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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-2 02:59:00 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-28 10:16
sob老师,请教您一个问题。
请问在结构优化和紫外光谱计算中,二者可否使用不同的泛函和基组?
比如优化 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-2 03:01:40 | 只看该作者 Only view this author
14xlliu 发表于 2016-3-1 11:37
有没有专门介绍或提供下载主流量化软件的网站?


介绍你在google上一搜就有,wiki和官网都有介绍。免费程序官网都有下载,本论坛也有一些程序的下载。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-2 03:03:43 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2016-2-29 10:10
关于6-311 +G (d,p)基组的适用体系?

这是普适型基组,适用体系太多了,没法列举。几何优化、振动分析、走IRC、能垒计算、激发能计算、弱相互作用计算等等都可以。不过弥散有没有必要加也看情况,不需要弥散的时候加它会多花很多时间,对结果也没什么改进,见
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-2 03:06:44 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-3-1 21:16
请问各位老师,高斯可以能够拟合出XRD图谱或者FTIR或XPS图谱吗,如果可以,是在哪里操作呢?谢谢啦


Gaussian是用来计算振动频率、红外强度的,基于这样的数据可以在Multiwfn或gview等程序中绘制红外光谱,见
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224

XRD用Gaussian不行,Material studio里可能有相关的工具能派上用场。

XPS如果基于koopman近似,就相当于画态密度曲线,用Gaussiand算完了之后把fch文件读入Multiwfn后可以实现,见Multiwfn手册4.10节的例子。准确计算XPS可以用TDDFT,ORCA手册里搜X-ray。
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发表于 Post on 2016-3-2 19:14:58 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-3-2 01:04
你的报错是这一句:Unable to choose the S8 parameter,表示D3里的参数找不到。ωB97XD 本来就标配自带  ...

谢。。。谢。。。老。。。师。。。

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发表于 Post on 2016-3-2 19:15:03 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-3-2 01:04
你的报错是这一句:Unable to choose the S8 parameter,表示D3里的参数找不到。ωB97XD 本来就标配自带  ...

谢。。。谢。。。老。。。师。。。

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发表于 Post on 2016-3-4 02:37:39 | 只看该作者 Only view this author

ONIOM计算出错301

结果显示Atom    41 atomic number  11 has no semi-empirical parameters。
不知道哪里出错了,怎么改?输入文件附上。
# opt=(cartesian,gdiis) freq=noraman oniom(b3lyp/6-31+g(d):am1) optcyc=400
Title Card Required
0 1



谢谢~~  

SWNT8-0 CPE-Na-2.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-4 06:29:43 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2016-3-4 02:37
结果显示Atom    41 atomic number  11 has no semi-empirical parameters。
不知道哪里出错了,怎么改? ...


提示很明显,Na原子没有AM1半经验的参数。可改用更好而且参数更全的PM6
顺带一提,这种体系用ONIOM并不好,把碳纳米管的共轭效应都给破坏了。明显更好的做法是用混合基组,关键部位用6-311G*,不关键的部位用6-31G*乃至3-21G*都可以。并且碳纳米管完全可以取短一些来节省计算量,并且计算的时候碳纳米管边缘一定要用氢饱和,否则不合理。
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发表于 Post on 2016-3-4 06:42:44 | 只看该作者 Only view this author
很感谢您的回复,这种体系用ONIOM不好的话,有什么好的可以推荐吗?用混合基组您是指还是用ONIOM的前提下吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-4 07:40:44 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2016-3-4 06:42
很感谢您的回复,这种体系用ONIOM不好的话,有什么好的可以推荐吗?用混合基组您是指还是用ONIOM的前提下吗 ...


混合基组和ONIOM一点关系也没有。混合基组仅仅是对不同原子用不同基组,整体还都是用DFT泛函描述,对当前情况比ONIOM理想得多,因为这不会破坏碳纳米管的电子结构的共轭,明显比ONIOM那种划片计算smooth得多,用起来更方便,误差更小。而且用混合基组时Gaussian所有功能都能用(比如做波函数分析、产生波函数文件),不像ONIOM那样在功能上有很多限制。
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发表于 Post on 2016-3-4 08:09:28 | 只看该作者 Only view this author
您的意思是整个体系用DFT?这样计算量会不会太大了?如果体系中有的C用6-311G*有的C用6-31G*这样的怎么写输入文件呢?不是一般混合基组都是按元素算,整个C只能用一种基组啊?

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发表于 Post on 2016-3-4 08:36:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-2 03:03
这是普适型基组,适用体系太多了,没法列举。几何优化、振动分析、走IRC、能垒计算、激发能计算、弱相互 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-3-4 08:38:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-4 07:40
混合基组和ONIOM一点关系也没有。混合基组仅仅是对不同原子用不同基组,整体还都是用DFT泛函描述,对当 ...

