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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-3-21 10:05:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fzmn 于 2016-3-21 10:22 编辑

请问molclus+gaussian得到的低能结构需要进行频率计算吗?用Linux下进行频率计算得到的.out文件可以在Windows下看红外光谱?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-21 11:40:22 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2016-3-21 10:05
请问molclus+gaussian得到的低能结构需要进行频率计算吗?用Linux下进行频率计算得到的.out文件可以在Windo ...

做不做都可以,看你的目的,为了验证是极小点一般还是要做的。
可以看红外光谱,out文件是文本文件,能够跨平台
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-21 11:43:52 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-3-21 08:44
sob老师:
    您好!进行NPA原子电荷计算,是不是只在#行加上pop=NPA,其他地方和溶剂校正的一样?如何在g ...


价是人类脑补出来的概念,原子电荷不可能和价态对应那么好,何况不同原子电荷计算方法算的结果也差异很大,见《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)。量化里没有价的概念。

就加pop=NPA就完了,溶剂不溶剂和这不冲突。
NPA电荷就是输出文件里的natural charge下面的,没必要非在gview里看。要在里面看用result-charge distribution选NBO charge
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-21 11:45:46 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2016-3-21 02:58
我加了freq在算单点的时候,因为要读Sum of electronic and thermal Free Energies

帖子不要零碎地发,要把语句整理在一起,否则回复起来很累很费时间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-21 11:51:39 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2016-3-21 03:09
勒个。。。我要得到溶剂效应下的吉布斯自由能好像只能按照你说的这个了,因为我算单点的时候加了freq发现 ...

单点就是单点,freq就是freq,两种不同的任务,根本没法说单点能不能加freq。不要听信网上的乱七八糟言论
freq在什么级别下(包含溶剂设定)做,就必须先在什么级别下优化,否则虚频很难避免
高精度单点能,是指你在气相下用高精度方法算出来的单点能
溶解自由能的计算你用首页的google框在本论坛里多搜搜,之前讲解过很多次了。通常用SMD结合M052X/6-31G*来算,溶剂下减去气相下的单点能的差值即是。
Thermal correction to Gibbs Free Energy是

你的目的是算最终的溶剂下的自由能,包含气相单点能、气相下自由能校正能、溶解自由能。单点能级别越高越好;自由能校正能由freq任务给出,没必要太高级,B3LYP/6-31G*结合校正因子得到的结果比你用更高级别算出来的不会更差;SMD溶剂模型是给一些级别参数化过的,M052X/6-31G*是其最理想的参数化的级别,你用其它理论方法和基组结合SMD算出来的溶解自由能会更差。
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发表于 Post on 2016-3-21 14:41:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-21 11:40
做不做都可以,看你的目的,为了验证是极小点一般还是要做的。
可以看红外光谱,out文件是文本文件,能 ...

请问老师,可以在template文件中写关键词freq,然后用molclus调用高斯进行计算吗?谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-3-21 15:02:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-6 02:08
基组定义严重不合理。都没给碳定义基组,而且O和P用的6-31G太烂。

PS:当附件较大,对于文本文件来 ...

sob老师您好,我重新定义了基组,但是优化到最后提示l9999,遇到这样的能量震荡是应该增加步长还是调整初始结构呢?

Documents.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-21 16:02:55 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-3-21 15:02
sob老师您好,我重新定义了基组,但是优化到最后提示l9999,遇到这样的能量震荡是应该增加步长还是调整初 ...

典型的震荡不收敛,从40步就看出来了,所以用什么maxcyc=几百纯粹只能是浪费时间,切勿随意加这种关键词。
怎么解决看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
最好甭用ONIOM而改用混合基组,尾巴那块区域用3-21G。ONIOM能不用就不用。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-21 16:04:20 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2016-3-21 14:41
请问老师,可以在template文件中写关键词freq,然后用molclus调用高斯进行计算吗?谢谢老师!

可以
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发表于 Post on 2016-3-21 19:37:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-21 11:43
价是人类脑补出来的概念,原子电荷不可能和价态对应那么好,何况不同原子电荷计算方法算的结果也差异很 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-3-21 20:47:28 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师或其他老师:

我一直没有完全搞明白Pop和density这两个关键词对out文件和chk文件的影响,以及它们在Multiwfn使用时需要主要的地方。虽然也看了高斯的官方说明和Multiwfn的手册,但还是云里雾里的。。。

1. 加不加Pop关键词,out文件都有Population analysis,加了关键词后多出了Molecular Orbital Coefficients内容。现在的问题是:加和不加Pop关键词,对哪些Multiwfn的计算有影响?加不加Pop对chk文件有什么影响?

2. Density这个关键词,对于HF方法,似乎都是不用加的,布局分析用的是HF的,也就是SCF的,对于DFT,无论加不加density,布局分析似乎也是SCF的; 对于TDDFT,如果没加density关键词,采用的还是SCF的,如果加了density,布局分析则采用CI 密度的,这样理解对不对?另外,加不加density,对chk文件有何影响?

谢谢了!

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发表于 Post on 2016-3-21 21:01:44 | 只看该作者 Only view this author
请问sob大大 这个东西弹出来如果点OK会对后面的计算有影响吗?

QQ截图20160321203723.jpg (96.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

QQ截图20160321203723.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-21 23:38:05 | 只看该作者 Only view this author
节奏旅行家 发表于 2016-3-21 21:01
请问sob大大 这个东西弹出来如果点OK会对后面的计算有影响吗?

不用管
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-21 23:44:12 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2016-3-21 20:47
Sob老师或其他老师:

我一直没有完全搞明白Pop和density这两个关键词对out文件和chk文件的影响,以及它 ...

1 pop=xxx对Multiwfn任何计算都没影响,除非手册里特别提到。对chk文件没任何影响,因为它只影响输出文件里的信息。
2 理解对。写了density,对后HF计算就会把密度矩阵写到chk里,但是Multiwfn并不会利用密度矩阵信息,因为它只从chk里读取轨道。
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发表于 Post on 2016-3-22 00:00:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-21 15:44
1 pop=xxx对Multiwfn任何计算都没影响,除非手册里特别提到。对chk文件没任何影响,因为它只影响输出文件 ...

现在明白了,谢谢!

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