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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-3-15 16:41:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-15 10:40
你在windows下用gview画好结构,保存为.gjf文件,添加进去要用的关键词,放到linux下运行就完了。

好的,非常感谢老师的耐心解答!

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发表于 Post on 2016-3-15 16:44:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-15 10:41
模型不合理或者关键词不合理,导致优化完了原子间距离过长,超过了判断为成键的距离标准。
但有些时候gv ...

懂啦,谢谢老师的耐心解答!

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发表于 Post on 2016-3-16 11:14:37 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用高斯进行频率分析,怎样从结果中看某个键的振动频率?谢谢!

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发表于 Post on 2016-3-16 12:46:43 | 只看该作者 Only view this author

优化激发态

老师 我优化激发态 四个收敛限中 后两项YES 前两项总是NO 有什么解决办法吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-16 12:55:53 | 只看该作者 Only view this author
zhuxiaodiu 发表于 2016-3-16 12:46
老师 我优化激发态 四个收敛限中 后两项YES 前两项总是NO 有什么解决办法吗

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

如果已经能满足loose收敛限的话,就当成收敛也可以,继续优化结构通常已经不会有肉眼可查觉的改变了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-3-16 15:20:26 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢老师耐心的指点,

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发表于 Post on 2016-3-16 16:04:08 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好!请问怎么用orca做nbo电荷分析?查手册上面说在输出控制中加NPA或者NBO,但是发现输入文件有两种,不知是哪种?
! RIJCOSX UKS b3lyp grid4 ECP{def2-tzvp,def2-tzvp/J} def2-tzvp def2-tzvp/j tightscf d3bj SLOWCONV NOFinalGrid NBO XYZFile  
%pal nprocs 24
     end
%scf
MaxIter 1000
GuessMode CMatrix
end
* xyz 0 3
......
*
还有一种是:
! RIJCOSX UKS b3lyp grid4 ECP{def2-tzvp,def2-tzvp/J} def2-tzvp def2-tzvp/j tightscf d3bj SLOWCONV NOFinalGrid  
%pal nprocs 24
     end
%output
  Print[P_NBO]
end
%scf
MaxIter 1000
GuessMode CMatrix
end
* xyz 0 3
......
*是不是把这些正确的输入文件再跑一遍,然后将产生的.47文件导入gennbo中去分析?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-16 16:46:04 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-16 16:04
sob老师好!请问怎么用orca做nbo电荷分析?查手册上面说在输出控制中加NPA或者NBO,但是发现输入文件有两种 ...

第一个。正常情况下,ORCA直接就调用NBO程序产生NPA电荷了,都不用得到.47再用GENNBO
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-3-16 17:28:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-16 16:46
第一个。正常情况下,ORCA直接就调用NBO程序产生NPA电荷了,都不用得到.47再用GENNBO

好的,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2016-3-17 11:01:49 | 只看该作者 Only view this author

高斯输入文件的内存

%mem=100MW  高斯输入文件的内存最大可以设多少?我用oniom算的体系总原子数是258,我应该设多大的内存? %mem=100MW 这是我输入文件设的内存

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发表于 Post on 2016-3-17 11:17:29 | 只看该作者 Only view this author

老师再补充一个问题,对于一个有多个中间体的反应,要计算这个反应的化学反应速率,是计算出活化能最大的那一步反应的化学反应速率就可以了吗?

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发表于 Post on 2016-3-17 11:21:23 | 只看该作者 Only view this author
%mem=100MW=800MB,比较小。我们一般设:%mem=2GB, %nproc=4,感觉还成。要结合你做计算的机器,要是用PC机跑就没什么实际作用了。
与其念念不忘,不如相忘于江湖。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-17 11:50:44 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-3-17 11:01
%mem=100MW  高斯输入文件的内存最大可以设多少?我用oniom算的体系总原子数是258,我应该设多大的内存? % ...

先说明你用的什么版本高斯,以及机子物理内存有多大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-17 11:55:54 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-3-17 11:17
老师再补充一个问题,对于一个有多个中间体的反应,要计算这个反应的化学反应速率,是计算出活化能最大的 ...

不是光看活化能,还要看逆向势垒,看此贴的讨论http://bbs.keinsci.com/thread-2136-1-1.html
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发表于 Post on 2016-3-17 21:51:33 | 只看该作者 Only view this author
g09版本,机子物理内存怎么看?

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