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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-3-10 19:43:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-10 17:44
可以算,溶液下质子的能量不为0,因为质子也有溶剂化能。可以看此文了解pka的计算方法

sob老师谢谢您,辛苦了

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发表于 Post on 2016-3-10 23:15:08 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我重复文献上的计算,得不到一样的结果,存在一些误差。他们算出来能垒是27.4,我的只有25kcal/mol左右。请问这样的现象正常么?

顺便问一下,计算化学存在实验化学中常见的系统误差和偶然误差么?

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发表于 Post on 2016-3-10 23:30:04 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2016-3-10 23:15
请问sob老师,我重复文献上的计算,得不到一样的结果,存在一些误差。他们算出来能垒是27.4,我的只有25kca ...

各种方法当然都有其偶然误差,例如每个方法开发的文献上报的各种MUE等等,计算时还可能有数值问题。系统误差在training的时候应当被校正过了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-11 06:23:40 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2016-3-10 23:15
请问sob老师,我重复文献上的计算,得不到一样的结果,存在一些误差。他们算出来能垒是27.4,我的只有25kca ...

和文献结果不同原因很多,用的程序不同,一些细节数值设定不同,用的结构不同等等。很多细节只有作者知道,要重复他们的数据,如果你的计算方式是完全合理的但是就是重复不了,那你就得联系作者了。
2.2 kcal/mol的差异不算小,但你也不能就认为文献中的就是正确的,而把这2.2 kcal/mol当成你的误差。
计算化学没有系统性误差,偶然性误差的讨论见:
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-11 06:25:16 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2016-3-10 19:09
用的是高斯的D版本,结构优化出现如下错误,如何解决?
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optim ...

说明优化过程中有一些构成二面角的原子排成了直线,导致没法计算二面角。
最简单的办法就是opt里加上cartesian用笛卡尔坐标代替默认的冗余内坐标来优化。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-3-11 08:41:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-11 06:25
说明优化过程中有一些构成二面角的原子排成了直线,导致没法计算二面角。
最简单的办法就是opt里加上car ...

谢谢老师,我用了笛卡尔坐标后,出现了这样的类似于死循环的错误,怎么解决?
Coeff-Com: -0.118D-02 0.497D-02 0.284D-01 0.140D+00 0.290D+00 0.540D+00
Coeff:     -0.152D-06 0.158D-04 0.630D-05-0.103D-03-0.339D-03-0.139D-02
Coeff:     -0.118D-02 0.497D-02 0.284D-01 0.140D+00 0.290D+00 0.540D+00
Gap=     0.209 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=1.56D-08 MaxDP=3.93D-06 DE=-1.43D-10 OVMax= 8.63D-09

Cycle  13  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  8.05D-09    CP:  9.99D-01  1.03D+00  5.47D-01  8.93D-01  7.16D-01
                    CP:  7.36D-01  7.79D-01  1.09D+00  1.19D+00  2.23D+00
                    CP:  2.23D+00  1.29D+00

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发表于 Post on 2016-3-11 08:52:49 | 只看该作者 Only view this author

关于结构优化的错误

结构优化时出现如下错误,怎么回事,如何解决?
Number              0
Base            40960
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40960
Rd Pntr         40960
Length          24576
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

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发表于 Post on 2016-3-11 09:07:48 | 只看该作者 Only view this author
往上看可能有提示,上传输出。

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发表于 Post on 2016-3-11 09:08:42 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2016-3-11 08:41
谢谢老师,我用了笛卡尔坐标后,出现了这样的类似于死循环的错误,怎么解决?
Coeff-Com: -0.118D-02 0. ...

这没出错,进程还在跑就不用管

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发表于 Post on 2016-3-11 09:20:45 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-3-11 09:08
这没出错,进程还在跑就不用管

计算自己停掉了

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发表于 Post on 2016-3-11 10:15:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-3-11 10:21 编辑

对于过渡态反应速率计算的疑惑,计算的公式如图所示,部分量的单位为如图所示。Kb*T/h的单位是(J/K*K)/(J*s)=s-1,配分函数的计算部分单位是mol-1,这样之前因子的单位就是s-1*mol-1,而文献中给出之前因子的单位是cm^3*mol-1*s-1,请问我的计算哪里有问题呢?cm^3这个单位是怎么出来的啊?

QQ图片20160311101551.png (44.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

公式

公式

QQ图片20160311101637.png (509 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 24)

单位

单位

QQ截图20160311102017.jpg (48.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

指前因子

指前因子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-11 10:26:03 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2016-3-11 08:52
结构优化时出现如下错误,怎么回事,如何解决?
Number              0
Base            40960

没具体信息没法说,自己说不清楚就把输入输出文件压缩后上传
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小书童 发表于 2016-3-11 10:15
对于过渡态反应速率计算的疑惑,计算的公式如图所示,部分量的单位为如图所示。Kb*T/h的单位是(J/K*K)/(J ...

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发表于 Post on 2016-3-11 11:46:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-3-11 11:55 编辑

指数部分德尔塔V是什么啊?指数部分和之前我发的那个公式还一样吧?我上传了excel,抄了部分您的excel和公式,嘿嘿,您看一下我计算的对吗?

经典过渡态反应速率常数.xlsx

66.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

计算

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本版积分规则 Credits rule

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