简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-12 09:09:55

lei234 发表于 2016-3-12 01:18
Log文件在gv里打不开，提示如下图所示，找到59340行后，发现该行显示 Cartesian Forces: Max ************ ...

说明计算结果有问题。往此论坛上传输出文件时，如果大于2MB，应当压缩后再上传，能小好几倍，下载也快还节省论坛空间。

498746012 · 发表于 Post on 2016-3-12 10:48:35

sobereva 发表于 2016-3-12 09:04
ProgFile不是你要运行的，这是进度文件，是你能够用文本编辑器打开来查看监控当前计算进度的。

sob老师谢谢您

lei234 · 发表于 Post on 2016-3-12 12:58:59

sobereva 发表于 2016-3-12 09:09
说明计算结果有问题。往此论坛上传输出文件时，如果大于2MB，应当压缩后再上传，能小好几倍，下载也快还 ...

我压缩了，但还是显示文件太大，怎么办？？

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-12 13:26:03

lei234 发表于 2016-3-12 12:58
我压缩了，但还是显示文件太大，怎么办？？

那就传网盘

498746012 · 发表于 Post on 2016-3-12 21:05:43

sob老师：
您好！您的MECP软件中runfirst.sh中的sed -i "s/guess(read)/ /g" Job0_A是什么意思，每次运行完之后，生成的Job0_A.gjf中的guess(read)就消失了，那么为什么还要在Input_Header_A中写guess(read)？

lei234 · 发表于 Post on 2016-3-13 08:50:35

sobereva 发表于 2016-3-12 13:26
那就传网盘

已经传到网盘，麻烦您到这里下载，辛苦了~https://yunpan.cn/cYS4Kk5mVvMCk （提取码：ae4f）

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-13 09:38:52

lei234 发表于 2016-3-12 01:18
Log文件在gv里打不开，提示如下图所示，找到59340行后，发现该行显示 Cartesian Forces: Max ************ ...

先甭管那个，最后任务没完成，提示很清楚
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 400
由于默认步数下没收敛所致。

问题的根源在于当前计算级别极为不合理。
算这个体系貌似你要研究纳米管和分子的弱相互作用，至少是要考虑碳纳米管对分子的影响而需要将它优化到合适位置，但是当前级别一丁点色散作用都没法合理描述。而且，电荷设定也不对，设的三个应当都是-2。

对当前体系，最合适的优化方式是用MOPAC在PM7或PM6-D3H4下优化。

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-13 09:41:49

498746012 发表于 2016-3-12 21:05
sob老师：
您好！您的MECP软件中runfirst.sh中的sed -i "s/guess(read)/ /g" Job0_A是什么意思，每次 ...

建议你网上搜搜sed的用法
这就是为了从中去掉guess(read)
第一次运行不能用guess(read)来读取之前的chk，因为之前没有chk。之后每次计算都需要guess(read)，这样来读取上一步收敛的波函数使这次收敛更容易、计算更快。

498746012 · 发表于 Post on 2016-3-13 11:01:51

sobereva 发表于 2016-3-13 09:41
建议你网上搜搜sed的用法
这就是为了从中去掉guess(read)
第一次运行不能用guess(read)来读取之前的c ...

sob老师谢谢您，我上网搜搜sed的用法

498746012 · 发表于 Post on 2016-3-13 12:55:08

sob老师：
   您好！能不能再麻烦您一下：我运行runfirst.sh，会出现一下错误：
Running Job0_A...
sed: can't read -: No such file or directory
sed: can't read -: No such file or directory
sed: can't read -: No such file or directory
Unable to read script file because of error: ERROR! -N option must have argument

real 0m0.100s
user 0m0.014s
sys    0m0.033s
Running Job0_B...
sed: can't read -: No such file or directory
sed: can't read -: No such file or directory
sed: can't read -: No such file or directory
Unable to read script file because of error: ERROR! -N option must have argument

real 0m0.100s
user 0m0.013s
sys    0m0.048s

可以产生正常的Job0_A和Job0_B，但是Job0_A.log和Job0_B.log是空的，我平时交作业时，有自己的提交脚本，如下
#!/bin/csh
sed -i "/%c/ c\%chk=$1" $1
set workdir = $cwd
set script  =  $1.g09in
set scrdir  =  /scratch/$USER$1dir
set chfn = `/bin/grep -m 1 -i '%chk=' $1 | /bin/cut -c6-80`
setenv g09root /bin/g09d01

