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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-23 22:34:53 | 只看该作者 Only view this author
努力努力再努力 发表于 2019-8-22 14:15
用Mulitwfn 转化出来的是opt.inp 但是运行orca 就变成了这样

明显多写了一次.inp
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发表于 Post on 2019-8-23 23:34:43 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用高斯DFT研究一个化学反应,讨论各反应物,中间体,产物,过渡态,反应能垒。反应物A,B,中间体C,产物D,A+B反应生成C后反应生成D,最低能量的A和B一个是单态,一个是三态;C是单态;D也是单态。请问老师:
(1)这种反应前后自旋态不一致的情况都取能量最低的态算能垒对吗?
(2)什么情况考虑自旋翻转、势能面交叉和自旋态守恒呢?
(3)如果两个二重态反应物反应生成一个单重态产物的情况又当如何?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-23 23:50:45 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-23 23:34
请问老师,用高斯DFT研究一个化学反应,讨论各反应物,中间体,产物,过渡态,反应能垒。反应物A,B,中间体 ...

建议先看看此文了解相关知识
Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-24 00:52:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2019-8-24 11:38 编辑

老师,看一下这个过渡态结构是不是C-H键活化的过渡态?感觉振动有点不对啊,振动的方向和irc不一致。

22.zip

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ts irc

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发表于 Post on 2019-8-24 01:46:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,我准备用gaussian + pysoc的方法计算旋轨耦合,在TDDFT计算时我用了ONIOM的方法简单建立了QM/MM模型进行计算,但是得到的gaussian.log和gaussian.rwf好像无法被pysoc运行读取。

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发表于 Post on 2019-8-24 12:21:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-22 11:39
仔细看此文开头的字
《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-8-24 14:31:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-23 23:50
建议先看看此文了解相关知识
Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-8-24 22:05:37 | 只看该作者 Only view this author
想问一个挺基础的问题,比如说气相做了一个丙氨酸的结构优化,然后用这个结构加上溶剂模型(比如说SMD水作溶剂),优化结束后会变成两性离子的结构吗。就是说量化软件会自动调整质子让他处于一个更稳定的结构吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-25 00:51:44 | 只看该作者 Only view this author
severus 发表于 2019-8-24 22:05
想问一个挺基础的问题,比如说气相做了一个丙氨酸的结构优化,然后用这个结构加上溶剂模型(比如说SMD水作 ...


但也有可能由于存在局部极小点,导致没自发转移过去。但肯定转移过去是能量最低的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-25 00:52:47 | 只看该作者 Only view this author
ChstJoey 发表于 2019-8-24 01:46
老师,我准备用gaussian + pysoc的方法计算旋轨耦合,在TDDFT计算时我用了ONIOM的方法简单建立了QM/MM模型 ...

ONIOM肯定不行,此时很多正常计算时候该有的波函数信息都没有,格式也和常规时候不同。如果你只是想表现MM原子产生的静电作用,直接用背景电荷描述即可。
要么就改用ORCA,已经直接原生支持了QMMM
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-25 00:55:01 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-8-24 00:52
老师,看一下这个过渡态结构是不是C-H键活化的过渡态?感觉振动有点不对啊,振动的方向和irc不一致。

我没发现和振动方向不一致的问题。看着是一致的
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发表于 Post on 2019-8-25 16:26:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-25 00:52
ONIOM肯定不行,此时很多正常计算时候该有的波函数信息都没有,格式也和常规时候不同。如果你只是想表现M ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-8-26 19:32:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-23 22:34
明显多写了一次.inp

谢谢老师 问题已解决

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发表于 Post on 2019-8-26 21:43:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-25 00:55
我没发现和振动方向不一致的问题。看着是一致的

老师,振动方向是氢已经从碳原子脱下来后在振动(不是C-H键断裂的振动),但是irc里面包括C-H键断裂和断裂后氢原子的振动。这样奇怪的过渡态好像不应说明C-H键的断裂。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-27 00:44:25 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-8-26 21:43
老师,振动方向是氢已经从碳原子脱下来后在振动(不是C-H键断裂的振动),但是irc里面包括C-H键断裂和断 ...

虚频仅仅是通过TS这一个点的信息判断,而IRC相当于通过所有点一起来判断,前者容易有直觉的误差。IRC走通了就行了,不要管虚频模式
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