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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-4-24 09:02:13 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,(溶剂化之前:TS1△G=-38.0 <TS2△G=-37.1; 溶剂化之后:TS1_sov△G=-15.3 >TS2_sov△G=-17.7;)溶剂化之后为什么能量的相对趋势会变化呢(溶剂为DMAc)?

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发表于 Post on 2019-4-24 15:46:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 阿di达思 于 2020-12-11 14:18 编辑

sob老师您好:我想用高斯研究金属与该物质之间作用,您建议采用哪种类型泛函+基组?

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发表于 Post on 2019-4-24 20:57:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-24 02:58
看你具体用什么程序做的计算
直接用VMD,或者结合一些特殊的脚本,通过VMD可以做出来

謝謝老師回答,我是用CRYSTAL算的,我可以利用moldraw這個軟體看它的振動模式,然後可以導出某個頻率下振动的.xyz和.pov檔,好像是1秒給出20個檔案,我想說把.xyz檔都丟進VMD裡面,做成動畫的樣子,但這一步我不曉得該怎麼做?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-24 22:50:03 | 只看该作者 Only view this author
bria6677 发表于 2019-4-24 20:57
謝謝老師回答,我是用CRYSTAL算的,我可以利用moldraw這個軟體看它的振動模式,然後可以導出某個頻率下振 ...

如果你把.xyz文件放到VMD里,选择播放动画就能看到振动动画,那就用oCam之类录屏工具录下来,或者用extensions - visualization - movie maker,把每一帧的图像都导出成bmp文件,然后用ffmpeg之类工具合并成gif动画。这点可以参考此文中的ffmpeg使用部分
使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-24 22:51:04 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2019-4-24 09:02
Sob老师您好,(溶剂化之前:TS1△G=-38.0 TS2_sov△G=-17.7;)溶剂化之后为什么能量的相对趋势会变化呢(溶 ...

本来真空下二者能量差就小,考虑溶剂效应之后能量顺序发生显著变化是非常正常的事情,毕竟每个体系溶解自由能不一样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-24 22:53:10 | 只看该作者 Only view this author
阿di达思 发表于 2019-4-24 15:46
sob老师您好:我想用高斯研究重金属离子(Cu2+和Cr6+)与有机膦酸盐(HEDP)之间的螯合作用,您建议采用哪种 ...

这个问题不够具体,没有体现具体算什么问题、计算条件和要求的精度如何、用什么程序

最一般的情况,建议优化用PBE0-D3(BJ),过渡金属用lanl2TZ或SDD,其它原子用6-311G*。算能量相关问题时,泛函用B2PLYP-D3(BJ),基组用def2-TZVP。
上述计算级别又好又快。当然,也有提升精度的空间但是需要更高耗时。
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发表于 Post on 2019-4-25 19:32:36 | 只看该作者 Only view this author
想问一下,CISD(CID)应该不是exact,但是对于H2分子的energy surface计算,当原子间距很远的时候,得到的能量是-1au,和两个单独氢原子的能量相加一致,但是CID并不是 size consistent,所以不知道该如何解释。

还有就是MP2,在H2 dissociation上的解释为什么会那么差?在H--H距离很远的时候,MP2给的能量偏离的相当远。
谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-26 03:04:46 | 只看该作者 Only view this author
hxy233 发表于 2019-4-25 19:32
想问一下,CISD(CID)应该不是exact,但是对于H2分子的energy surface计算,当原子间距很远的时候,得到的 ...

H2就两个电子,CISD本来就已经是FCI了

距离很远的时候RHF是非常烂的参考态波函数,微扰处理后还是很烂
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发表于 Post on 2019-4-26 09:28:30 | 只看该作者 Only view this author
老师,比较不同多重度的反应路径时(以相对能量值比较),他们的能量起点是以同样的重态的反应物能量为准,还是不同的多重度反应路径按照各自重态的反应物能量为准。例如,(路径A 中,反应物的相对能量和是-20,路径B中,反应物相对能量和是-30,比较的时候是分别减去-20,-30,还是要同一减去其中一个低的?)

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发表于 Post on 2019-4-26 11:07:13 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近在算过渡金属配合物,体系中有过渡金属Mo,镧系元素Sm,还有C,H,O,N,I等其他元素。想请教您一下,优化使用B3LYP方法,基组的话对Mo,Sm,I使用SDD,其他元素使用6-31g**;计算能量使用M06方法,基组的话对Mo,Sm,I使用SDD,其他元素使用6-311++g**;这样搭配是否合理?还有就是想问您一下,在Gaussian中进行计算是否直接使用SDD关键词即可,不必因为有镧系元素而加其他其他关键词吧?谢谢老师

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发表于 Post on 2019-4-26 17:10:30 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,有个问题想请教您:我想计算如附件所示的含环氧官能团的石墨片段对SO2分子的吸附作用(结合能计算),这里石墨分子片段含有单个电子,那我计算时电荷和自旋多重度应该设置为 0 和 2 呢?!

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发表于 Post on 2019-4-26 22:04:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小米浦- 于 2019-4-26 22:06 编辑

老师您好,有个问题想请教您.用PM6计算一个分子,LOG文件显示正常结束了,再Formchk时出现错误。第一次咨询,感谢
D:\DFT-PM6\gjf\2019424-

微信图片_20190426220039.jpg (78.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-27 01:03:21 | 只看该作者 Only view this author
小米浦- 发表于 2019-4-26 22:04
老师您好,有个问题想请教您.用PM6计算一个分子,LOG文件显示正常结束了,再Formchk时出现错误。第一次咨询 ...

如果是g09早期版本,换最新版本再试
我不晓得你把半经验的chk转成fch能有什么实际用途
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-27 01:04:22 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-4-26 09:28
老师,比较不同多重度的反应路径时(以相对能量值比较),他们的能量起点是以同样的重态的反应物能量为准, ...

各自的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-27 01:06:43 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-4-26 11:07
Sob老师好,最近在算过渡金属配合物,体系中有过渡金属Mo,镧系元素Sm,还有C,H,O,N,I等其他元素。想请教您 ...

不合理
过渡金属计算用B3LYP不是什么首选,之后切换成M06也显得莫名其妙,该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

没事甭乱用弥散函数,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
有那额外计算资源还不如考虑提升到def2-TZVP去

基组选择问题仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

不能在route section直接写SDD关键词,否则结果是搞笑的
没看过此文仔细看:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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