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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-27 01:08:18 | 只看该作者 Only view this author
sccc 发表于 2019-4-26 17:10
老师您好,有个问题想请教您:我想计算如附件所示的含环氧官能团的石墨片段对SO2分子的吸附作用(结合能计 ...

算整体,以计算含氧石墨片段时,都设0 2
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-4-27 10:05:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-27 01:06
不合理
过渡金属计算用B3LYP不是什么首选,之后切换成M06也显得莫名其妙,该用什么看
简谈量子化学计算 ...

好的,谢谢老师回复,我再仔细学习一下

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发表于 Post on 2019-4-27 15:38:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-27 01:03
如果是g09早期版本,换最新版本再试
我不晓得你把半经验的chk转成fch能有什么实际用途

谢谢老师回复,想用GUASSIAN view看计算结果,CHK文件打不开

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发表于 Post on 2019-4-27 21:29:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-27 01:08
算整体,以计算含氧石墨片段时,都设0 2

好的!十分感谢老师回复!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-28 04:09:19 | 只看该作者 Only view this author
小米浦- 发表于 2019-4-27 15:38
谢谢老师回复,想用GUASSIAN view看计算结果,CHK文件打不开

要么机子里没装Gaussian,要么版本和产生chk的不对应,导致gview打开chk时没法自动通过Gaussian下的formchk转换成fch
如果解决不了,自行把chk文件转成fch之后再载入gview,怎么转换这里专门说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

那叫GaussView,不要给这个程序起其它名字

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发表于 Post on 2019-4-28 16:29:09 | 只看该作者 Only view this author
Sobereva老师,我在用nbo6算nbo轨道的时候遇见这样一个问题。一个开壳层三重态的体系中,一个金属-氧sigama键,只在β那套NBO轨道中有这个键的轨道,在
α那套NBO轨道中却找不到这个sigama键的轨道。按理说sigama键中应该有一对电子,如果β那套NBO轨道中有,那么α那套NBO轨道也应该有。老师这种情况是怎么造成的。

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发表于 Post on 2019-4-28 16:32:25 | 只看该作者 Only view this author
Sobereva老师,闭壳层做tddft时多重度给1和3分别算单重态和三重态,那对于自由基分子算二重态和四重态是分别给2和4吗?我给2做tddft根据<S**2>判断出现了<S**2>=2.75的态,既不是纯的二重态,也不是纯的四重态

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发表于 Post on 2019-4-28 18:48:12 | 只看该作者 Only view this author
Sobereva老师运行AdNDP时遇到这样一个报错,进入Multifin 14-2-2,已挑除1c、2c轨道,按第三次2时遇到这样一个报错,三重态67个原子,其中有一个金属原子其他的都是非金属

8888821K6BO8UBA{~PB%OW3.png (5.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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发表于 Post on 2019-4-28 21:46:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-28 04:09
要么机子里没装Gaussian,要么版本和产生chk的不对应,导致gview打开chk时没法自动通过Gaussian下的formc ...

不好意思啊,刚接触这个,有一些东西概念不是很清楚。我想请教的是用G09算完了以后得到的chk文件,通过FORMCHK转换成FCHK文件时出错,但是把CHK转发给别人准换,就能得到正常的FCHK文件,另一方面我的这个CHK文件大概有有100M,但是比较小的分子计算的CHK在我们组的服务器上时可以正常转换的。因为不是懂这个,麻烦了

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发表于 Post on 2019-4-28 21:50:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-28 04:09
要么机子里没装Gaussian,要么版本和产生chk的不对应,导致gview打开chk时没法自动通过Gaussian下的formc ...

Sobereva老师,我在转换时用的都是linux系统下的FROMCHK,可能是您之前提的版本的问题吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-29 04:41:17 | 只看该作者 Only view this author
zhaoruihua 发表于 2019-4-28 18:48
Sobereva老师运行AdNDP时遇到这样一个报错,进入Multifin 14-2-2,已挑除1c、2c轨道,按第三次2时遇到这样一 ...

本帖1L写明了,Multiwfn相关问题发到Multiwfn板块
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zhaoruihua 发表于 2019-4-28 16:29
Sobereva老师,我在用nbo6算nbo轨道的时候遇见这样一个问题。一个开壳层三重态的体系中,一个金属-氧sigama ...

波函数分析板块有专门的NBO分类,发到那里
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小米浦- 发表于 2019-4-28 21:46
不好意思啊,刚接触这个,有一些东西概念不是很清楚。我想请教的是用G09算完了以后得到的chk文件,通过FO ...

formchk怎么转换,该注意什么问题此文写明了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-29 04:43:58 | 只看该作者 Only view this author
haha 发表于 2019-4-28 16:32
Sobereva老师,闭壳层做tddft时多重度给1和3分别算单重态和三重态,那对于自由基分子算二重态和四重态是分别 ...

闭壳层体系TDDFT算三重态激发态应当写TD(triplet)而不是写3

仔细把此文看了就都明白了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

2.75这种什么都不是,不要讨论
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发表于 Post on 2019-4-29 21:56:21 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,看了“简谈量子化学计算中DFT泛函的选择,http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html” 对应下图中不是纯有机化合物,也不算是过渡金属配合物,我们要计算这样化合物的单重态和三重态的能级,以及不同单重态和三重态之间的旋轨耦合矩阵元。
基组我们打算使用def/def2系列,请问下选择什么的泛函比较合适?谢谢

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