# BUILD THE SCRIPT FILE
cat <<EOF > $workdir/$script
#!/bin/csh
#\$ -cwd
#\$ -N $1
#\$ -j y
#\$ -S /bin/csh

set host = \`hostname | cut -c3-4\`
echo \$HOSTNAME > $workdir/$script.node
if ( \$host >= 24 && \$host <= 40 ) then
      sed -i '/nproc/ c\%nproc=8' $1
else if ( \$host >= 41 && \$host <= 51 ) then
      sed -i '/nproc/ c\%nproc=6' $1
else if ( \$host >= 0 && \$host <= 23 ) then
      sed -i '/nproc/ c\%nproc=4' $1
else if ( \$host >= 52 && \$host <= 55 ) then
      sed -i '/nproc/ c\%nproc=16' $1
else if ( \$host >= 56 && \$host <= 100 ) then
      sed -i '/nproc/ c\%nproc=10' $1
endif
rmdir -fr $scrdir
mkdir $scrdir
setenv g09root /bin/g09d01
source  $g09root/bsd/g09.login
setenv GAUSS_SCRDIR $scrdir
setenv GAUSS_EXEDIR $g09root
setenv GAUSS_SOFTTL 100000
setenv GAUSS_TIMEL 100000
cp $workdir/$1 $scrdir
cd $scrdir
mv $workdir/$chfn.chk.gz $scrdir
gunzip $chfn.chk.gz
$g09root/g09 < $1 >& $scrdir/$1.out
/bin/cp $1.out $workdir
gzip $scrdir/$chfn.chk
mv  $chfn.chk.gz $workdir
/bin/rm -rf $scrdir
cd $workdir
$g09root/bsd/clearipc
exit
EOF
# MAKE THE SCRIPT EXECUTABLE
chmod 755 $workdir/$script
# SUBMIT THE SCRIPTFILE TO THE QUEUE "PCS queue"
set nproc = `/bin/grep -m 1 -i 'nproc' $1 | sed 's/nprocshared=/nproc=/g' | /bin/cut -c8-9`
sed -i 's/nprocshared=/nproc=/g' $1
sed -i '/# 5d 7f/d' $1 && sed -i '/%chk=/a\# 5d 7f' $1
if ($nproc <= 4 && $nproc >= 0 ) then
qsub -q g16.q $script
else if ($nproc >= 5 ) then
qsub -q g16.q $script
#else if ($nproc == 6 ) then
#qsub -q zxw12.q $script
else
qsub -q all.q $script
endif
exit

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-13 13:00:29

498746012 发表于 2016-3-13 12:55
sob老师：
您好！能不能再麻烦您一下：我运行runfirst.sh，会出现一下错误：
Running Job0_A...

牵扯到作业提交的事我不清楚，远程也不好说清楚，你只能对比你当前体系运行情况和测试例子运行情况试图找到原因

fankui1990129 · 发表于 Post on 2016-3-13 13:40:17

请问，我想详细了解sob老师编写的《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》（http://sobereva.com/310 ）中计算速率常数的公式，哪些书里可能会有呢？比如推导过程，详细讲解等。

顺便问一下，三分子甚至四分子反应速率常数的计算方法是不是和双分子一样的呢？

dxyan · 发表于 Post on 2016-3-13 14:35:12

本帖最后由 dxyan 于 2016-3-13 14:37 编辑

sob老师，请教个BSSE校正的问题，仔细看过您这个贴子：http://sobereva.com/46。有几个问题有些混淆，还是想请教一下。我在做BSSE输出文件中有Counterpoise: corrected energy 和Counterpoise: BSSE energy ，这两项应该分别对应你博客中的E_corrected和E_BSSE。
（1）我以前在算A,B分子的相互作用能时是用的你博客中这个公式:E_interaction = E_corrected - (E_A` + E_B`)，其中E_A`和E_B`分别是A和B在单独孤立状态下经过优化后的能量，也就是A、B分子在算AB复合物结构优化之前，A和B分别单独优化后，在分别单独算的点单能得到的能量。这样算是否对？
（2）看到你博客中另一个公式E_interaction = E_AB - E_A,bAB - E_B,bAB，我理解E_AB是A、B基组下AB复合物的能量； E_A,bAB是A、B基组下AB复合物中A的能量，E_B,bAB是A、B基组下AB复合物中B的能量，我不知道这3个能量在高斯输出文件中怎么找到？我做BSSE校正后，gaussview打开输出文件只看到E_corrected和E_BSSE这两个能量。
(3) 另外你得到第二个公式的时候做了个假设，即E_A`=E_A，E_B`=E_B，E_A我理解是A基组下AB复合物中A的能量, E_B我理解是B基组下AB复合物中B的能量,很多时候分子单独存在时，和在复合物中的构型会有些变化，这样的话如果按（2）式计算是否可以？
问题比较凌乱，请见谅。谢谢

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-3-13 15:08:23

fankui1990129 发表于 2016-3-13 13:40
请问，我想详细了解sob老师编写的《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》（http://sobereva.com/31 ...

任何一本讲过渡态理论（活性复合物理论）的书，手头比如Houston, Paul L 写的 Chemical Kinetics and Reaction Dynamics

dxyan · 发表于 Post on 2016-3-13 15:08:49

另外sob老师还有个问题：我算离子液体（由A（阳离子），B（阴离子））和某分子的C的相互作用能，拿优化好的离子液体(AB复合物)和C先进行构型优化，然后拿最优构型计算BSSE能量校正，这是输入文件我不知道输入文件按如下哪种方式合适？
(1): 把离子液体的阴阳离子分别看成2个片段，按照整体，片段1（阳离子），片段2（阴离子），片段3（C),写全为（0 1 1 1 -1 1 0 1）
(2) : 把离子液体阴阳离子看成1个整体片段，按照整体，片段1（离子液体），片段2(C),写全为（0 1 0 1 0 1）
如何按这两种写法相互作用能该如何计算？谢谢！

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