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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-3-15 07:45:39 | 只看该作者 Only view this author
请问,同样的初始构型,同样的B3lyp计算方法,gaussian 09能正常优化出结果构型,而orca优化几步构型就跑散了,请问这个问题应该如何解决?

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发表于 Post on 2016-3-15 08:52:05 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!我用orca优化单个Pt原子出现下面错误该怎么解决?Pt原子吸附氧气的结构和其他结构在同样的参数设置下都可以正常完成。
Calculating the G-matrix                .... ERROR       : GSTEP Program returns an error
              cannot continue with the optimization
COMMAND     : /lustre/software/orca_3_0_3_linux_x86-64/orca_gstep Pt1-2.ginp.tmp
RETURN CODE : 15872
以下是我的输入文件:
! RIJCOSX UKS b3lyp grid4 ECP{def2-tzvp,def2-tzvp/J} def2-tzvp def2-tzvp/j tightscf d3bj SLOWCONV NOFinalGrid opt
#!moread
#%moinp "Pt1-2.gbw"
%pal nprocs 32
     end
%scf
MaxIter 1000
GuessMode CMatrix
end
* xyz 0 3
Pt  3.4916114350  3.9580297796  0.0000000000
*
谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 09:17:19 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-3-15 07:45
请问,同样的初始构型,同样的B3lyp计算方法,gaussian 09能正常优化出结果构型,而orca优化几步构型就跑散 ...

大抵是关键词不对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 09:18:02 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2016-3-15 01:07
谢谢您的回复,只是不知道在要在哪里算。。我看到网上有免费的MOPAC下载,是要在单机上算吗?那岂不是专 ...


MOPAC算得快得很,一台PC足矣,参看
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
而且MOPAC并行效率不怎么样,很多核的服务器也并不比PC有多大优势(主频相仿佛的时候)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 09:19:20 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-15 08:52
sob老师您好!我用orca优化单个Pt原子出现下面错误该怎么解决?Pt原子吸附氧气的结构和其他结构在同样的参 ...

就一个原子优化什么?起码得两个原子才能谈优化。
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发表于 Post on 2016-3-15 09:20:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-15 09:19
就一个原子优化什么?起码得两个原子才能谈优化。

老师,那它的能量怎么得到,单点吗?谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-3-15 09:49:46 | 只看该作者 Only view this author
请问用高斯做分子的几何优化结果出现断键是什么原因?谢谢!

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发表于 Post on 2016-3-15 09:53:59 | 只看该作者 Only view this author

老师好,之前没写过输入文件,在windows下用gauss view画图提交的,Linux是要自己写关于坐标的输入文件?非常感谢老师!

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发表于 Post on 2016-3-15 10:23:27 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!用ORCA优化后得到的.gbw 文件转换成.molden文件导入Multiwfn做ADCH布居,得到.chg文件后怎么可视化?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 10:38:52 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-15 09:20
老师,那它的能量怎么得到,单点吗?谢谢老师!

单点
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 10:39:36 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-15 10:23
sob老师您好!用ORCA优化后得到的.gbw 文件转换成.molden文件导入Multiwfn做ADCH布居,得到.chg文件后怎么 ...

没法可视化。
你也可以把ADCH电荷拷到高斯输出文件里的Mulliken电荷部分,然后在gview里用result-charge distribution,显示Mulliken电荷,来将ADCH直接标在图上
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 10:40:12 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2016-3-15 09:53
老师好,之前没写过输入文件,在windows下用gauss view画图提交的,Linux是要自己写关于坐标的输入文件? ...

你在windows下用gview画好结构,保存为.gjf文件,添加进去要用的关键词,放到linux下运行就完了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 10:41:26 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2016-3-15 09:49
请问用高斯做分子的几何优化结果出现断键是什么原因?谢谢!

模型不合理或者关键词不合理,导致优化完了原子间距离过长,超过了判断为成键的距离标准。
但有些时候gview的距离判断标准也不合理,此时没判断出成键也没关系,凭化学直觉觉得键长合理就行。
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发表于 Post on 2016-3-15 10:53:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-15 10:39
没法可视化。
你也可以把ADCH电荷拷到高斯输出文件里的Mulliken电荷部分,然后在gview里用result-charge ...

谢谢老师!可是老师我使用orca算的,怎么办?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 14:17:49 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-15 10:53
谢谢老师!可是老师我使用orca算的,怎么办?谢谢老师!

那你就用PM6半经验方法在Gaussian里算个单点,瞬间就算完了,然后把ADCH电荷代换到里面去
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