简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-3-9 16:46:01

sobereva 发表于 2016-3-9 06:57
初始结构不同，可能优化出来不同的极小点；也可能虽然都收敛到了相同极小点，但是由于收敛的数值精度原因 ...

soberl老师，按照你的意思，如果opt有差异，应该如何进行调整，或者以那个结果为标准？
谢谢老师！

fankui1990129 · 发表于 Post on 2016-3-9 17:18:46

sob老师您好，我通过TS找到过渡态后计算频率时发现，不仅仅找不到虚频，甚至一个正数频率都没有。而热力学数据都是存在的，请问这个情况正常么？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-3-9 17:30:53

fankui1990129 发表于 2016-3-9 17:18
sob老师您好，我通过TS找到过渡态后计算频率时发现，不仅仅找不到虚频，甚至一个正数频率都没有。而热力学 ...

从来没遇到过，最多遇到过3个虚频，还是因为用了GD3BJ带了Gaussian的Bug。可以检查一下是不是读结构的时候读了错误的Chk文件，用的是没优化过的结构。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-3-9 17:33:32

AMolPC 发表于 2016-3-9 15:30
谢谢Sob老师。

那么如果一篇文献分别给出了某个反应的活化能和活化熵，是不是一般可以认为前者活化能 ...

活化能△E≠和活化焓△H≠相差ZPE和0K-->当前温度的焓差，显然不相等，而且差不少。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-3-9 17:36:10

yezhonghua 发表于 2016-3-9 16:46
soberl老师，按照你的意思，如果opt有差异，应该如何进行调整，或者以那个结果为标准？
谢谢老师！

如果能量差别较大，取能量低的，如果能量差别在RT附近，应当按Boltzmann混合

AMolPC · 发表于 Post on 2016-3-9 19:06:52

liyuanhe211 发表于 2016-3-9 17:33
活化能△E≠和活化焓△H≠相差ZPE和0K-->当前温度的焓差，显然不相等，而且差不少。

按你所说的，应该如何从活化能等反应热力学数据求得活化焓呢？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-3-9 19:58:40

AMolPC 发表于 2016-3-9 19:06
按你所说的，应该如何从活化能等反应热力学数据求得活化焓呢？

频率分析算出来的焓相减。要求高的话用频率校正因子。

fankui1990129 · 发表于 Post on 2016-3-9 21:51:27

liyuanhe211 发表于 2016-3-9 17:30
从来没遇到过，最多遇到过3个虚频，还是因为用了GD3BJ带了Gaussian的Bug。可以检查一下是不是读结构的时 ...

谢谢回复，我已经按照建议操作了。甚至把优化结构单独提取出来，在不同的机组下计算不同的结果，但是都是一样的。而且，如果我不加溶剂模型反而可以正常结束，我把输入文件上传上来了，请您看看是不是我哪里弄错了？

ps：纯新手，还在学习中，可能有些低端错误没有注意到。还望见谅http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2819

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-9 21:53:10

fankui1990129 发表于 2016-3-9 17:18
sob老师您好，我通过TS找到过渡态后计算频率时发现，不仅仅找不到虚频，甚至一个正数频率都没有。而热力学 ...

计算振动对热力学量贡献的时候是忽略虚频的。若真是一个实频都没有的话，由于平动、转动依然会有贡献，所以还是有热力学量的。

fankui1990129 · 发表于 Post on 2016-3-10 00:20:15

隐隐约约记得sob老师在某个地方提过一个软件，判断两个输入文件中的结构是否一样，相似度有多少。可能是我记错了，如果有的话请问什么软件可以实现这个功能？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-3-10 02:00:34

fankui1990129 发表于 2016-3-10 00:20
隐隐约约记得sob老师在某个地方提过一个软件，判断两个输入文件中的结构是否一样，相似度有多少。可能是我 ...

计算一下RMSD就行了http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=RMSD

498746012 · 发表于 Post on 2016-3-10 17:30:49

各位量化前辈：
好！能不能请教一个问题：如何用高斯计算HCOOH=HCOO- + H+,的平衡常数，感觉质子的能量没法算（一个电子都没有）？

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-10 17:44:22

498746012 发表于 2016-3-10 17:30
各位量化前辈：
好！能不能请教一个问题：如何用高斯计算HCOOH=HCOO- + H+,的平衡常数，感觉质子的能 ...

可以算，溶液下质子的能量不为0，因为质子也有溶剂化能。可以看此文了解pka的计算方法

pKa计算综述-Computational estimation of pKa values.pdf (191.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

icc-jly · 发表于 Post on 2016-3-10 19:09:13

用的是高斯的D版本，结构优化出现如下错误，如何解决？
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle 27 - 59 - 57
Tors failed for dihedral    9 - 27 - 59 - 57
Tors failed for dihedral 28 - 27 - 59 - 57
Tors failed for dihedral 58 - 57 - 59 - 27
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /vol-th/opt/GaussianD_01/g09/l103.exe at Thu Mar 10 17:20:56 2016.
Job cpu time:    3 days  0 hours 31 minutes  4.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 971 Int=    0 D2E=    0 Chk=    71 Scr=    1

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-3-10 19:37:09

应该可能是你的结构画错了！我上次也出现过这种情况！

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