计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

946#
发表于 Post on 2016-3-13 15:54:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-13 13:00
牵扯到作业提交的事我不清楚,远程也不好说清楚,你只能对比你当前体系运行情况和测试例子运行情况试图 ...

sob老师:
   您好!上面的出错信息,是我在运行您的MECP程序的runfirst.sh产生的,不清楚是什么原因造成的,希望老师您能够指点一二。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

947#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 15:56:28 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2016-3-13 13:40
请问,我想详细了解sob老师编写的《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》(http://sobereva.com/31 ...


Levine的Physical chemistry里面就有。
很多书讲TST时候理论上没错,但给出的公式用到实际问题有很多细碎的必须考虑,否则结果不对。下面的公式,也即excel表格对应的,是能直接用来计算的working equation

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

41

帖子

0

威望

201

eV
积分
242

Level 3 能力者

948#
发表于 Post on 2016-3-13 16:08:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!请问ORCA算TDDFT时能够自由选择波长区间吗?输入文件应该怎么设置?比如我想要看300-800nm之间的吸收,手册上没有找到这部分内容。谢谢老师!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

949#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 16:16:47 | 只看该作者 Only view this author
dxyan 发表于 2016-3-13 14:35
sob老师,请教个BSSE校正的问题,仔细看过您这个贴子:http://sobereva.com/46。有几个问题有些混淆,还是 ...

1 对
2 文中已经写了“计算过程中会输出类似这样的语句Counterpoise: doing DCBS calculation for fragment   1。这里就是说明接下来计算的是E_A,bAB(假设A分子为fragment 1),”
counterpoise任务第一次输出的能量就是E_AB
3 计算结合能时是否考虑变形能由你自己决定,和研究的目的也有关。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

950#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 16:18:12 | 只看该作者 Only view this author
dxyan 发表于 2016-3-13 15:08
另外sob老师还有个问题:我算离子液体(由A(阳离子),B(阴离子))和某分子的C的相互作用能,拿优化好的 ...

你既然计算离子液体与C的相互作用能,自然要把离子液体的阴阳离子一起作为一个片段。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

951#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 16:20:06 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-13 16:08
sob老师您好!请问ORCA算TDDFT时能够自由选择波长区间吗?输入文件应该怎么设置?比如我想要看300-800nm之 ...

不能。只能算出来是多少就是多少。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

41

帖子

0

威望

201

eV
积分
242

Level 3 能力者

952#
发表于 Post on 2016-3-13 16:24:38 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师!我算的是金属团簇吸附氧气,想看它在可见光区的吸收,算了800个态了,最小波长还在400多nm,我现在又算1200个态,这样有意义吗?或者有什么别的解决办法?高斯能进行波长范围选择吗?非常感谢!

24

帖子

0

威望

54

eV
积分
78

Level 2 能力者

953#
发表于 Post on 2016-3-13 19:39:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-13 16:16
1 对
2 文中已经写了“计算过程中会输出类似这样的语句Counterpoise: doing DCBS calculation for fragm ...

sob老师,刚自习去算了下,明白了一些。是不是可以这样理解第(1)种方法是考虑了变形能的,第(2)种方法没有考虑变形能?我算出来两者稍微有些差距。再一个问题是我在计算文件中找到了你说的那几个能量,都是SCF能量,看了你给其他人回答的说是只有HF/DFT才应当取SCF能量,那如果MP2的话取什么能量?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

954#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 20:05:37 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-3-13 16:24
谢谢sob老师!我算的是金属团簇吸附氧气,想看它在可见光区的吸收,算了800个态了,最小波长还在400多nm, ...

任何程序都没法设定波长范围,这是算法上注定的。
你可以先看看目前已经算出来的态的能量分布,以及跃迁特征(是否都局域在金属上之类),思考算更多的态还有无价值。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

955#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 20:08:16 | 只看该作者 Only view this author
dxyan 发表于 2016-3-13 19:39
sob老师,刚自习去算了下,明白了一些。是不是可以这样理解第(1)种方法是考虑了变形能的,第(2)种方 ...


是的。
MP2取计算任务末尾那紧凑的一大串当中的MP2=后面的值
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

54

eV
积分
78

Level 2 能力者

956#
发表于 Post on 2016-3-13 20:42:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-13 20:08
是的。
MP2取计算任务末尾那紧凑的一大串当中的MP2=后面的值

多谢SOb老师

41

帖子

0

威望

201

eV
积分
242

Level 3 能力者

957#
发表于 Post on 2016-3-13 20:51:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-13 20:05
任何程序都没法设定波长范围,这是算法上注定的。
你可以先看看目前已经算出来的态的能量分布,以及跃迁 ...

好的,我再分析一下,谢谢sob老师!

125

帖子

1

威望

1047

eV
积分
1192

Level 4 (黑子)

958#
发表于 Post on 2016-3-14 01:26:11 | 只看该作者 Only view this author
请问KiSThelP(http://sobereva.com/246)可以计算三分子反应么?我手上有一个反应机理是三分子一本反应,我试了一下KiSThelP,好像不行。

286

帖子

0

威望

1142

eV
积分
1428

Level 4 (黑子)

959#
发表于 Post on 2016-3-14 07:18:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-13 09:38
先甭管那个,最后任务没完成,提示很清楚
Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,   ...

很感谢您的耐心指导。
目前的情况是老师想让我尽量用高斯算,所以请问您在方法上有什么好的建议么?您上次说的混合基组算起来比较慢。。。如果要用ONIOM来算的,您推荐用什么泛函分别? 谢谢~

286

帖子

0

威望

1142

eV
积分
1428

Level 4 (黑子)

960#
发表于 Post on 2016-3-14 07:23:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-13 09:38
先甭管那个,最后任务没完成,提示很清楚
Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,   ...

您说的MOPAC可以用高斯算吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 20:08 , Processed in 0.271638 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list