27830000   21.44640000
H                 -0.63080000    6.43900000   21.49790000
H                  0.60800000    6.55250000   20.22050000
C                 -8.12360000   -1.56780000   20.64850000
H                 -7.81800000   -1.03850000   21.56160000
H                 -7.22780000   -1.98480000   20.17250000
C                 -9.14000000   -2.65970000   20.90270000
H                 -9.42280000   -3.11810000   19.94760000
H                -10.05470000   -2.26710000   21.36340000
H                 -8.72170000   -3.44160000   21.55060000
C                 -7.14960000    5.49520000   18.46760000
H                 -6.30130000    5.22260000   19.11030000
H                 -8.01690000    5.77990000   19.08180000
C                 -6.80580000    6.57340000   17.46820000
H                 -7.67610000    6.78850000   16.83260000
H                 -5.97480000    6.25780000   16.82390000
H                 -6.51740000    7.49610000   17.98710000
C                 -8.88800000   -1.41120000   24.15680000
H                 -8.13410000   -0.95460000   23.49750000
H                 -9.52020000   -2.06530000   23.53470000
C                 -8.22320000   -2.18120000   25.27840000
H                 -7.59930000   -2.97800000   24.85170000
H                 -8.96720000   -2.63520000   25.94270000
H                 -7.59830000   -1.50530000   25.87560000
C                -11.97210000    4.90230000   22.16340000
H                -11.19050000    5.25970000   22.85610000
H                -12.86300000    4.64800000   22.76620000
C                -12.30100000    5.94150000   21.11780000
H                -13.09140000    5.58660000   20.44230000
H                -11.40870000    6.18380000   20.52580000
H                -12.65600000    6.85470000   21.61130000
N                 -5.84410000    0.11980000   19.19420000
N                 -5.92820000   -1.11270000   18.93150000
H                 -4.98200000   -1.49700000   19.12970000
N                -10.14890000    3.65820000   18.71710000
N                -10.08280000    4.91460000   18.66730000
H                -11.03490000    5.22410000   18.38980000
N                 -1.37390000   -0.35810000   18.83400000
N                 -0.11110000   -0.43040000   18.84780000
H                  0.10220000   -1.44240000   18.74280000
N                 -4.29840000    4.35910000   19.61460000
N                 -3.77020000    5.48470000   19.84560000
H                 -4.57540000    6.12540000   20.01300000
O                 -7.39320000    0.29250000   29.36830000
O                 -9.48340000    4.09310000   25.94730000
O                 -2.34690000   -0.63710000   26.95670000
O                 -3.60840000    4.30670000   29.01490000
O                 -1.42890000   -0.37410000   21.97000000
O                  0.39680000    3.72090000   25.21980000
C                -10.89930000    1.76470000   26.01160000
H                -11.43900000    0.86710000   26.33020000
H                -11.54820000    2.61850000   26.25180000
C                 -7.64560000    3.25570000   27.31290000
C                 -7.09140000    2.23040000   28.11160000
C                 -7.87840000    1.09200000   28.37520000
C                 -9.12210000    0.89120000   27.69550000
C                 -9.62710000    1.89440000   26.82810000
C                 -8.91790000    3.09030000   26.70630000
C                 -5.78000000    2.48330000   28.85180000
H                 -5.77240000    3.52200000   29.19410000
H                 -5.78530000    1.84820000   29.74780000
C                 -4.43950000    2.23540000   28.15620000
C                 -4.14250000    0.94800000   27.62780000
C                 -2.81840000    0.62540000   27.22270000
C                 -1.83890000    1.62240000   27.18120000
C                 -2.10200000    2.88610000   27.75750000
C                 -3.40600000    3.17280000   28.26900000
C                 -0.49410000    1.34300000   26.54200000
H                 -0.20690000    0.30610000   26.74390000
H                  0.24710000    2.01510000   26.99150000
C                 -0.51860000    1.53590000   25.03450000
C                 -0.99210000    0.51340000   24.20950000
H                 -1.34860000   -0.39050000   24.68710000
C                 -0.96700000    0.60450000   22.81660000
C                 -0.40870000    1.73040000   22.19590000
C                  0.03680000    2.76270000   23.01330000
H                  0.44400000    3.63560000   22.51890000
C                 -0.03070000    2.69920000   24.40870000
C                 -7.80330000   -1.08020000   29.57490000
H                 -7.86420000   -1.59960000   28.61000000
H                 -8.81240000   -1.08970000   30.00990000
C                 -6.78890000   -1.71580000   30.50010000
H                 -6.74360000   -1.19310000   31.46440000
H                 -5.79220000   -1.71350000   30.04310000
H                 -7.08290000   -2.75640000   30.68870000
C                -10.29750000    4.96730000   26.77240000
H                 -9.62140000    5.56000000   27.40570000
H                -10.94120000    4.34710000   27.41710000
C                -11.12460000    5.85920000   25.88050000
H                -11.82300000    5.27830000   25.26720000
H                -10.47470000    6.43900000   25.21580000
H                -11.71350000    6.55250000   26.49320000
C                 -2.98190000   -1.56780000   26.06520000
H                 -3.28750000   -1.03850000   25.15210000
H                 -3.87770000   -1.98480000   26.54120000
C                 -1.96540000   -2.65970000   25.81100000
H                 -1.68260000   -3.11810000   26.76600000
H                 -1.05070000   -2.26710000   25.35030000
H                 -2.38380000   -3.44160000   25.16310000
C                 -3.95590000    5.49520000   28.24610000
H                 -4.80410000    5.22260000   27.60340000
H                 -3.08860000    5.77990000   27.63190000
C                 -4.29970000    6.57340000   29.24540000
H                 -3.42930000    6.78850000   29.88110000
H                 -5.13070000    6.25780000   29.88980000
H                 -4.58810000    7.49610000   28.72660000
C                 -2.21740000   -1.41120000   22.55690000
H                 -2.97140000   -0.95460000   23.21620000
H                 -1.58530000   -2.06530000   23.17900000
C                 -2.88230000   -2.18120000   21.43530000
H                 -3.50610000   -2.97800000   21.86200000
H                 -2.13830000   -2.63520000   20.77100000
H                 -3.50710000   -1.50530000   20.83800000
C                  0.86660000    4.90230000   24.55030000
H                  0.08510000    5.25970000   23.85760000
H                  1.75750000    4.64800000   23.94750000
C                  1.19550000    5.94150000   25.59590000
H                  1.98590000    5.58660000   26.27130000
H                  0.30320000    6.18380000   26.18790000
H                  1.55050000    6.85470000   25.10240000
N                 -5.26140000    0.11980000   27.51950000
N                 -5.17730000   -1.11270000   27.78220000
H                 -6.12350000   -1.49700000   27.58390000
N                 -0.95660000    3.65820000   27.99650000
N                 -1.02270000    4.91460000   28.04640000
H                 -0.07050000    5.22410000   28.32390000
N                 -9.73150000   -0.35810000   27.87970000
N                -10.99440000   -0.43040000   27.86580000
H                -11.20770000   -1.44240000   27.97090000
N                 -6.80710000    4.35910000   27.09900000
N                 -7.33530000    5.48470000   26.86810000
H                 -6.53010000    6.12540000   26.70070000

