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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-4-22 11:08:53 | 只看该作者 Only view this author
zhaoruihua 发表于 2019-4-21 22:36
Sobereva老师您好,         问题1,我用Multiwfn对一个开壳层三重态分子进行轨道定域化,来分析某些原子间 ...

老师我用Multiwfn对一个开壳层三重态分子进行轨道定域化,来分析某些原子间成键断键情况,定域化之后的轨道分为α电子部分和β电子部分两套轨道,这种情况下怎么能把两套轨道合并成一套。

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发表于 Post on 2019-4-22 16:10:08 | 只看该作者 Only view this author
我们在利用ORCA(版本:4.1)计算不同单重态三重态的旋轨耦合矩阵元,计算完毕的out文件中的得知 <S1|H_SO|T2>为48.56 cm-1,

那么,S1和T2的能级是否就是out文件中给出的能级,如S1能级是out输出文件里TD-DFT EXCITED STATES (SINGLETS)中 state 1的4.018 eV?

TD-DFT EXCITED STATES (SINGLETS)和TD-DFT EXCITED STATES (TRIPLETS)给出的是垂直激发能?


--------------------------------
TD-DFT EXCITED STATES (SINGLETS)
--------------------------------

the weight of the individual excitations are printed if larger than 0.01

STATE  1:  E=   0.147646 au      4.018 eV    32404.6 cm**-1
     7a ->   8a  :     0.997245

STATE  2:  E=   0.291103 au      7.921 eV    63889.8 cm**-1
     7a ->   9a  :     0.988321

STATE  3:  E=   0.336237 au      9.149 eV    73795.5 cm**-1
     7a ->  10a  :     0.989724


--------------------------------
TD-DFT EXCITED STATES (TRIPLETS)
--------------------------------

the weight of the individual excitations are printed if larger than 0.01

STATE  1:  E=   0.120912 au      3.290 eV    26537.2 cm**-1
     7a ->   8a  :     0.995400

STATE  2:  E=   0.206193 au      5.611 eV    45254.1 cm**-1
     6a ->   8a  :     0.985587

STATE  3:  E=   0.270099 au      7.350 eV    59279.9 cm**-1
     7a ->   9a  :     0.984799

谢谢!

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发表于 Post on 2019-4-22 19:14:32 | 只看该作者 Only view this author
室温自然条件下下能垒不超过21kcal就可以反应,21kcal是如何推导出来的?

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发表于 Post on 2019-4-22 20:54:45 | 只看该作者 Only view this author

电负性计算时,电离能和亲合能应选取哪种?

请问在计算电负性值的时候,电离能和亲合能的值是用垂直电离能(亲合能)还是绝热电离能(亲合能)?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-23 01:23:07 | 只看该作者 Only view this author
wang_jingrui 发表于 2019-4-22 20:54
请问在计算电负性值的时候,电离能和亲合能的值是用垂直电离能(亲合能)还是绝热电离能(亲合能)?

垂直
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-23 01:24:23 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2019-4-22 19:14
室温自然条件下下能垒不超过21kcal就可以反应,21kcal是如何推导出来的?

算自由能垒,代入到TST公式,看半衰期
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-23 01:25:18 | 只看该作者 Only view this author
zhaoruihua 发表于 2019-4-22 11:08
老师我用Multiwfn对一个开壳层三重态分子进行轨道定域化,来分析某些原子间成键断键情况,定域化之后的轨 ...

我已经说了,波函数分析与Multiwfn的问题应当发到“波函数分析与Multiwfn”板块
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-23 01:29:02 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2019-4-22 16:10
我们在利用ORCA(版本:4.1)计算不同单重态三重态的旋轨耦合矩阵元,计算完毕的out文件中的得知 为48.56 cm- ...

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发表于 Post on 2019-4-23 10:08:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-23 01:24
算自由能垒,代入到TST公式,看半衰期
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.co ...

谢谢Sobereva老师

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发表于 Post on 2019-4-23 11:37:28 | 只看该作者 Only view this author

因为在研究晶体分子间振动模式,想请问像下图这样的gif要怎么用jmol制作,或者是有其他软体可以做到吗?

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发表于 Post on 2019-4-23 17:19:08 | 只看该作者 Only view this author
sober老师想请教您一个问题,我想算一个离子化合物(M+Cl-)的UV吸收,请问用TDDFT算时可以直接算正电荷部分,不考虑氯离子吗?这样是否合理?

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发表于 Post on 2019-4-23 22:56:04 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-4-21 13:36
请教各位老师,如果想计算苯并噻吩和银离子的相互作用,应该选择什么方法和基组?能采用b3lyp/aug-cc-pvdz- ...

请问你是怎么计算他们之间的作用力的?

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发表于 Post on 2019-4-23 23:37:13 | 只看该作者 Only view this author
suifeng 发表于 2015-11-14 14:57
您好,我计算钌多吡啶配合物与DNA的结合,计算TD-DFT完成了,想用得到的chk继续算NTO,但是会提示This type ...

想请教一下你,计算方法,你是先把结构优化收敛,然后就可以计算他们的相互作用吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-24 02:58:08 | 只看该作者 Only view this author
bria6677 发表于 2019-4-23 11:37
因为在研究晶体分子间振动模式,想请问像下图这样的gif要怎么用jmol制作,或者是有其他软体可以做到吗?

看你具体用什么程序做的计算
直接用VMD,或者结合一些特殊的脚本,通过VMD可以做出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-24 02:58:54 | 只看该作者 Only view this author
Unisan 发表于 2019-4-23 17:19
sober老师想请教您一个问题,我想算一个离子化合物(M+Cl-)的UV吸收,请问用TDDFT算时可以直接算正电荷部 ...

可以
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