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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-1-9 15:22:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-9 00:09
没法这么说
当影响产率的关键是势垒高低时,是动力学控制,而影响的关键是产物与反应物能量差时,是热力 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-1-9 15:45:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-9 00:13
原因没有什么容易想到的理论上的解释,和氧化能力也没什么直接联系
另外,若想确认三重态确实有两种构象 ...

好的,谢谢老师,我先用其他更精确的基组来优化下结构,看结果如何。

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发表于 Post on 2019-1-9 16:16:46 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用gaussian09计算采用B3LYP-D3BJ方法,读电子总能量的时候是直接读最后输出的“HF=”,还是需要在此基础上自己加上“Grimme-D3(BJ) Dispersion energy”?谢谢老师。

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发表于 Post on 2019-1-9 17:10:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-9 00:10
从输出文件上自行判断,注意监控计算状态。这种问题没有细节完全没法确切回复

sob老师,您看一下我这个是算到哪了...我不会检测计算频率的状态。这是我单独拿出来计算频率的,计算了2天了.

ZSL1IZ`$AZE{B]IT5M}UQKQ.png (63.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

ZSL1IZ`$AZE{B]IT5M}UQKQ.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 22:32:38 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2019-1-9 17:10
sob老师,您看一下我这个是算到哪了...我不会检测计算频率的状态。这是我单独拿出来计算频率的,计算了2 ...

体系太大,机子太慢,只能慢慢等。写noraman完全多余
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 22:33:52 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-1-9 16:16
请问老师,用gaussian09计算采用B3LYP-D3BJ方法,读电子总能量的时候是直接读最后输出的“HF=”,还是需要 ...

直接读
这里说了
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-1-10 08:52:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-9 22:33
直接读
这里说了
DFT-D色散校正的使用

谢谢老师。

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发表于 Post on 2019-1-10 09:28:38 | 只看该作者 Only view this author

过渡态计算频率,每一次在这里中断好久,什么原因啊?

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.18572421D+03


**** Warning!!: The largest beta MO coefficient is  0.18365842D+03

Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do    14 centers at a time, making    2 passes.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=F I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=F I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
End of G2Drv F.D. properties file   721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   788 does not exist.

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发表于 Post on 2019-1-10 09:50:04 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,高斯输出文件中这一能量表示什么?具体的含义是什么呢?通常所说的能量越低越稳定,是看这个吗?
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -424.564043964     A.U. after    8 cycles

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发表于 Post on 2019-1-10 12:54:47 | 只看该作者 Only view this author
风起时想你 发表于 2019-1-10 09:50
请问各位老师,高斯输出文件中这一能量表示什么?具体的含义是什么呢?通常所说的能量越低越稳定,是看这个 ...

电子能量,一般是拿自由能来说
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2019-1-10 15:11:01 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2019-1-10 12:54
电子能量,一般是拿自由能来说

自由能在输出文件中哪个英文名称表示的是这一能量呢?

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发表于 Post on 2019-1-10 16:49:32 | 只看该作者 Only view this author
正在计算频率,需要的时间较长,正常。

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发表于 Post on 2019-1-10 18:23:08 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-1-10 16:49
正在计算频率,需要的时间较长,正常。

都快两天了,有什么办法让快一些吗?

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发表于 Post on 2019-1-10 18:35:21 | 只看该作者 Only view this author

自由能怎么计算?

有机分子的自由能怎么算?计算频率是唯一的途径吗?我的过渡态计算机几天了怎么都算不去?我想讨论反应机理只能用自由能G差吗?能不能用优化结束后获得的总能量E差来讨论能磊的变化呢?

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发表于 Post on 2019-1-10 18:36:47 | 只看该作者 Only view this author
End of G2Drv F.D. properties file   721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   788 does not exist.
这样的状态持续了快两天了,是不是应该放弃了呢?

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