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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-10 20:18:25 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-10 18:35
有机分子的自由能怎么算?计算频率是唯一的途径吗?我的过渡态计算机几天了怎么都算不去?我想讨论反应机理 ...

必须做振动分析
实在做不动可以用电子能量作为近似讨论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-10 20:18:38 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-10 18:36
End of G2Drv F.D. properties file   721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   722 do ...

信息不充分,起码上传输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-10 20:19:10 | 只看该作者 Only view this author
风起时想你 发表于 2019-1-10 15:11
自由能在输出文件中哪个英文名称表示的是这一能量呢?

仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-10 20:24:05 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-10 09:28
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.18572421D+03

如果还在算着,实在算不动就降低计算级别,或者用更好的机子,或者简化体系重新做opt freq
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发表于 Post on 2019-1-10 21:36:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-10 20:24
如果还在算着,实在算不动就降低计算级别,或者用更好的机子,或者简化体系重新做opt freq

降低级别是把基组降低吗?控制在那一个级别上文章容易接受?
还有计算频率的时候要不要把溶剂选择进去?因为真实的反应是在二氯甲烷溶剂中进行的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-10 23:06:27 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-10 21:36
降低级别是把基组降低吗?控制在那一个级别上文章容易接受?
还有计算频率的时候要不要把溶剂选择进去? ...

最低不低于6-31G*
还算不动就简化体系或换好点的机子
考虑溶剂
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发表于 Post on 2019-1-10 23:16:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-10 23:06
最低不低于6-31G*
还算不动就简化体系或换好点的机子
考虑溶剂

好的,太感谢您了

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发表于 Post on 2019-1-10 23:59:58 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,def2基组加弥散ma-def2网站上元素不全,请问如何找到大多数元素ma-def2系列的基组?

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发表于 Post on 2019-1-11 11:07:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-10 23:06
最低不低于6-31G*
还算不动就简化体系或换好点的机子
考虑溶剂

老师,我用高基组优化好的结构重新选低基组的继续优化每次都出错,为什么呀?是不是只能低基组换高基组的优化啊?

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发表于 Post on 2019-1-11 11:33:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-10 23:06
最低不低于6-31G*
还算不动就简化体系或换好点的机子
考虑溶剂

还有一个问题含有Fe的有机配合物应该选用什么基组优化和计算频率效果好一些呢?

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发表于 Post on 2019-1-11 16:28:22 | 只看该作者 Only view this author

计算中间体频率link died

    3 vectors produced by pass118 Test12= 4.89D-14 1.01D-09 XBig12= 2.81D-15 2.91D-09.
      3 vectors produced by pass119 Test12= 4.89D-14 1.01D-09 XBig12= 1.30D-15 2.02D-09.
      2 vectors produced by pass120 Test12= 4.89D-14 1.01D-09 XBig12= 1.34D-15 1.91D-09.
InvSVY:  IOpt=1 It=  1 EMax= 1.07D-14
Solved reduced A of dimension  1159 with    99 vectors.
Isotropic polarizability for W=    0.000000      260.20 Bohr**3.
End of Minotr F.D. properties file   721 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file   722 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file   788 does not exist.
No executable for file l601.exe.


Search path GAUSS_EXEDIR is "D:\G09W"
请问老师们这是什么原因呢?是内存不够?还是中间体结构有问题呢?

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发表于 Post on 2019-1-11 16:29:22 | 只看该作者 Only view this author
老师,想建如图的结构,使用了chem3D,由于结构比较大,一进去就死机,简化了结构,将N换成C,删掉CH3
小结构,mm2的结构不是想要的,还有其他方法可以建这个结构吗?

CT-COF.cdx

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发表于 Post on 2019-1-11 17:20:41 | 只看该作者 Only view this author

走IRC中link died

本帖最后由 liuyjhx 于 2019-1-11 17:30 编辑

        Rot=    1.000000   -0.000053    0.000077    0.000082 Ang=  -0.01 deg.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7527 S= 0.5013
ExpMin= 1.26D-02 ExpMax= 2.58D+05 ExpMxC= 8.89D+03 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=       5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Symmetry not used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
EnCoef did     7 forward-backward iterations
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1804.13392132     A.U. after   13 cycles
            NFock= 13  Conv=0.74D-08     -V/T= 2.0020
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7527 S= 0.5013
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7527,   after     0.7500
No executable for file l801.exe.


Search path GAUSS_EXEDIR is "E:\G09W"

走IRC中link died,这是为什么啊?可以修改什么继续走吗?


1.png (16.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

1.png

2.png (16.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

2.png

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发表于 Post on 2019-1-11 17:29:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!做化学反应的BOMD轨迹计算,这样的计算结果能够分析出什么信息,是化学反应的位垒吗?BOMD可以算100左右原子的反应轨迹吗?

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发表于 Post on 2019-1-11 17:42:52 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-11 11:07
老师,我用高基组优化好的结构重新选低基组的继续优化每次都出错,为什么呀?是不是只能低基组换高基组的 ...

换了一台机子可以了

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