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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-17 13:12:57 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2019-4-17 10:04
sob老师,使用大核和小核赝势分别计算了铀酰离子配合物的结合能,结果发现小核赝势下配合物的结合能更大, ...

以小核结果为准
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-4-17 14:57:49 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问对于多数泛函int=ultrafine 和opt=tight搭配更容易收敛,那用m06系列的时候建议用int=ultrafine,此时我要不要搭配opt=tight 呢?

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发表于 Post on 2019-4-17 15:24:20 | 只看该作者 Only view this author

自定义基组出现格式或者内容错误 求助

大家好,之前按照博主http://sobereva.com/60关于自定义基组的输入自定义了def2-tzvp基组,都是从EMSL下下载的相应定义,但是发现关于金这个原子,我把AU-ECP之后删除了,才可以开始运算,不删除的时候总是 出现AU-ECP 3 60
IBasis= 28 is unrecognized in AtmBas.这类的错误,想求助大家是哪里除了问题?
另外,我的输出文件关键词
%chk=TS-o1sol-2.chk
%mem=24GB
%nprocshared=24
#p M06/gen  scrf=(SMD,solvent=dichloromethane)
Title Card Required
1 1


坐标
空行
@/BIGDATA1/software/g09/basis/def2tzvp.gbs


基组4.png (21.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

基组4.png

基组3.png (51.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

基组3.png

基组2.png (56.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

基组2.png

基组1.png (55.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

基组1.png

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发表于 Post on 2019-4-17 15:35:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-4-17 15:37 编辑

没认真看博文。赝势和赝势基组搭配使用。要么用genecp,要么用gen pseudo=read,你光写gen是不够的。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-17 17:41:36 | 只看该作者 Only view this author
ad890 发表于 2019-4-17 15:24
大家好,之前按照博主http://sobereva.com/60关于自定义基组的输入自定义了def2-tzvp基组,都是从EMSL下下 ...

搞清楚gen和genecp的差别
博文里写明了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-17 17:42:44 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2019-4-17 14:57
老师您好,请问对于多数泛函int=ultrafine 和opt=tight搭配更容易收敛,那用m06系列的时候建议用int=ultraf ...

“int=ultrafine 和opt=tight搭配更容易收敛”这是严重误区
收敛限设得更严怎么可能更容易收敛,反而是收敛限更难达到
这是更容易达到没有虚频、更容易得到满足默认收敛限的结构用的关键词
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发表于 Post on 2019-4-17 18:35:30 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2019-4-17 15:35
没认真看博文。赝势和赝势基组搭配使用。要么用genecp,要么用gen pseudo=read,你光写gen是不够的。

你好,我用了genecp也是出现IBasis= 28 is unrecognized in AtmBas这样的错误

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发表于 Post on 2019-4-17 18:36:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-17 17:41
搞清楚gen和genecp的差别
博文里写明了

老师,你好,我用了genecp,也一样出现IBasis= 28 is unrecognized in AtmBas的错误。

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发表于 Post on 2019-4-17 18:53:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-17 17:42
“int=ultrafine 和opt=tight搭配更容易收敛”这是严重误区
收敛限设得更严怎么可能更容易收敛,反而是 ...

谢谢老师,我明白了~

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发表于 Post on 2019-4-17 19:19:52 | 只看该作者 Only view this author

求助,高斯计算是否需要用nosymm

我想模拟的分子结构图如图,然而log文件查看后发现是对称的,pop=npa后发现两边带电量完全一致,这种情况适合用nosymm吗,或者有其他的解决方法吗,求告知。

f17d936bed5cf6766f7325b87a2f983.png (165.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

log

log

343963[1].png (13.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

结构图

结构图

Malachite_green2.gjf

3.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2019-4-17 19:48:20 | 只看该作者 Only view this author
ad890 发表于 2019-4-17 18:36
老师,你好,我用了genecp,也一样出现IBasis= 28 is unrecognized in AtmBas的错误。

感觉你 空行 数目不对,基组和赝势数据之间有空行。需要再仔细对照博文,一行都不能放过,如果不行就上传输入文件让别人帮忙分析。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-17 19:55:56 | 只看该作者 Only view this author
zkc0422 发表于 2019-4-17 19:19
我想模拟的分子结构图如图,然而log文件查看后发现是对称的,pop=npa后发现两边带电量完全一致,这种情况适 ...

nosymm到底是干嘛的,什么时候才需要用仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html

那种人为意淫的Lewis结构式表达的电子结构往往根本就是定性错误的,根本无法作为参考来判断你算的结果是否合理
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发表于 Post on 2019-4-17 20:12:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-17 19:55
nosymm到底是干嘛的,什么时候才需要用仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sob ...

感谢Sob社长

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发表于 Post on 2019-4-17 20:48:01 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2019-4-17 19:48
感觉你 空行 数目不对,基组和赝势数据之间有空行。需要再仔细对照博文,一行都不能放过,如果不行就上传 ...

是的,谢谢了。我之前单独用的时候是有空行的,但是输入到文件里面忘记空行了。现在能算了。谢谢啦。

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发表于 Post on 2019-4-18 22:11:05 | 只看该作者 Only view this author
使用直角坐标和Z-矩阵各有哪些优劣?考虑对称性会为计算带来哪些好处和坏处?

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