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8080#
发表于 Post on 2018-11-30 09:11:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-30 00:35
没听说过“复合效率”
算辐射时,从哪个态辐射,就用哪个激发态的极小点结构

老师,我打错了,是辐射速率,但是我现在找出了两个S1的极小点结构,不知道用哪个结构?

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8081#
发表于 Post on 2018-11-30 09:15:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 alexwpch 于 2018-11-30 09:17 编辑

sob老师好,
我用您的G4MP2.pl对out文件进行处理时,出现了“Can't take log of 0 at ./G4MP2.pl line 298, <LOG> line 3222.”
请问一下,这个是什么原因导致的,该如何解决?
输入输出文件如下: NH4+r.out (172.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

NH4+r.gjf (772 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-30 10:57:31 | 只看该作者 Only view this author
DUNING 发表于 2018-11-30 09:11
老师,我打错了,是辐射速率,但是我现在找出了两个S1的极小点结构,不知道用哪个结构?

看具体情况
两个极小点都有可能发射。如果第一个极小点离Franck condon point近,且第一个极小点到第二个极小点势垒很高,假设基态通过吸收跑到S1,在辐射之前结构不会因为热运动跑到第二个极小点。反之如果势垒比较低,就也可能从另一个极小点发射。
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发表于 Post on 2018-11-30 11:02:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-29 23:11
guess=only等于根本没做CASSCF计算,只是把初猜那一步做了而已

可是我在guess=only之后再做cas和直接做cas的轨道为什么一直不同呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-30 11:05:09 | 只看该作者 Only view this author
haha 发表于 2018-11-30 11:02
可是我在guess=only之后再做cas和直接做cas的轨道为什么一直不同呢

初猜轨道不同
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-30 11:05:55 | 只看该作者 Only view this author
zhousn 发表于 2018-11-30 08:42
老师,您好,我想请教一下,我在用gauss计算Chelpg电荷的时候出现如下错误,请问如何解决?谢谢老师
错误 ...

大段内容请用附件方式上传。

改用Multiwfn计算拟合静电势电荷就完了,看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441
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