抱歉,我刚看了您关于混合基组的帖子,我的问题是对于这种原子很多的体系,我能不能把我感兴趣的部分所用的基组列出来,剩下的作为一类,这样不用一个一个写原子序号?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-4 10:19:33 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2016-3-4 08:09
您的意思是整个体系用DFT?这样计算量会不会太大了?如果体系中有的C用6-311G*有的C用6-31G*这样的怎么写输 ...

合理使用混合基组计算量就不会大。而且,你之前用弥散函数,这才容易导致计算量增加甚巨。
Gaussian里可以按照原子在体系里的序号来定义基组,这里写了
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

你可以在gview里用edit-atom selection功能很方便地把要单独设定基组的部分圈出来,得到序号范围,比如1-6,10-11,这可以直接在自定义祭祖时候用
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发表于 Post on 2016-3-4 20:37:03 | 只看该作者 Only view this author

Berny optimization错误

回复在856、857L

输入文件是
%chk=C:\Users\Administrator\Documents\single.chk
# opt=cartesian oniom(b3lyp/6-311g:uff) scrf=(solvent=water,oniompcm=x)
geom=connectivity scf=maxcyc=500

single

-2 1 -2 1 0 1
C-C_R            0   -9.04900000    3.59020000    4.69490000 L
C-C_R            0   -7.94780000    2.52450000    4.54970000 L
C-C_3            0   -6.74240000    2.78350000    3.62590000 L
C-C_R            0   -8.04940000    1.19960000    5.33120000 L
O-O_R            0   -9.20500000    0.96850000    6.27540000 L
O-O_R            0   -7.01520000    0.11970000    5.12350000 L
C-C_3            0   -5.83550000    0.34310000    6.03990000 L
C-C_3            0   -6.00730000   -0.41640000    7.36920000 L
C-C_3            0   -4.67770000   -0.32190000    8.14030000 L
C-C_3            0   -4.67110000   -1.28950000    9.33780000 L
C-C_3            0   -3.27640000   -1.21350000    9.98420000 L
C-C_3            0   -3.13970000   -2.21270000   11.14690000 L
C-C_3            0   -1.70620000   -2.06060000   11.68600000 L
C-C_3            0   -1.48600000   -2.90870000   12.95120000 L
C-C_3            0   -0.05730000   -2.62380000   13.44980000 L
C-C_3            0    0.22430000   -3.36850000   14.76760000 L H-H_ 17
O-O_3            0    1.62750000   -3.03210000   15.21270000 H
P-P_3+q          0    2.03460000   -3.91860000   16.77200000 H
O-O_2            0    3.51767057   -3.49102638   17.33242285 H
O-O_2            0    1.88940000   -5.73100000   16.48720000 H
O-O_2            0    1.10692943   -3.41797362   18.03067715 H
O-O_3            0    2.09290000   -2.55980000   21.73320000 H
O-O_3            0    2.43500000   -6.09110000   20.89270000 H
O-O_3            0    4.72170000   -2.29480000   21.68930000 H
O-O_3            0    5.06380000   -5.82610000   20.84880000 H
O-O_3            0    1.54050000   -3.97600000   19.55020000 H
O-O_3            0    1.68350000   -4.80640000   23.09750000 H
O-O_3            0    4.16930000   -3.71090000   19.50630000 H
O-O_3            0    4.31230000   -4.54140000   23.05360000 H
Zr-              0    3.00990000   -2.04500000   19.94310000 H
Zr-Zr3+4         0    3.35190000   -5.57620000   19.10260000 H
Zr-Zr3+4         0    3.15290000   -2.87540000   23.49030000 H
Zr-Zr3+4         0    3.49490000   -6.40670000   22.64990000 H
H-H_             0   -9.88623052    3.41042077    5.33647968 L
H-H_             0   -8.97723747    4.51077040    4.15425199 L
H-H_             0   -6.08564652    1.93914885    3.65131649 L
H-H_             0   -6.21741435    3.65388967    3.96013327 L
H-H_             0   -7.08695211    2.93734487    2.62464299 L
H-H_             0   -5.83673640    1.38463933    6.28504136 L
H-H_             0   -4.98781281   -0.09064315    5.55184948 L
H-H_             0   -6.74164773    0.11131525    7.94117031 L
H-H_             0   -6.15810316   -1.44742415    7.12599719 L
H-H_             0   -4.63232961    0.66639216    8.54787837 L
H-H_             0   -3.91393828   -0.66049031    7.47177577 L
H-H_             0   -5.37242822   -0.91307806   10.05288409 L
H-H_             0   -4.78509341   -2.27871517    8.94618941 L
H-H_             0   -3.19674796   -0.23727444   10.41494262 L
H-H_             0   -2.57955848   -1.52608781    9.23479974 L
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最后就卡在
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.

大家帮忙看看是什么问题呢


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