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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-3-8 09:33:32 | 只看该作者 Only view this author

优化结构所用基组的选择

各位老师,我是量化新手,在优化结构时我用的基组一般有两个,分别是Hf和b3lyp,理论上B3lyp应该更精确些,但优化结果显示有时Hf更好一些,所以我就想问一下关于基组的选择:每个基组分别适合哪类分子的优化。谢谢各位老师的指导!
If anything is impossible? It should be done!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-8 09:45:09 | 只看该作者 Only view this author
三石草祭 发表于 2016-3-8 09:33
各位老师,我是量化新手,在优化结构时我用的基组一般有两个,分别是Hf和b3lyp,理论上B3lyp应该更精确些, ...


HF和B3LYP是理论,不是基组
HF根本没法用,如果恰好碰到某个体系HF的结果比B3LYP更接近实验值或者更接近于高精度方法算出来的结果,纯属巧合。
泛函的选择在此文说了:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2016-3-8 09:50:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-8 09:45
HF和B3LYP是理论,不是基组
HF根本没法用,如果恰好碰到某个体系HF的结果比B3LYP更接近实验值或者更接 ...

谢谢老师的耐心解答,我仔细看看这篇文章
If anything is impossible? It should be done!!

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发表于 Post on 2016-3-8 15:24:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-7 20:51
先照常做基态DFT计算得到DFT轨道和能量,然后根据现成公式构建TDDFT哈密顿矩阵,通过Davidson迭代等方式 ...

谢谢sob老师!能不能问您一下,哪里有TDDFT矩阵表象的阅读材料?

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发表于 Post on 2016-3-8 16:17:18 | 只看该作者 Only view this author
sub老师您好!我是用orca进行算tddft完成后,想用multiwfn绘制吸收光谱图,请问如何如何将.gbw文件转换成.wfn文件?查过手册说输入命令,不知这个命令在哪里输?在服务器上试了,转不成。刚刚接触orca,请多指教!谢谢老师!不知道帖子发的方式和位置对不对,大家见谅啊!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-8 19:02:03 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-3-8 15:24
谢谢sob老师!能不能问您一下,哪里有TDDFT矩阵表象的阅读材料?

Chem. Rev. 2005, 105, 4009-4037
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-8 19:04:14 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-8 16:17
sub老师您好!我是用orca进行算tddft完成后,想用multiwfn绘制吸收光谱图,请问如何如何将.gbw文件转换成.w ...


绘制光谱跟波函数文件没关系,直接用orca的输出文件作为输入文件,Multiwfn手册3.13.2节写了

PS:不要短时间内同时在群和论坛里问同一个问题,否则得回答两遍
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发表于 Post on 2016-3-8 20:13:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-8 19:02
Chem. Rev. 2005, 105, 4009-4037

sob老师谢谢您,辛苦了!

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发表于 Post on 2016-3-8 23:10:30 | 只看该作者 Only view this author

HOMO能级计算问题

有机光电材料HOMO能级计算,用guassian计算:(命令如下:)

%chk=ZZC-1.chk
%mem=20GB
%nprocshared=24
#p opt freq b3lyp/6-31g(d)

[No Title]

我在gv中改变了一下初始结构,按照上面的方法计算出来得HOMO能级,第一次和第二次有差异。不知道这是什么原因,是初始结构的原因么,是高斯初猜没有找到极小值点的原因么?
但是我用opt+freq优化,都没有虚频?

请哪位大师指点一下!谢谢!

祝:女同胞们女王节快乐!!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-9 06:57:53 | 只看该作者 Only view this author
yezhonghua 发表于 2016-3-8 23:10
有机光电材料HOMO能级计算,用guassian计算:(命令如下:)

%chk=ZZC-1.chk

初始结构不同,可能优化出来不同的极小点;也可能虽然都收敛到了相同极小点,但是由于收敛的数值精度原因,结构有微末的差别。
只要结构不同,HOMO能级就会不同。所以考察为什么两次结果有差异,应该先对比两次opt之后的结构是否有差异。
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发表于 Post on 2016-3-9 09:11:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-8 19:04
绘制光谱跟波函数文件没关系,直接用orca的输出文件作为输入文件,Multiwfn手册3.13.2节写了

PS:不 ...

谢谢老师!非常感谢!

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发表于 Post on 2016-3-9 14:02:06 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,在计算化学反应速率的arrhenius公式中,出现的所谓“激活能”,是对应于高斯中的哪个能量呢?看到有说其实就是activation enthalpy, 那么其实就是对应于高斯中的"Sum of electronic and thermal Enthalpies"吗?  谢谢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-9 15:19:51 | 只看该作者 Only view this author
AMolPC 发表于 2016-3-9 14:02
请问Sob老师,在计算化学反应速率的arrhenius公式中,出现的所谓“激活能”,是对应于高斯中的哪个能量呢? ...


那不叫激活能,叫活化能。
阿伦尼乌斯公式里那个活化能是根据已知的反应速率与温度关系拟合出来的,是个表观的量,并没有严格的物理含义。

过渡态理论的热力学形式和阿仑尼乌斯公式很像,在过渡态理论中对应的那个量是活化自由能,可以参看:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
如果你把公式分开写,也可以定义出活化熵和活化焓。
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发表于 Post on 2016-3-9 15:30:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 AMolPC 于 2016-3-9 16:08 编辑
sobereva 发表于 2016-3-9 15:19
那不叫激活能,叫活化能。
阿伦尼乌斯公式里那个活化能是根据已知的反应速率与温度关系拟合出来的,是 ...

谢谢Sob老师。

那么如果一篇文献分别给出了某个反应的活化能和活化熵,是不是一般可以认为前者活化能即为活化焓?我看到有的文献是拿自己的活化焓和前者活化能比的,而且我用高斯计算的活化焓也与之比较匹配。


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发表于 Post on 2016-3-9 16:39:54 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!我的体系是金属团簇表面吸附氧气,已经在orca程序下,用B3LYP方法,ECP{def2-tzvp,def2-tzvp/J} def2-tzvp def2-tzvp/j对结构进行了优化,现在想做电荷密度和态密度,有几个问题想请教老师:
1.做电荷密度和态密度需要在输入文件中设置关键词,再次计算,还是从优化完的.gbw文件就可以读取?如果是前者,关键词怎么设置?
2.想用Multiwfn来做图,需要用orca的.gbw文件转化,可是由于用了ECP,所以.gbw转化不成.wfn和.molden,该怎么办?不知我理解的对不对?还请老师多多指教,万分感谢!

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