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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-30 04:24:11 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2019-4-29 21:56
卢老师好,看了“简谈量子化学计算中DFT泛函的选择,http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html” 对应下 ...

和有机的情况一样,文中说的有机更确切来说是指主族元素
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-4-30 12:57:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-30 04:24
和有机的情况一样,文中说的有机更确切来说是指主族元素

谢谢sobereva老师指导!

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发表于 Post on 2019-4-30 14:07:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 阿di达思 于 2020-12-11 14:17 编辑

sob老师您好:我想用Gaussian 09(硬件配置一般/单机)算一下该分子和质子化的三种阴离子的几何构型优化,各分子的键参数、非氢原子的Mulliken电荷布居、相关原子上的亲核Fukui指数等一系列量子化学参数,还有各分子的最低空轨道能量(LUMO)、最高被占轨道能量(HOMO)、轨道能隙差(△E)、偶极矩u以及前线轨道组成与各原子的贡献关系等参数。目的是通过对比四种形态的参数来评价吸附反应的效果。
请问:
1:四种结构(分子形态,去一个H,去两个H,去三个H的阴离子形态)的自旋多重度分别为多少?
2:您建议采用什么泛函+机组最合适? (阴离子需要加弥散函数,分子形态的需要加吗?四种形态是不是需要采用相同的泛函+机组才能进行比较)
3:上述哪些计算可以用Multiwfn程序解决?

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发表于 Post on 2019-4-30 22:34:49 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!您在帖子中讲orca安装的时候用到openmpi313,在讲molpro的安装时用到openmpi-1.4.3,能不能不用装openmpi-1.4.3,因为我的orca和molpro都在同一目录下,只装openmpi313可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-1 06:13:29 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-4-30 22:34
sob老师您好!您在帖子中讲orca安装的时候用到openmpi313,在讲molpro的安装时用到openmpi-1.4.3,能不能不 ...

3.1.3下用molpro能否并行成功你得试一下,不行的话还是得装两套openmpi
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-1 06:36:07 | 只看该作者 Only view this author
阿di达思 发表于 2019-4-30 14:07
sob老师您好:我想用Gaussian 09(硬件配置一般/单机)算一下HEDP分子和去质子化的三种阴离子的几何构型优化 ...

1 数一下电子数便知。偶数的话是单重态,奇数的话是二重态。

2、3 用B3LYP/6-311+G**优化,再用def2-TZVPD算一次单点,得到HOMO、LUMO、HOMO-LUMO gap、偶极矩。但是def2-TZVPD带弥散函数,此时没法计算Mulliken布居。我不知道你实际想研究什么,如果要算原子电荷,建议用Multiwfn算ADCH电荷或RESP电荷。算轨道上各个原子的贡献用Multiwfn基于Hirshfeld或Becke方法考察
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发表于 Post on 2019-5-1 08:01:40 | 只看该作者 Only view this author
Sob大佬,请教一下
为什么DFT包括了短距离上的色散(short-range dispersion)而没有包含长距离上的色散作用(long-range dispersion)?
短距离的色散作用是不是被包含进了 交换-相关能 那一部分了?
如果有哪本教材有解释的话也请麻烦告知一下。。多谢多谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-1 09:08:06 | 只看该作者 Only view this author
hxy233 发表于 2019-5-1 08:01
Sob大佬,请教一下
为什么DFT包括了短距离上的色散(short-range dispersion)而没有包含长距离上的色散作 ...

顶多能说由于目前泛函的相关势的渐进行为不合理,所以长程相关作用描述不足,对色散作用描述不佳。但这也明显要分泛函,诸如M06-2X、双杂化泛函描述长程色散作用也不错

色散作用的本质就是电子库仑相关,这里说了
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
你姑且可以认为由于目前的泛函对于近程相关作用都能定性正确描述,所以所谓的“近程色散作用”都能描述
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发表于 Post on 2019-5-1 12:37:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-1 06:13
3.1.3下用molpro能否并行成功你得试一下,不行的话还是得装两套openmpi

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-5-1 12:50:26 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!sobMECP中的extract_gradient的        if (($1 == "Center") && ($2 == "Atomic") && ($3 == "Forces")) {
                getline
                getline
                for (i=1; i<=nat; i++) {
                        getline
                        print $2 "  " $3 "   " $4 "   " $5
如何解读呀?它是用来跟踪Input_Header_A的电子态还是Input_Header_B的电子态?

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发表于 Post on 2019-5-1 13:21:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wxhwbh 于 2019-5-1 13:24 编辑

sob老师好。如果体系含有重原子,用的是def2基组优化过,想问问计算NICS时,赝势会造成什么影响吗?
贫困U 退学与疯子工程学院

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-1 13:49:44 | 只看该作者 Only view this author
wxhwbh 发表于 2019-5-1 13:21
sob老师好。如果体系含有重原子,用的是def2基组优化过,想问问计算NICS时,赝势会造成什么影响吗?

没影响
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发表于 Post on 2019-5-1 21:56:17 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在服务器上用高斯计算时候,在/tmp文件夹下突然出现很多类似日志的文件,在之前是没有的,而且只有root用户的权限,这个该怎么删除啊attach://18831.png

微信截图_20190501214059.png (31.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

微信截图_20190501214059.png

微信截图_20190501215546.png (60.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

微信截图_20190501215546.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-2 05:20:01 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2019-5-1 21:56
老师,我在服务器上用高斯计算时候,在/tmp文件夹下突然出现很多类似日志的文件,在之前是没有的,而且只有 ...

也没多大,不管它也没事
要删除直接在此目录下rm -f *就完了
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发表于 Post on 2019-5-2 09:51:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我最近在研究一个O2的解离反应。因为是在单金属活性位点解离,我感觉很可能没有过渡态。打算做一个柔性扫描,但是O2解离前后的自旋发生了变化,那应该怎么办呢?

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