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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-3-11 12:10:32 | 只看该作者 Only view this author
yezhonghua 发表于 2016-3-10 19:37
应该可能是你的结构画错了!我上次也出现过这种情况!

不一定是画错了,只不过正好直线了而已

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发表于 Post on 2016-3-11 14:49:15 | 只看该作者 Only view this author
各位量化前辈:
    好!想请教一个问题:gaussview能不能显示scf循环的能量形成一个曲线类似于优化曲线,如果不能有没有其他解决方法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-11 14:55:40 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-3-11 14:49
各位量化前辈:
    好!想请教一个问题:gaussview能不能显示scf循环的能量形成一个曲线类似于优化曲线, ...

用Multiwfn可以显示,看Multiwfn手册3.100.6节的说明,gview做不到。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-11 14:57:15 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-3-11 11:46
指数部分德尔塔V是什么啊?指数部分和之前我发的那个公式还一样吧?我上传了excel,抄了部分您的excel和 ...

经典势垒。实际计算时用过渡态的U(0)减去反应物的U(0)
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发表于 Post on 2016-3-11 16:03:50 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!用orca算完tddft后,发现振子强度小怎么回事?
体系是金属团簇吸附氧气,只有金属团簇时(9个金属原子),振子强度最大为0.027,在此基础上吸附氧气后,振子强度最大为0.009;
并且随着金属原子数的增加,本身金属团簇和吸附氧气后的振子强度都有逐渐减小的趋势,这是怎么回事?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-11 16:40:57 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-11 16:03
老师您好!用orca算完tddft后,发现振子强度小怎么回事?
体系是金属团簇吸附氧气,只有金属团簇时(9个金 ...

这不好说,可以看看轨道图形,比较一下金属原子增加后,激发前后的轨道特征有没有变化,比如是否CT特征增强了之类。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-3-11 16:48:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-11 16:40
这不好说,可以看看轨道图形,比较一下金属原子增加后,激发前后的轨道特征有没有变化,比如是否CT特征增 ...

非常感谢sob老师!现在想做分子轨道,我在输入文件中设置了
%output
print【P_Basis】2
print【P_Mos】1
.out文件中有输出轨道信息,怎么可视化?看手册写的输命令orca_plot gbefile -i ,请问这个在哪里输?服务器上输了可是提示没有这个命令,是哪里出错了?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-11 17:17:21 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-11 16:48
非常感谢sob老师!现在想做分子轨道,我在输入文件中设置了
%output
print【P_Basis】2


看orca得到的分子轨道用Multiwfn是最好的选择,将orca产生的gbw文件转换成.molden文件(做法见Multiwfn手册第四章开头),然后用Multiwfn载入之,进主功能0就能看了。
详见
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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发表于 Post on 2016-3-11 17:36:07 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用的是b3lyp,ECP{def2-tzvp,def2-tzvp/J} def2-tzvp def2-tzvp/j进行的计算,由于使用了ECP,.gbw文件转换不成.wfn,不知.modlen能不能转换成功,我先试试,很喜欢用Multiwfn,希望可以转换成功!谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2016-3-11 18:05:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-11 14:55
用Multiwfn可以显示,看Multiwfn手册3.100.6节的说明,gview做不到。

sob老师谢谢您!

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发表于 Post on 2016-3-11 20:22:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-11 17:17
看orca得到的分子轨道用Multiwfn是最好的选择,将orca产生的gbw文件转换成.molden文件(做法见Multiwfn ...

sob老师,已经转成.molden文件了,用Multiwfn最方便了!谢谢老师!万分感谢!

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发表于 Post on 2016-3-11 21:51:28 | 只看该作者 Only view this author
sob老师:
    您好!我用您的sobMECP软件,在运行ProgFiile时出现,以下出错信息
./ProgFile: line 1: Title: command not found
./ProgFile: line 2: Number: command not found
./ProgFile: line 3: 3: command not found
./ProgFile: line 4: Number: command not found
./ProgFile: line 5: 0: command not found
./ProgFile: line 6: Is: command not found
./ProgFile: line 7: 0: command not found
./ProgFile: line 8: Geometry:: command not found
./ProgFile: line 9: 6: command not found
./ProgFile: line 10: 1: command not found
./ProgFile: line 11: 1: command not found


这该如何解决?

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发表于 Post on 2016-3-11 21:55:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师:
    您好!我的权限设置是755

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发表于 Post on 2016-3-12 01:18:55 | 只看该作者 Only view this author

Log文件在gv里打不开

Log文件在gv里打不开,提示如下图所示,找到59340行后,发现该行显示 Cartesian Forces:  Max *************** RMS ***************,请指示~(本想附上log,可提示文件太大。。)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-12 09:04:39 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-3-11 21:51
sob老师:
    您好!我用您的sobMECP软件,在运行ProgFiile时出现,以下出错信息
./ProgFile: line 1: T ...

ProgFile不是你要运行的,这是进度文件,是你能够用文本编辑器打开来查看监控当前计算进度的。
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